PDB-5ej7: EcMenD-ThDP-Mn2+ complex soaked with 2-ketoglutarate for 21 s

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ej7

タイトル

EcMenD-ThDP-Mn2+ complex soaked with 2-ketoglutarate for 21 s

要素

2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Post-decarboxylation intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Song, H.G. / Dong, C. / Chen, Y.Z. / Sun, Y.R. / Guo, Z.H.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Thiamine-Dependent Enzyme Utilizes an Active Tetrahedral Intermediate in Vitamin K Biosynthesis
著者: Song, H.G. / Dong, C. / Qin, M.M. / Chen, Y.Z. / Sun, Y.R. / Liu, J.J. / Chan, W. / Guo, Z.H.

履歴

登録	2015年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ej7.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ej7.ent.gz	1.6 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ej7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ej7_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ej7_full_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示
XML形式データ	5ej7_validation.xml.gz	214.6 KB	表示
CIF形式データ	5ej7_validation.cif.gz	329.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ej7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ej7	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (5) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

ヘテロ分子

497 kDa, 8 ポリマー
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1

A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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2

C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

ヘテロ分子

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124 kDa, 2 ポリマー
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3

E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

ヘテロ分子

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4

G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.600, 90.611, 167.570
Angle α, β, γ (deg.)	76.08, 83.45, 63.44
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / ThDP-dependent enzyme MenD / SEPHCHC synthase / Menaquinone biosynthesis protein MenD 分子量: 61433.781 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 substr. MG1655 / 遺伝子: menD, b2264, JW5374 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase
#2: 化合物	ChemComp-TD6 / (4S)-4-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3lambda~5~-thiazol-2-yl}-4-hydroxybutanoic acid 分子量: 527.403 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₄O₁₀P₂S
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.16 M magnesium formate, 1% tascimate pH 7.0, 0.02 M HEPES pH 7.0, 14% PEG 3350 and 2% PEG MME 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→33.49 Å / Num. obs: 634680 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.56→1.58 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.192 / % possible all: 91.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.56→32.447 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183	32111	5.06 %
R_work	0.1458	-	-
obs	0.1477	634670	95.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→32.447 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34516	0	357	6111	40984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	36884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	50502
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.278	13453
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	5535
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	6650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.558-1.5757	0.2299	1013	0.1868	18635	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5757-1.5942	0.2112	1077	0.1756	19882	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5942-1.6137	0.2199	1024	0.1726	19858	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6137-1.6341	0.2161	1017	0.1698	19776	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6341-1.6556	0.2129	1056	0.1663	19901	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6556-1.6783	0.2048	1077	0.1608	19951	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6783-1.7023	0.2106	1117	0.1605	19868	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7023-1.7277	0.2071	1052	0.162	19872	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7277-1.7547	0.2029	1056	0.1561	19834	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7547-1.7834	0.2134	1132	0.1635	20004	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7834-1.8142	0.2023	1098	0.1593	20028	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8142-1.8472	0.2096	1003	0.1572	20100	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8472-1.8827	0.1879	1019	0.1511	20054	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8827-1.9211	0.1967	1051	0.1508	20098	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9211-1.9629	0.1923	1067	0.1478	20118	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9629-2.0085	0.1819	1119	0.1449	20138	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0085-2.0588	0.1845	1033	0.1457	20265	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0588-2.1144	0.1884	1087	0.1447	20137	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1144-2.1766	0.1833	1001	0.1419	20276	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1766-2.2469	0.1825	1047	0.1459	20212	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2469-2.3271	0.1934	1102	0.1477	20366	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3271-2.4203	0.185	1114	0.1422	20210	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4203-2.5304	0.1859	1131	0.144	20337	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5304-2.6637	0.183	1073	0.1401	20478	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6637-2.8306	0.1872	1013	0.1439	20394	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8306-3.049	0.1767	1155	0.1405	20240	X-RAY DIFFRACTION	97
3.049-3.3555	0.1581	1121	0.1329	20272	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3555-3.8404	0.1609	1103	0.1296	20095	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8404-4.8359	0.1475	1024	0.1279	20450	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8359-32.4537	0.1745	1129	0.1539	20710	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.295	-0.1978	-0.0363	0.6272	0.1136	0.3862	0.0199	-0.0046	0.0002	-0.0413	-0.0187	0.0644	-0.0001	-0.0388	-0.004	0.0707	-0.0123	-0.0112	0.0377	0.0035	0.0716	-44.2885	1.4216	-23.325
2	2.3422	0.6199	-0.2651	0.4839	-0.0589	0.1131	0.0293	-0.0028	0.1165	-0.0327	-0.011	0.0298	-0.0666	0.0048	-0.0295	0.1129	-0.0057	-0.0201	0.049	0.0064	0.0869	-36.057	22.8075	-25.2452
3	0.226	-0.0533	0.0794	0.796	0.4208	0.4491	-0.0068	0.0394	0.0584	-0.0689	0.0325	-0.158	-0.0357	0.0984	-0.0089	0.085	-0.0283	0.0285	0.0759	0.0039	0.1093	-7.6436	13.1516	-33.3693
4	0.3001	-0.0879	-0.0202	0.3241	0.0525	0.5687	0.0266	0.0191	-0.0094	-0.0122	-0.0047	-0.0591	0.0358	0.0603	-0.023	0.0798	0.0006	0.0104	0.0489	-0	0.0726	-16.8167	-9.1206	-39.6274
5	0.2884	-0.0052	0.104	0.4133	-0.0402	0.691	0.003	-0.0131	-0.0085	0.0142	0.0138	-0.0618	0.0324	0.0406	-0.0154	0.0731	0.0005	-0.0066	0.0423	-0.0012	0.0661	-18.2635	-13.6025	-9.9495
6	2.6219	0.6351	-0.1948	0.4098	-0.139	0.1193	-0.0245	-0.12	-0.0833	0.1117	0.0079	-0.0028	0.1098	0.0017	-0.0077	0.1463	0.0013	0.0028	0.0649	-0.0088	0.0798	-27.6512	-24.2871	7.5223
7	0.1713	-0.0082	0.0603	0.409	0.2905	0.7434	0.0075	-0.0021	-0.0144	0.034	-0.0146	0.0981	0.0606	-0.0894	-0.0058	0.1055	-0.0385	0.0142	0.0644	0.0174	0.1288	-55.2652	-30.5564	-6.1639
8	0.357	0.0964	-0.0462	0.2768	-0.0265	0.3314	0.0059	0.0086	-0.0592	0.012	0.0175	0.0264	0.0623	-0.0308	-0.0181	0.1235	-0.0294	-0.0169	0.044	0.0056	0.0927	-39.1575	-30.9221	-24.6226
9	0.3276	0.1652	-0.0362	0.4096	-0.0992	0.3055	-0.0266	0.0207	-0.0304	-0.1091	0.0366	0.0462	0.063	-0.0544	-0.0074	0.1479	-0.0385	-0.0257	0.0665	-0.0084	0.0938	-44.6918	-27.7814	-34.8692
10	0.3726	-0.0429	-0.181	0.4036	0.0552	0.5442	0.0047	-0.0375	0.0437	0.0544	0.0256	-0.1199	-0.0275	0.0489	-0.0263	0.0903	-0.0127	-0.0271	0.0521	-0.0116	0.0939	-18.8913	14.7028	3.3512
11	2.0285	-0.5533	0.9356	0.261	-0.2832	0.5706	-0.1026	0.0571	0.1265	-0.0081	0.0207	-0.1393	-0.1775	0.0297	0.0431	0.1224	-0.0316	-0.0175	0.0559	-0.0083	0.1313	-21.3172	26.0557	-15.8538
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14	1.314	-0.2326	0.4098	0.5104	0.125	1.1019	-0.0335	-0.1022	0.1012	0.1079	0.0361	-0.007	-0.1352	-0.1179	0.0217	0.1665	0.0312	0.0159	0.0961	-0.0202	0.1042	-49.0565	38.0017	18.3353
15	0.4057	0.0894	0.101	0.5443	0.1925	0.5063	-0.0057	-0.0348	-0.0109	0.0912	-0.0029	0.0781	0.0311	-0.0459	0.0017	0.0838	-0.0075	0.0164	0.0486	0.0122	0.0754	-49.5747	2.7178	7.5367
16	2.6033	-0.868	0.893	0.7997	-0.2684	0.4864	-0.0468	-0.1615	-0.1292	0.1903	0.0722	0.0995	0.0791	-0.0437	-0.0545	0.1565	-0.0244	0.0295	0.0798	0.0207	0.1107	-45.0712	-18.8085	11.5933
17	0.3422	-0.1018	0.079	0.4422	0.3874	1.0014	-0.0899	-0.1184	-0.075	0.3246	0.1189	-0.1218	0.116	0.0859	-0.0287	0.2206	0.0516	-0.0493	0.1069	0.007	0.1082	-19.1998	-14.9368	24.4081
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22	1.7056	1.6736	0.1957	2.0539	0.2171	0.1935	-0.012	-0.0485	-0.0625	0.0314	0.0161	-0.0774	0.0331	0.0552	-0.0119	0.0564	0.0346	0.0132	0.0977	0.0177	0.0995	-28.0818	7.9089	-65.8343
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24	0.2711	-0.0327	-0.0371	0.3684	0.0626	0.5215	0.0023	0.0105	0.0421	0.0163	0.015	-0.0212	-0.0758	-0.0012	-0.0164	0.0579	0.0193	-0.0102	0.0847	-0.0083	0.0643	-46.9549	40.0695	-51.6484
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26	0.8066	0.8217	0.1234	1.2678	0.022	0.1483	-0.0407	0.0535	0.0737	-0.1194	0.0101	0.0961	-0.0472	-0.0736	0.0115	0.0809	0.03	0.0032	0.1201	0.0043	0.0731	-65.2588	37.5066	-98.6444
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38	0.569	-0.2763	-0.4666	0.5083	0.3138	0.6789	0.1015	0.1524	0.1011	-0.2344	-0.0868	-0.0456	-0.1311	-0.0413	-0.0172	0.1687	0.0441	0.0096	0.1497	0.0396	0.1046	-50.7924	40.2285	-119.8666
39	0.4638	-0.1463	-0.0128	0.4161	-0.0555	0.5859	0.0743	0.0721	0.0545	-0.1515	-0.0688	-0.0639	-0.018	0.0079	-0.0039	0.1362	0.0278	0.0375	0.1386	0.0215	0.0856	-34.3539	20.6131	-120.3702
40	0.9913	0.2219	-0.3047	1.6113	-0.0881	0.8632	0.0438	0.1637	0.1483	-0.2361	-0.0277	-0.0872	-0.0641	0.0815	-0.0094	0.228	0.0109	0.079	0.2073	0.0324	0.1487	-32.9138	27.1002	-130.4806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 182 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 183 through 219 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 220 through 384 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 385 through 556 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 182 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 183 through 219 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 220 through 363 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 364 through 468 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 469 through 556 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 182 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 183 through 219 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 220 through 384 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 385 through 503 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 504 through 556 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1 through 182 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 183 through 219 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 220 through 336 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 337 through 384 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 385 through 513 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 514 through 556 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 1 through 182 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 183 through 219 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 220 through 384 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 385 through 556 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 1 through 182 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 183 through 219 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 220 through 347 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 348 through 384 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 385 through 556 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'G' and (resid 1 through 182 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'G' and (resid 183 through 219 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'G' and (resid 220 through 336 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 337 through 384 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 385 through 513 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 514 through 556 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 1 through 182 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 183 through 219 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 220 through 384 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 385 through 513 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'H' and (resid 514 through 556 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)