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- PDB-5ejx: X-ray Free Electron Laser Structure of Cytochrome C Peroxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ejx
タイトルX-ray Free Electron Laser Structure of Cytochrome C Peroxidase
要素Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Doukov, T. / Soltis, S.M. / Baxter, E.L. / Cohen, A. / Song, J. / McPhillips, S. / Poulos, T.L. / Meharenna, Y.T. / Chreifi, G.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM57353 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the pristine peroxidase ferryl center and its relevance to proton-coupled electron transfer.
著者: Chreifi, G. / Baxter, E.L. / Doukov, T. / Cohen, A.E. / McPhillips, S.E. / Song, J. / Meharenna, Y.T. / Soltis, S.M. / Poulos, T.L.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references
改定 1.22016年2月17日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42018年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3263
ポリマ－33,6141
非ポリマー7112
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.470, 74.990, 51.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase, mitochondrial / CCP


分子量: 33614.332 Da / 分子数: 1 / 変異: N184R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / 器官: mitochondrial / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 %
解説: Multiple rectangular crystals used, approximately 200 x 200 x 400 micron
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10UL (350-400UM PROTEIN), 22% MPD, 50MM TRIS PHOSHATE BUFFER PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 277.2K
PH範囲: 6 / Temp details: 4C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: XPP / 波長: 1.306, 1.313
検出器タイプ: RAYONIX MX-325 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月7日
詳細: Data collected over two experiments, in Dec 2013 and June 2014
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.3061
21.3131
反射解像度: 1.5→19.7 Å / Num. all: 65592 / Num. obs: 65592 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 9.2 % / Net I/σ(I): 3.33
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSnXDSデータ削減
XSCALE2015-06-17データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3M23

3m23


解像度: 1.5→19.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 1.758 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26055 3280 5 %RANDOM
Rwork0.23384 ---
obs0.23518 62310 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.141 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→19.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2352 0 48 293 2693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8411.9683461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1435331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1855306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4324.733131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.6915423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3411512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5660.4051203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5650.4041202
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9330.6051516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9330.6051517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.160.4911344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1580.4851338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.740.6921939
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.8953.9793359
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.2763.5453205
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 222 -
Rwork0.288 4207 -
obs--90.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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