PDB-5ekz: Crystal structure of mouse Taco1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ekz

タイトル

Crystal structure of mouse Taco1

要素

Translational activator of cytochrome c oxidase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Mitochondria / RNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

motor learning / regulation of mitochondrial translation / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / mitochondrial ribosome binding / rRNA binding / mRNA binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Spahr, H. / Richman, T.R. / Larsson, N.G. / Rackham, O. / Filipovska, A.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Loss of the RNA-binding protein TACO1 causes late-onset mitochondrial dysfunction in mice.
著者: Richman, T.R. / Spahr, H. / Ermer, J.A. / Davies, S.M. / Viola, H.M. / Bates, K.A. / Papadimitriou, J. / Hool, L.C. / Rodger, J. / Larsson, N.G. / Rackham, O. / Filipovska, A.

履歴

登録	2015年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月16日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ekz.cif.gz	140.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ekz.ent.gz	111.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ekz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ekz_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ekz_full_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示
XML形式データ	5ekz_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	5ekz_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ekz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/5ekz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4j9f-d 3vgo-3 6u8g-2 1wgc-2 5fwt-d 6r1x-d 4ork-3 4iua-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Translational activator of cytochrome c oxidase 1

32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.550, 55.380, 92.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Translational activator of cytochrome c oxidase 1 / Coiled-coil domain-containing protein 44 / Translational activator of mitochondrially-encoded ...Coiled-coil domain-containing protein 44 / Translational activator of mitochondrially-encoded cytochrome c oxidase 1 分子量: 32364.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Taco1, Ccdc44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K0Z7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Translational activator of cytochrome c oxidase 1 / Coiled-coil domain-containing protein 44 / Translational activator of mitochondrially-encoded ...

分子量: 32364.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Taco1, Ccdc44 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K0Z7

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 200 mM Ammonium Nitrate, 160 mM Sodium Thiocyanate, 10 % Peg 400, and 20 % Peg 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 294 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→100 Å / Num. obs: 17352 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 17.41 / Num. measured all: 108871

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2-2.07		0.679	1.106	1.73	10630	1661	1657	1.203	99.8
2.07-2.15		0.826	0.709	2.67	10251	1646	1645	0.773	99.9
2.15-2.25		0.906	0.52	3.73	10769	1743	1741	0.568	99.9
2.25-2.37		0.954	0.367	5.37	10825	1752	1749	0.4	99.8
2.37-2.52		0.978	0.233	8.39	11561	1729	1729	0.252	100
2.52-2.71		0.991	0.147	12.35	11135	1690	1690	0.16	100
2.71-2.99		0.995	0.089	18.98	11255	1766	1766	0.097	100
2.99-3.42		0.998	0.053	28.43	10474	1739	1738	0.058	99.9
3.42-4.31		0.999	0.036	41.45	11205	1778	1776	0.039	99.9
	4.31	0.999	0.029	46.78	10766	1865	1861	0.032	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
BUSTER		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

解像度: 2→19.468 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2209	1068	6.16 %
R_work	0.2019	16256	-
obs	0.2032	17324	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 159.99 Å² / B_iso mean: 62.9451 Å² / B_iso min: 26.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→19.468 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1713	0	0	56	1769
B_iso mean	-	-	-	48.88	-
残基数	-	-	-	-	221

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1737
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	2334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	262
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.999	1084

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.0001-2.0911	0.3378	148	0.2946	1966	2114
2.0911-2.2012	0.3002	124	0.2621	2020	2144
2.2012-2.3389	0.2877	123	0.2919	1981	2104
2.3389-2.5191	0.2837	124	0.2184	2027	2151
2.5191-2.772	0.2393	128	0.2203	2021	2149
2.772-3.1716	0.2351	138	0.2032	2035	2173
3.1716-3.9902	0.2168	131	0.1956	2059	2190
3.9902-19.4685	0.185	152	0.1727	2147	2299

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2368	-2.2931	1.3535	7.3228	1.1727	7.9606	0.2119	0.5349	0.141	-0.26	-0.0582	-0.0772	-0.2026	-0.3138	0.1055	0.298	0.0326	-0.0268	0.4004	0.0109	0.2482	24.8257	22.9564	15.1874
2	3.3655	-0.2379	1.0517	4.7786	1.5985	7.0896	-0.0522	0.0054	0.3075	-0.2616	0.3469	-0.5763	-0.5299	0.4264	0.0677	0.3312	-0.0342	0.004	0.3792	-0.0296	0.3194	28.3046	22.849	20.3523
3	3.1579	-0.4632	1.2631	4.1171	-1.2046	4.694	0.2429	-0.09	-0.4197	-0.3653	0.2048	0.496	0.2317	-0.5576	-0.4175	0.3237	-0.0428	-0.0647	0.4949	0.1174	0.4133	14.2723	4.357	10.1826
4	2.1169	-1.8517	2.1941	2.0899	-2.8235	3.9887	0.4614	1.2748	-0.5896	-2.0444	0.0164	0.8066	1.5125	0.4393	-0.429	0.856	0.0597	-0.0112	0.7321	0.0931	0.5503	10.7428	4.1697	-0.0913
5	4.0074	-2.2786	1.4151	8.7101	-2.1954	3.1057	-0.3682	-0.5814	0.5427	0.4855	0.2225	-0.112	-0.9819	-0.2117	0.1961	0.6255	0.0877	-0.1053	0.662	-0.0464	0.4919	5.9644	34.6641	0.1794
6	4.2962	-0.2233	0.8242	2.7345	0.0552	5.9856	-0.2323	-0.5168	0.2206	0.5956	0.1272	0.1299	-0.6286	-0.2906	0.0864	0.4899	0.081	-0.0185	0.5287	-0.0053	0.4845	0.4451	32.9763	-3.495
7	4.9572	-3.5166	-0.9636	2.6476	1.1919	1.8642	-1.0489	-1.5133	-0.4114	2.0199	0.3782	0.4357	-0.8662	-1.1447	0.1083	1.4503	0.3692	0.0164	1.155	-0.0823	0.7987	-1.2755	35.5238	10.6753
8	4.9505	-1.8628	2.4825	6.0902	-1.5517	3.527	-0.234	-0.2661	0.4197	0.0882	-0.0064	-0.7667	-0.6364	0.9933	0.1862	0.431	-0.0845	-0.0847	0.664	0.046	0.4913	11.522	31.895	-4.0972
9	3.3541	-1.5942	2.2804	2.0128	-0.0949	3.6788	-0.2052	-1.1596	-0.2927	0.2119	0.278	0.1801	-0.3121	-0.6947	-0.2366	0.3373	0.0261	-0.0832	0.7575	0.1222	0.3232	3.7573	21.5803	4.2184
10	4.7817	-1.1148	0.4082	2.6821	-0.0395	3.6954	0.105	-0.7935	0.4709	0.4882	0.3363	0.737	-0.273	-0.974	-0.287	0.3564	0.0263	0.0677	0.6284	0.1845	0.5434	8.4502	10.1693	14.8634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 74:106)	A	74 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 107:129)	A	107 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 130:171)	A	130 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 172:179)	A	172 - 179
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 180:196)	A	180 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 197:221)	A	197 - 221
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 222:226)	A	222 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 227:244)	A	227 - 244
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 245:270)	A	245 - 270
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 271:294)	A	271 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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