PDB-5ej2: Crystal structure of Carveol dehydrogenase from Mycobacterium avi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ej2

タイトル

Crystal structure of Carveol dehydrogenase from Mycobacterium avium in complex with NAD

要素

Carveol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Carveol dehydrogenase / NAD / dehydrogenase / Mycobacterium avium / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

(+)-trans-carveol dehydrogenase / (+)-trans-carveol dehydrogenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Mycofactocin-associated mycobacterial dehydrogenases with non-exchangeable NAD cofactors.
著者: Haft, D.H. / Pierce, P.G. / Mayclin, S.J. / Sullivan, A. / Gardberg, A.S. / Abendroth, J. / Begley, D.W. / Phan, I.Q. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Marathias, V.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年10月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年12月2日	ID: 3UWR
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ej2.cif.gz	434.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ej2.ent.gz	356.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ej2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ej2_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ej2_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5ej2_validation.xml.gz	45.8 KB	表示
CIF形式データ	5ej2_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ej2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ej2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3oecC 3pgxC 3pxxC 3s55C 3sx2C 3t7cC 3tscC 4rgbC 3uveS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vdr-d 1xr3-1 4dc0-1 1x7h-1 2ztl-d 2rhc-1 3qrw-1 2rhr-1 1x7g-1 4dc1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MyavA.01326.q

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carveol dehydrogenase

B: Carveol dehydrogenase

C: Carveol dehydrogenase

D: Carveol dehydrogenase

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Carveol dehydrogenase

B: Carveol dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Carveol dehydrogenase

B: Carveol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 4 ポリマー
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2

C: Carveol dehydrogenase

D: Carveol dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Carveol dehydrogenase

D: Carveol dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.820, 132.210, 155.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-528- HOH

#1: タンパク質	Carveol dehydrogenase / MyavA.01326.q 分子量: 32846.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: MAV_2983 / プラスミド: MyavA.01326.q.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0H2ZYS9, (+)-trans-carveol dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: JCSG+ A11 optimized: 50% MPD, 200mM Ammonium phosphate, 100mM Tris pH 8.5; MyavA.01326.q.A1.PS00712 at 26.9mg/ml; cryo: 15% EG; tray: 220331a8; puck dzb3-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 68679 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.76 % / B_iso Wilson estimate: 21.97 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_rim(I) all: 0.121 / Χ²: 0.939 / Net I/σ(I): 15.17 / Num. measured all: 395887

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	5.8	0.873	0.536	3.21	29290	5038	5035	0.587	99.9
2.21-2.27		0.901	0.444	3.87	28371	4902	4896	0.487	99.9
2.27-2.33		0.911	0.407	4.29	27769	4769	4765	0.446	99.9
2.33-2.4		0.947	0.334	5.15	26923	4640	4638	0.365	100
2.4-2.48		0.945	0.321	5.33	26003	4472	4468	0.352	99.9
2.48-2.57		0.956	0.265	6.52	25304	4369	4362	0.29	99.8
2.57-2.67		0.963	0.24	7.22	24466	4227	4221	0.263	99.9
2.67-2.78		0.973	0.195	9.04	23518	4066	4063	0.214	99.9
2.78-2.9		0.982	0.165	10.42	22608	3900	3893	0.18	99.8
2.9-3.04		0.99	0.124	13.66	21640	3760	3754	0.136	99.8
3.04-3.21		0.994	0.101	16.37	20295	3524	3515	0.111	99.7
3.21-3.4		0.995	0.085	19.56	19441	3389	3378	0.093	99.7
3.4-3.63		0.998	0.059	27.1	18115	3162	3148	0.064	99.6
3.63-3.93		0.998	0.053	29.76	16906	2969	2949	0.058	99.3
3.93-4.3		0.999	0.044	34.59	15523	2748	2722	0.048	99.1
4.3-4.81		0.999	0.036	40.5	13858	2490	2464	0.04	99
4.81-5.55		0.999	0.041	35.68	12213	2235	2209	0.045	98.8
5.55-6.8		0.999	0.046	31.93	10795	1903	1877	0.05	98.6
6.8-9.62		0.999	0.025	51.3	8320	1500	1467	0.027	97.8
9.62-50		1	0.02	54.66	4529	907	855	0.022	94.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	dev_2210	精密化
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3uve

3uve

解像度: 2.15→48.136 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	2000	2.91 %	Random selection
R_work	0.148	66641	-	-
obs	0.1492	68641	99.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.73 Å² / B_iso mean: 27.2262 Å² / B_iso min: 7.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→48.136 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8185	0	218	545	8948
B_iso mean	-	-	27.19	33.32	-
残基数	-	-	-	-	1108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8602
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.834	11760
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.366	5034

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.2038	0.2413	141	0.1818	4713	4854	100
2.2038-2.2634	0.2199	142	0.1684	4716	4858	100
2.2634-2.33	0.206	141	0.1665	4691	4832	100
2.33-2.4052	0.206	141	0.1573	4714	4855	100
2.4052-2.4911	0.2247	142	0.1619	4730	4872	100
2.4911-2.5909	0.1776	141	0.1559	4723	4864	100
2.5909-2.7088	0.1986	142	0.1546	4708	4850	100
2.7088-2.8516	0.185	143	0.1516	4763	4906	100
2.8516-3.0302	0.2064	143	0.1499	4776	4919	100
3.0302-3.2641	0.2007	142	0.1537	4737	4879	100
3.2641-3.5925	0.2125	144	0.1412	4793	4937	100
3.5925-4.1121	0.1749	144	0.1302	4776	4920	99
4.1121-5.1798	0.146	144	0.1221	4826	4970	99
5.1798-48.1481	0.1729	150	0.1556	4975	5125	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2737	0.0919	0.0579	1.5233	-0.2289	1.5724	-0.0709	-0.2396	0.052	0.2517	0.0692	0.0989	-0.2322	-0.2042	0.0022	0.1977	0.0559	0.0092	0.1992	-0.0341	0.1116	15.3953	14.5079	183.8609
2	0.2453	-0.2961	0.7265	1.0072	-0.747	3.0783	-0.0683	-0.1834	0.0171	0.1205	0.0391	0.1173	-0.3649	-0.2012	0.0655	0.1684	0.0592	-0.0162	0.1675	-0.0322	0.1345	19.4574	19.0153	173.6871
3	2.0255	-0.6114	0.6327	1.0896	-0.4121	1.3452	-0.0175	-0.0101	0.025	0.026	0.0391	-0.0236	-0.17	-0.017	-0.0198	0.1389	0.0106	0.0006	0.1427	-0.0084	0.081	21.0909	14.0557	166.5332
4	0.9781	0.4962	-0.1424	1.5041	0.78	1.3166	-0.0726	-0.0142	0.1075	-0.0681	-0.0749	0.3207	-0.1685	-0.2984	0.0714	0.1238	0.0455	-0.0009	0.1991	-0.0058	0.1311	7.8432	3.8448	170.1239
5	1.125	0.061	0.0868	1.0898	0.2206	1.2467	-0.1338	0.2272	0.1262	-0.2503	0.0536	-0.0129	-0.3256	-0.0004	0.0686	0.2567	-0.0429	-0.0428	0.1652	0.042	0.125	23.3457	25.9872	135.9109
6	0.1371	0.0563	0.6755	1.2058	-0.7905	4.0863	-0.0683	0.1787	0.1573	-0.0045	-0.0031	0.0302	-0.326	0.1521	0.1181	0.1568	0.0106	-0.0261	0.1117	0.014	0.1699	19.3494	25.292	147.0752
7	1.498	0.075	0.217	1.2561	0.0539	1.4412	-0.0832	0.0516	0.1001	0.0084	0.0541	0.0245	-0.2558	-0.0222	0.0335	0.1198	0.0193	-0.0112	0.1045	0.0044	0.0954	17.6313	17.7283	151.1289
8	0.7991	-0.1587	-0.7189	2.1515	-0.3081	0.9419	-0.1043	-0.0797	0.1177	0.1389	-0.0017	-0.3822	-0.1324	0.1712	0.0485	0.1389	-0.0355	-0.0358	0.1561	-0.0007	0.1305	31.0224	10.3538	143.5073
9	1.5981	-0.1564	-0.3215	0.7819	-0.3166	1.9471	-0.118	0.4228	-0.1887	-0.5434	0.1609	-0.151	0.2328	-0.0613	-0.0565	0.3901	-0.0986	0.0583	0.2368	-0.0657	0.2496	46.8334	47.1936	128.847
10	0.3784	0.3696	-0.2892	1.884	-0.4276	3.4936	-0.1328	0.2338	-0.1464	-0.3263	0.1522	-0.1129	0.3909	-0.0281	0.0965	0.2157	-0.0273	0.0321	0.1437	-0.0342	0.2929	50.5764	44.1152	139.952
11	1.8107	0.2759	-0.4889	2.0504	-0.3693	1.7659	-0.0829	0.0401	-0.1362	-0.1462	0.0924	-0.1946	0.2351	0.1247	-0.0082	0.1542	0.0065	0.0231	0.131	-0.0218	0.2422	52.5034	50.3954	145.894
12	0.9875	-0.3731	0.7691	2.2862	0.6889	1.1738	-0.1514	0.0849	-0.1505	-0.0499	0.0732	0.2714	0.2022	-0.1456	0.0468	0.1963	-0.0602	0.0246	0.1755	0.0284	0.1939	39.1577	59.7445	140.947
13	1.3735	-0.0125	0.2365	1.3879	-0.5134	0.576	-0.1715	-0.3993	-0.3715	0.501	0.1736	-0.1382	0.2683	0.1126	-0.0397	0.3678	0.1738	-0.0429	0.3219	0.1059	0.3624	54.7793	43.5239	177.9396
14	0.1611	-0.292	-0.1157	1.3067	0.0216	3.1728	-0.0967	-0.2712	-0.2324	0.1395	0.0929	-0.0739	0.4019	0.2133	0.0416	0.228	0.0918	0.0083	0.1929	0.0793	0.3277	49.935	42.1132	167.7441
15	1.6721	-0.2769	-0.9235	1.5587	0.3056	1.6111	-0.1036	-0.0805	-0.1872	0.0063	0.1254	-0.0639	0.2251	0.0823	-0.0301	0.156	0.0365	-0.0325	0.1311	0.0373	0.2501	49.0435	49.2336	161.7237
16	1.419	-0.0834	0.4355	1.8294	-0.5144	0.8757	-0.1572	-0.0554	-0.1402	0.0039	0.0336	-0.3968	0.1323	0.2938	0.0998	0.1886	0.0696	-0.0351	0.2571	0.0128	0.2763	62.3004	57.8761	168.1906

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 87 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 125 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 199 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 200 through 286 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 10 through 87 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 125 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 126 through 199 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 200 through 286 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 10 through 87 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 88 through 125 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 126 through 199 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 200 through 286 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 10 through 87 )	D
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 88 through 125 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 126 through 199 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 200 through 286 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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