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- PDB-5ej5: EcMenD-ThDP-Mn2+ complex soaked with 2-ketoglutarate for 1.5 h -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ej5
タイトルEcMenD-ThDP-Mn2+ complex soaked with 2-ketoglutarate for 1.5 h
要素2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Post-decarboxylation intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold ...Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-TD6 / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Song, H.G. / Dong, C. / Chen, Y.Z. / Sun, Y.R. / Guo, Z.H.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: A Thiamine-Dependent Enzyme Utilizes an Active Tetrahedral Intermediate in Vitamin K Biosynthesis
著者: Song, H.G. / Dong, C. / Qin, M.M. / Chen, Y.Z. / Sun, Y.R. / Liu, J.J. / Chan, W. / Guo, Z.H.
履歴
登録2015年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)496,86632
ポリマ－491,4708
非ポリマー5,39524
水29,4001632
1
A: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
B: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,2168
ポリマ－122,8682
非ポリマー1,3496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area37970 Å2
手法PISA
2
C: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
D: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,2168
ポリマ－122,8682
非ポリマー1,3496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area38040 Å2
手法PISA
3
E: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
F: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,2168
ポリマ－122,8682
非ポリマー1,3496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38020 Å2
手法PISA
4
G: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
H: 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,2168
ポリマ－122,8682
非ポリマー1,3496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7970 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.760, 90.800, 170.100
Angle α, β, γ (deg.)75.79, 83.29, 64.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase / ThDP-dependent enzyme MenD / SEPHCHC synthase / Menaquinone biosynthesis protein MenD


分子量: 61433.781 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 substr. MG1655 / 遺伝子: menD, b2264, JW5374 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase
#2: 化合物
ChemComp-TD6 / (4S)-4-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3lambda~5~-thiazol-2-yl}-4-hydroxybutanoic acid


分子量: 527.403 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N4O10P2S
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.16 M magnesium formate, 1% tascimate pH 7.0, 0.02 M HEPES pH 7.0, 14% PEG 3350 and 2% PEG MME 5000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→36.28 Å / Num. obs: 194725 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.3→33.759 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 9871 5.07 %
Rwork0.183 --
obs0.1857 194703 92.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34466 0 320 1632 36418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00835910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14149085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.77412931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0495423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066405
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32610.32843380.25366457X-RAY DIFFRACTION95
2.3261-2.35350.30273350.22686267X-RAY DIFFRACTION96
2.3535-2.38220.29413620.21426349X-RAY DIFFRACTION95
2.3822-2.41230.27593360.21536404X-RAY DIFFRACTION96
2.4123-2.44410.29623700.21766392X-RAY DIFFRACTION96
2.4441-2.47750.28033410.21186398X-RAY DIFFRACTION96
2.4775-2.51290.27413190.20316388X-RAY DIFFRACTION96
2.5129-2.55040.28923190.2096390X-RAY DIFFRACTION96
2.5504-2.59030.28343220.21566448X-RAY DIFFRACTION96
2.5903-2.63270.26473300.20346391X-RAY DIFFRACTION96
2.6327-2.67810.30652750.20675234X-RAY DIFFRACTION96
2.6781-2.72680.26022370.21344675X-RAY DIFFRACTION96
2.7268-2.77920.29443510.2146432X-RAY DIFFRACTION96
2.7792-2.83590.29363740.21866457X-RAY DIFFRACTION96
2.8359-2.89750.24684170.20346239X-RAY DIFFRACTION96
2.8975-2.96490.2683540.26400X-RAY DIFFRACTION96
2.9649-3.0390.26453560.20086479X-RAY DIFFRACTION96
3.039-3.12110.22933270.19496431X-RAY DIFFRACTION96
3.1211-3.21290.23553140.196446X-RAY DIFFRACTION96
3.2129-3.31650.23893640.18626355X-RAY DIFFRACTION96
3.3165-3.43490.24143500.19176373X-RAY DIFFRACTION96
3.4349-3.57230.22942620.18234647X-RAY DIFFRACTION69
3.5723-3.73470.24612310.20084896X-RAY DIFFRACTION73
3.7347-3.93130.20232490.17445214X-RAY DIFFRACTION95
3.9313-4.17720.2213430.16476293X-RAY DIFFRACTION95
4.1772-4.4990.173070.14446368X-RAY DIFFRACTION95
4.499-4.95050.16363220.13776447X-RAY DIFFRACTION97
4.9505-5.66390.19053640.14156552X-RAY DIFFRACTION98
5.6639-7.12490.19653230.15976529X-RAY DIFFRACTION98
7.1249-33.76240.17573790.14576481X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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