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- PDB-5ekd: Human mitochondrial tryptophanyl-tRNA synthetase bound by indolmy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ekd
タイトルHuman mitochondrial tryptophanyl-tRNA synthetase bound by indolmycin and Mn*ATP.
要素Tryptophan--tRNA ligase, mitochondrial
キーワードLIGASE/ANTIBIOTIC / TrpRS / indolmycin / mitochondrial / complex / LIGASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial tryptophanyl-tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / vasculogenesis / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm ...mitochondrial tryptophanyl-tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase / tryptophan-tRNA ligase activity / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / vasculogenesis / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...Tryptophan-tRNA ligase, bacterial-type / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5BX / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Tryptophan--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Williams, T.L. / Carter Jr., C.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM40906 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Binding of Mg2+ATP Enhances Inhibition of Human Mitochondrial Tryptophanyl-tRNA Synthetase by Indolmycin
著者: Williams, T.L. / Carter Jr., C.W.
履歴
登録2015年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan--tRNA ligase, mitochondrial
B: Tryptophan--tRNA ligase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,02112
ポリマ－76,0882
非ポリマー1,93310
水9,746541
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area26330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.289, 78.087, 153.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

MN

21B-404-

MN

31A-755-

HOH

41A-778-

HOH

51B-703-

HOH

61B-739-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan--tRNA ligase, mitochondrial / (Mt)TrpRS / Tryptophanyl-tRNA synthetase / TrpRS


分子量: 38043.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WARS2 / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGM6, tryptophan-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 551分子

#2: 化合物 ChemComp-5BX / (5S)-5-[(1R)-1-(1H-indol-3-yl)ethyl]-2-(methylamino)-1,3-oxazol-4(5H)-one / Indolemycin / Indolmycin / インド-ルマイシン


分子量: 257.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N3O2
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium acetate, glycerol, peg 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→29.06 Å / Num. all: 139667 / Num. obs: 60563 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.82→1.885 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.594 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 94.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DK4

5dk4


解像度: 1.82→29.06 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 3070 5.07 %
Rwork0.1701 --
obs0.172 60550 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5125 0 116 541 5782
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9127314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3822050
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8198-1.84820.32311140.28342282X-RAY DIFFRACTION88
1.8482-1.87850.29261310.26512720X-RAY DIFFRACTION99
1.8785-1.91090.30481390.26152553X-RAY DIFFRACTION99
1.9109-1.94560.30251420.24572676X-RAY DIFFRACTION99
1.9456-1.9830.27821410.22212560X-RAY DIFFRACTION99
1.983-2.02350.25871380.21172645X-RAY DIFFRACTION99
2.0235-2.06750.23561330.19842590X-RAY DIFFRACTION99
2.0675-2.11560.21871410.19252672X-RAY DIFFRACTION99
2.1156-2.16840.21131320.18532613X-RAY DIFFRACTION99
2.1684-2.22710.23811440.1792672X-RAY DIFFRACTION99
2.2271-2.29260.22791430.17282580X-RAY DIFFRACTION99
2.2926-2.36650.20521310.16722640X-RAY DIFFRACTION99
2.3665-2.45110.22091480.16562644X-RAY DIFFRACTION99
2.4511-2.54910.21181410.16332605X-RAY DIFFRACTION99
2.5491-2.66510.23121410.16622621X-RAY DIFFRACTION99
2.6651-2.80550.20591420.16512634X-RAY DIFFRACTION99
2.8055-2.98110.21911610.16822593X-RAY DIFFRACTION99
2.9811-3.2110.19351420.15822654X-RAY DIFFRACTION99
3.211-3.53360.18621570.15612614X-RAY DIFFRACTION99
3.5336-4.04380.16711540.13912623X-RAY DIFFRACTION98
4.0438-5.09030.14931250.13442636X-RAY DIFFRACTION98
5.0903-29.06510.19721300.1662653X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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