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万見
- PDB-5eju: Ensemble refinement of the Crystal Structure of the Reversibly ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eju
タイトルEnsemble refinement of the Crystal Structure of the Reversibly photoswitching chromoprotein Dathail, Ground State
要素Reversibly photoswitching protein Dathail
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Ensemble refinement / GFP / photoswitching
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Close, D.W. / Langan, P.S. / Bradbury, A.R.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Evolution and characterization of a new reversibly photoswitching chromogenic protein, Dathail.
著者: Langan, P.S. / Close, D.W. / Coates, L. / Rocha, R.C. / Ghosh, K. / Kiss, C. / Waldo, G. / Freyer, J. / Kovalevsky, A. / Bradbury, A.R.
履歴
登録2015年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reversibly photoswitching protein Dathail


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9031
ポリマ－25,9031
非ポリマー00
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.970, 81.090, 39.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
モデル数47
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-462-

HOH

22A-473-

HOH

38A-349-

HOH

49A-453-

HOH

510A-450-

HOH

615A-447-

HOH

716A-451-

HOH

817A-441-

HOH

918A-446-

HOH

1019A-406-

HOH

1120A-445-

HOH

1221A-445-

HOH

1322A-469-

HOH

1428A-464-

HOH

1529A-445-

HOH

1630A-463-

HOH

1731A-453-

HOH

1832A-461-

HOH

1939A-452-

HOH

2040A-464-

HOH

2141A-451-

HOH

2242A-442-

HOH

2343A-460-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Reversibly photoswitching protein Dathail


分子量: 25903.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M Bis-Tris:HCl pH 6.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→28.27 Å / Num. obs: 29380 / % possible obs: 97.69 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04356 / Net I/σ(I): 18.08
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2119 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / % possible all: 87.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
Cootモデル構築
HKL-3000データ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→28.27 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1936 1880 6.42 %
Rwork0.1515 --
obs0.1542 29293 97.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1745 0 0 165 1910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.58
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6501-1.69470.28051270.23171792X-RAY DIFFRACTION85
1.6947-1.74460.26091220.20292066X-RAY DIFFRACTION96
1.7446-1.80090.20761600.16932048X-RAY DIFFRACTION97
1.8009-1.86520.18031250.15052093X-RAY DIFFRACTION97
1.8652-1.93990.20331460.16232070X-RAY DIFFRACTION98
1.9399-2.02820.19581500.16832099X-RAY DIFFRACTION98
2.0282-2.13510.2061390.16022123X-RAY DIFFRACTION98
2.1351-2.26880.19871450.15292140X-RAY DIFFRACTION99
2.2688-2.44390.20541460.14342132X-RAY DIFFRACTION99
2.4439-2.68980.20131530.13912138X-RAY DIFFRACTION99
2.6898-3.07870.18051510.15422177X-RAY DIFFRACTION100
3.0787-3.87780.21641520.15752212X-RAY DIFFRACTION100
3.8778-28.270.16081640.13662323X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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