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万見
- PDB-5ekb: R2-like ligand-binding oxidase with aerobically reconstituted Mn/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ekb
タイトルR2-like ligand-binding oxidase with aerobically reconstituted Mn/Fe cofactor (reconstituted in solution)
要素Ribonucleotide reductase small subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / R2-LIKE LIGAND-BINDING OXIDASE / DIIRON COFACTOR / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE R2 SUBUNIT FOLD / METALLOPROTEIN OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonucleotide biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
R2-like ligand binding oxidase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MANGANESE (III) ION / PALMITIC ACID / R2-like ligand binding oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus kaustophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.074 Å
データ登録者Griese, J.J. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2016
タイトル: Divergent assembly mechanisms of the manganese/iron cofactors in R2lox and R2c proteins.
著者: Kutin, Y. / Srinivas, V. / Fritz, M. / Kositzki, R. / Shafaat, H.S. / Birrell, J. / Bill, E. / Haumann, M. / Lubitz, W. / Hogbom, M. / Griese, J.J. / Cox, N.
履歴
登録2015年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22016年11月16日Group: Database references
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleotide reductase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3304
ポリマ－36,9631
非ポリマー3673
水41423
1
A: Ribonucleotide reductase small subunit
ヘテロ分子

A: Ribonucleotide reductase small subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6608
ポリマ－73,9262
非ポリマー7346
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7510 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area20700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.041, 97.217, 128.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleotide reductase small subunit / R2-like ligand-binding oxidase


分子量: 36962.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (strain HTA426) (バクテリア)
遺伝子: GK2771 / プラスミド: pET-46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5KW80, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 20% (W/V) PEG 1500, 0.1 M HEPES-NA PH 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 21369 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 50.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.07→2.2 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.576 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4HR0

4hr0


解像度: 2.074→48.609 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2442 1065 4.99 %random selection
Rwork0.1899 ---
obs0.1927 21362 98.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.074→48.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2357 0 20 23 2400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172446
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1743287
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8731445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0742-2.16860.4021160.38122274X-RAY DIFFRACTION91
2.1686-2.2830.33171340.28982534X-RAY DIFFRACTION100
2.283-2.4260.2821360.25282531X-RAY DIFFRACTION100
2.426-2.61330.291300.22552548X-RAY DIFFRACTION100
2.6133-2.87630.28421360.20612544X-RAY DIFFRACTION100
2.8763-3.29240.26641340.20582571X-RAY DIFFRACTION100
3.2924-4.14770.22591370.1742596X-RAY DIFFRACTION100
4.1477-48.62180.21061420.15692699X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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