PDB-5ejd: The crystal structure of holo T3CT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ejd

タイトル

The crystal structure of holo T3CT

要素

(TqaA) x 2

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Biochemistry / enzyme / holo status

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Penicillium aethiopicum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Zhang, J.R. / Tang, Y. / Zhou, J.H.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural basis of nonribosomal peptide macrocyclization in fungi
著者: Zhang, J. / Liu, N. / Cacho, R.A. / Gong, Z. / Liu, Z. / Qin, W. / Tang, C. / Tang, Y. / Zhou, J.

履歴

登録	2015年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.0	2024年4月24日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ejd.cif.gz	801.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ejd.ent.gz	666.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ejd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ejd_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ejd_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5ejd_validation.xml.gz	144.7 KB	表示
CIF形式データ	5ejd_validation.cif.gz	196.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5dijSC 5dlkC 5egfC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4zrq-2 4mqw-1 4zrp-1 4zrq-1 4mqw-2 1qom-2 1p1q-2 1my2-2 1my1-2 2pyx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (4) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

B: TqaA

A: TqaA

D: TqaA

C: TqaA

F: TqaA

E: TqaA

H: TqaA

G: TqaA

J: TqaA

I: TqaA

L: TqaA

K: TqaA

N: TqaA

M: TqaA

P: TqaA

O: TqaA

ヘテロ分子

496 kDa, 16 ポリマー
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1

B: TqaA

A: TqaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
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2

D: TqaA

C: TqaA

ヘテロ分子

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62.1 kDa, 2 ポリマー
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3

F: TqaA

E: TqaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
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4

H: TqaA

G: TqaA

ヘテロ分子

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62 kDa, 2 ポリマー
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5

J: TqaA

I: TqaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
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6

L: TqaA

K: TqaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
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7

N: TqaA

M: TqaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62 kDa, 2 ポリマー
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8

P: TqaA

O: TqaA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.194, 204.760, 126.047
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	ASP	ASP	B	A	20 - 484	10 - 474
2	1	GLU	GLU	ASP	ASP	D	C	20 - 484	10 - 474
1	2	GLU	GLU	LEU	LEU	B	A	20 - 482	10 - 472
2	2	GLU	GLU	LEU	LEU	F	E	20 - 482	10 - 472
1	3	GLU	GLU	LEU	LEU	B	A	20 - 482	10 - 472
2	3	GLU	GLU	LEU	LEU	H	G	20 - 482	10 - 472
1	4	GLU	GLU	ASP	ASP	B	A	20 - 484	10 - 474
2	4	GLU	GLU	ASP	ASP	J	I	20 - 484	10 - 474
1	5	GLU	GLU	LEU	LEU	B	A	20 - 482	10 - 472
2	5	GLU	GLU	LEU	LEU	L	K	20 - 482	10 - 472
1	6	GLU	GLU	LEU	LEU	B	A	20 - 482	10 - 472
2	6	GLU	GLU	LEU	LEU	N	M	20 - 482	10 - 472
1	7	GLU	GLU	ASP	ASP	B	A	20 - 484	10 - 474
2	7	GLU	GLU	ASP	ASP	P	O	20 - 484	10 - 474
1	8	LYS	LYS	VAL	VAL	A	B	2 - 74	2 - 74
2	8	LYS	LYS	VAL	VAL	C	D	2 - 74	2 - 74
1	9	GLN	GLN	SER	SER	A	B	3 - 73	3 - 73
2	9	GLN	GLN	SER	SER	E	F	3 - 73	3 - 73
1	10	LYS	LYS	VAL	VAL	A	B	2 - 76	2 - 76
2	10	LYS	LYS	VAL	VAL	G	H	2 - 76	2 - 76
1	11	GLN	GLN	SER	SER	A	B	3 - 73	3 - 73
2	11	GLN	GLN	SER	SER	I	J	3 - 73	3 - 73
1	12	LEU	LEU	ALA	ALA	A	B	4 - 75	4 - 75
2	12	LEU	LEU	ALA	ALA	K	L	4 - 75	4 - 75
1	13	LEU	LEU	ALA	ALA	A	B	4 - 72	4 - 72
2	13	LEU	LEU	ALA	ALA	M	N	4 - 72	4 - 72
1	14	GLN	GLN	ALA	ALA	A	B	3 - 75	3 - 75
2	14	GLN	GLN	ALA	ALA	O	P	3 - 75	3 - 75
1	15	GLU	GLU	LEU	LEU	D	C	20 - 483	10 - 473
2	15	GLU	GLU	LEU	LEU	F	E	20 - 483	10 - 473
1	16	GLU	GLU	LEU	LEU	D	C	20 - 483	10 - 473
2	16	GLU	GLU	LEU	LEU	H	G	20 - 483	10 - 473
1	17	GLU	GLU	ASP	ASP	D	C	20 - 484	10 - 474
2	17	GLU	GLU	ASP	ASP	J	I	20 - 484	10 - 474
1	18	GLU	GLU	LEU	LEU	D	C	20 - 483	10 - 473
2	18	GLU	GLU	LEU	LEU	L	K	20 - 483	10 - 473
1	19	GLU	GLU	LEU	LEU	D	C	20 - 483	10 - 473
2	19	GLU	GLU	LEU	LEU	N	M	20 - 483	10 - 473
1	20	GLU	GLU	ASP	ASP	D	C	20 - 484	10 - 474
2	20	GLU	GLU	ASP	ASP	P	O	20 - 484	10 - 474
1	21	GLN	GLN	SER	SER	C	D	3 - 73	3 - 73
2	21	GLN	GLN	SER	SER	E	F	3 - 73	3 - 73
1	22	LYS	LYS	VAL	VAL	C	D	2 - 74	2 - 74
2	22	LYS	LYS	VAL	VAL	G	H	2 - 74	2 - 74
1	23	GLN	GLN	SER	SER	C	D	3 - 73	3 - 73
2	23	GLN	GLN	SER	SER	I	J	3 - 73	3 - 73
1	24	LEU	LEU	VAL	VAL	C	D	4 - 74	4 - 74
2	24	LEU	LEU	VAL	VAL	K	L	4 - 74	4 - 74
1	25	LEU	LEU	ALA	ALA	C	D	4 - 72	4 - 72
2	25	LEU	LEU	ALA	ALA	M	N	4 - 72	4 - 72
1	26	GLN	GLN	VAL	VAL	C	D	3 - 74	3 - 74
2	26	GLN	GLN	VAL	VAL	O	P	3 - 74	3 - 74
1	27	GLU	GLU	LEU	LEU	F	E	20 - 483	10 - 473
2	27	GLU	GLU	LEU	LEU	H	G	20 - 483	10 - 473
1	28	GLU	GLU	LEU	LEU	F	E	20 - 482	10 - 472
2	28	GLU	GLU	LEU	LEU	J	I	20 - 482	10 - 472
1	29	GLU	GLU	LEU	LEU	F	E	20 - 483	10 - 473
2	29	GLU	GLU	LEU	LEU	L	K	20 - 483	10 - 473
1	30	GLU	GLU	LEU	LEU	F	E	20 - 483	10 - 473
2	30	GLU	GLU	LEU	LEU	N	M	20 - 483	10 - 473
1	31	GLU	GLU	LEU	LEU	F	E	20 - 482	10 - 472
2	31	GLU	GLU	LEU	LEU	P	O	20 - 482	10 - 472
1	32	GLN	GLN	SER	SER	E	F	3 - 73	3 - 73
2	32	GLN	GLN	SER	SER	G	H	3 - 73	3 - 73
1	33	GLN	GLN	VAL	VAL	E	F	3 - 74	3 - 74
2	33	GLN	GLN	VAL	VAL	I	J	3 - 74	3 - 74
1	34	LEU	LEU	SER	SER	E	F	4 - 73	4 - 73
2	34	LEU	LEU	SER	SER	K	L	4 - 73	4 - 73
1	35	LEU	LEU	ALA	ALA	E	F	4 - 72	4 - 72
2	35	LEU	LEU	ALA	ALA	M	N	4 - 72	4 - 72
1	36	GLN	GLN	SER	SER	E	F	3 - 73	3 - 73
2	36	GLN	GLN	SER	SER	O	P	3 - 73	3 - 73
1	37	GLU	GLU	LEU	LEU	H	G	20 - 482	10 - 472
2	37	GLU	GLU	LEU	LEU	J	I	20 - 482	10 - 472
1	38	GLU	GLU	LEU	LEU	H	G	20 - 483	10 - 473
2	38	GLU	GLU	LEU	LEU	L	K	20 - 483	10 - 473
1	39	GLU	GLU	LEU	LEU	H	G	20 - 483	10 - 473
2	39	GLU	GLU	LEU	LEU	N	M	20 - 483	10 - 473
1	40	GLU	GLU	LEU	LEU	H	G	20 - 482	10 - 472
2	40	GLU	GLU	LEU	LEU	P	O	20 - 482	10 - 472
1	41	GLN	GLN	SER	SER	G	H	3 - 73	3 - 73
2	41	GLN	GLN	SER	SER	I	J	3 - 73	3 - 73
1	42	LEU	LEU	ALA	ALA	G	H	4 - 75	4 - 75
2	42	LEU	LEU	ALA	ALA	K	L	4 - 75	4 - 75
1	43	LEU	LEU	ALA	ALA	G	H	4 - 72	4 - 72
2	43	LEU	LEU	ALA	ALA	M	N	4 - 72	4 - 72
1	44	GLN	GLN	ALA	ALA	G	H	3 - 75	3 - 75
2	44	GLN	GLN	ALA	ALA	O	P	3 - 75	3 - 75
1	45	GLU	GLU	LEU	LEU	J	I	20 - 482	10 - 472
2	45	GLU	GLU	LEU	LEU	L	K	20 - 482	10 - 472
1	46	GLU	GLU	LEU	LEU	J	I	20 - 482	10 - 472
2	46	GLU	GLU	LEU	LEU	N	M	20 - 482	10 - 472
1	47	GLU	GLU	ASP	ASP	J	I	20 - 484	10 - 474
2	47	GLU	GLU	ASP	ASP	P	O	20 - 484	10 - 474
1	48	LEU	LEU	SER	SER	I	J	4 - 73	4 - 73
2	48	LEU	LEU	SER	SER	K	L	4 - 73	4 - 73
1	49	LEU	LEU	ALA	ALA	I	J	4 - 72	4 - 72
2	49	LEU	LEU	ALA	ALA	M	N	4 - 72	4 - 72
1	50	GLN	GLN	SER	SER	I	J	3 - 73	3 - 73
2	50	GLN	GLN	SER	SER	O	P	3 - 73	3 - 73
1	51	GLU	GLU	LEU	LEU	L	K	20 - 483	10 - 473
2	51	GLU	GLU	LEU	LEU	N	M	20 - 483	10 - 473
1	52	GLU	GLU	LEU	LEU	L	K	20 - 482	10 - 472
2	52	GLU	GLU	LEU	LEU	P	O	20 - 482	10 - 472
1	53	LEU	LEU	ALA	ALA	K	L	4 - 72	4 - 72
2	53	LEU	LEU	ALA	ALA	M	N	4 - 72	4 - 72
1	54	LEU	LEU	ALA	ALA	K	L	4 - 75	4 - 75
2	54	LEU	LEU	ALA	ALA	O	P	4 - 75	4 - 75
1	55	GLU	GLU	LEU	LEU	N	M	20 - 482	10 - 472
2	55	GLU	GLU	LEU	LEU	P	O	20 - 482	10 - 472
1	56	LEU	LEU	ALA	ALA	M	N	4 - 72	4 - 72
2	56	LEU	LEU	ALA	ALA	O	P	4 - 72	4 - 72

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	TqaA 分子量: 53549.258 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domain residues 3598-4074 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium aethiopicum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1CWE4
#2: タンパク質	TqaA 分子量: 8088.148 Da / 分子数: 8 / 断片: T3 domain residues 3522-3597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium aethiopicum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1CWE4
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE 分子量: 358.348 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₃N₂O₇PS
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, magnesium chloride, Sodium polyacrylate 5100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 182212 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 2.49→2.58 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DIJ

5dij

解像度: 2.49→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 8.963 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22164	9162	5 %	RANDOM
R_work	0.19398	-	-	-
obs	0.19537	173050	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.519 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	0 Å²	-0.29 Å²
2-	-	0.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32182	0	186	696	33064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	33206
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	31172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.668	1.947	45305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.469	3	71664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.048	5	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.788	23.871	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.689	15	5263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.901	15	192
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	5172
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	37271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	7801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.465	4.203	16248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.464	4.203	16247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.191	6.297	20254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.191	6.297	20255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.398	4.667	16958
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.398	4.667	16958
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.827	6.811	25052
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.068	33.744	36522
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.068	33.744	36521
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	26697	0.08
1	2	D	26697	0.08
2	1	B	26421	0.08
2	2	F	26421	0.08
3	1	B	26201	0.09
3	2	H	26201	0.09
4	1	B	26413	0.08
4	2	J	26413	0.08
5	1	B	26218	0.08
5	2	L	26218	0.08
6	1	B	26079	0.09
6	2	N	26079	0.09
7	1	B	26292	0.09
7	2	P	26292	0.09
8	1	A	4015	0.08
8	2	C	4015	0.08
9	1	A	3874	0.08
9	2	E	3874	0.08
10	1	A	4029	0.12
10	2	G	4029	0.12
11	1	A	3827	0.09
11	2	I	3827	0.09
12	1	A	3730	0.12
12	2	K	3730	0.12
13	1	A	3649	0.11
13	2	M	3649	0.11
14	1	A	3897	0.12
14	2	O	3897	0.12
15	1	D	26551	0.08
15	2	F	26551	0.08
16	1	D	26198	0.09
16	2	H	26198	0.09
17	1	D	26367	0.09
17	2	J	26367	0.09
18	1	D	26201	0.09
18	2	L	26201	0.09
19	1	D	26105	0.09
19	2	N	26105	0.09
20	1	D	26421	0.08
20	2	P	26421	0.08
21	1	C	3913	0.07
21	2	E	3913	0.07
22	1	C	3961	0.11
22	2	G	3961	0.11
23	1	C	3863	0.09
23	2	I	3863	0.09
24	1	C	3791	0.1
24	2	K	3791	0.1
25	1	C	3677	0.1
25	2	M	3677	0.1
26	1	C	3871	0.12
26	2	O	3871	0.12
27	1	F	26289	0.09
27	2	H	26289	0.09
28	1	F	26425	0.08
28	2	J	26425	0.08
29	1	F	26353	0.08
29	2	L	26353	0.08
30	1	F	26121	0.09
30	2	N	26121	0.09
31	1	F	26295	0.08
31	2	P	26295	0.08
32	1	E	3864	0.09
32	2	G	3864	0.09
33	1	E	3906	0.1
33	2	I	3906	0.1
34	1	E	3749	0.09
34	2	K	3749	0.09
35	1	E	3704	0.09
35	2	M	3704	0.09
36	1	E	3897	0.1
36	2	O	3897	0.1
37	1	H	26197	0.09
37	2	J	26197	0.09
38	1	H	26549	0.08
38	2	L	26549	0.08
39	1	H	26555	0.08
39	2	N	26555	0.08
40	1	H	26550	0.07
40	2	P	26550	0.07
41	1	G	3763	0.12
41	2	I	3763	0.12
42	1	G	3839	0.1
42	2	K	3839	0.1
43	1	G	3671	0.1
43	2	M	3671	0.1
44	1	G	3938	0.11
44	2	O	3938	0.11
45	1	J	26141	0.09
45	2	L	26141	0.09
46	1	J	26045	0.09
46	2	N	26045	0.09
47	1	J	26329	0.09
47	2	P	26329	0.09
48	1	I	3679	0.11
48	2	K	3679	0.11
49	1	I	3659	0.1
49	2	M	3659	0.1
50	1	I	3854	0.11
50	2	O	3854	0.11
51	1	L	26347	0.08
51	2	N	26347	0.08
52	1	L	26360	0.08
52	2	P	26360	0.08
53	1	K	3723	0.09
53	2	M	3723	0.09
54	1	K	3839	0.11
54	2	O	3839	0.11
55	1	N	26420	0.08
55	2	P	26420	0.08
56	1	M	3719	0.1
56	2	O	3719	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.492→2.557 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	641	-
R_work	0.283	12074	-
obs	-	-	93.71 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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