PDB-5ehw: human carbonic anhydrase II in complex with ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ehw

タイトル

human carbonic anhydrase II in complex with ligand

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

TRANSFERASE / human carbonic anhydrase II

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.392 Å

データ登録者

Ren, B.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Native State Mass Spectrometry, Surface Plasmon Resonance, and X-ray Crystallography Correlate Strongly as a Fragment Screening Combination.
著者: Woods, L.A. / Dolezal, O. / Ren, B. / Ryan, J.H. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A.

履歴

登録	2015年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ehw.cif.gz	129.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ehw.ent.gz	99.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ehw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ehw_validation.pdf.gz	457.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ehw_full_validation.pdf.gz	458.3 KB	表示
XML形式データ	5ehw_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	5ehw_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5ehw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5ehw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eh5C 5eh7C 5eh8C 5ehvC 5floC 5flpC 5flqC 5flrC 5flsC 5fltC 5fngC 5fnhC 5fniC 5fnjC 5fnkC 5fnlC 5fnmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kuw-d 3hs4-d 1bn4-d 6d1l-d 4k0s-d 3p5l-d 4rn4-d 5eh5-d 3m3x-d 6sks-d 1bv3-d 5fni-d 3uyn-d 6rvf-d 6sd7-d 5flp-d 6vj3-d 4yxo-d 6sys-d 5uln-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.280, 41.699, 72.344
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase

-
非ポリマー , 6種, 317分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-5OO / (~{E})-3-(2,4-dichlorophenyl)prop-2-enoic acid / 2,4-ジクロロけい皮酸分子量: 217.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₆Cl₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, tris-chloride / PH範囲: 8.32

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.392→41.7 Å / Num. obs: 49135 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Net I/σ(I): 11.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.392→39.86 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1685	2004	4.08 %
R_work	0.1514	-	-
obs	0.1521	49119	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.392→39.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2059	0	24	312	2395

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2267
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.201	3093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.48	850
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	318
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3922-1.427	0.2532	143	0.243	3224	X-RAY DIFFRACTION	98
1.427-1.4656	0.2246	135	0.2064	3376	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4656-1.5087	0.2282	143	0.1874	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5087-1.5574	0.1816	153	0.1758	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5574-1.6131	0.1887	132	0.1617	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6131-1.6777	0.1829	147	0.1556	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6777-1.754	0.1972	144	0.1464	3353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.754-1.8465	0.1567	133	0.1378	3364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8465-1.9622	0.1519	143	0.1351	3359	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9622-2.1137	0.1563	151	0.1358	3376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1137-2.3264	0.1786	137	0.138	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3264-2.663	0.1595	152	0.1484	3386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.663-3.3548	0.1369	145	0.1455	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3548-39.8761	0.1626	146	0.1466	3490	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5814	0.5165	-0.7021	1.1765	-0.4308	1.5475	-0.0326	-0.0639	-0.0246	0.0291	-0.0137	-0.2007	0.054	0.2354	0.0157	0.0492	0.0086	-0.0101	0.0826	-0.0048	0.0748	25.6366	-2.5192	21.0912
2	0.3275	-0.672	0.56	1.5731	-1.3935	2.9851	-0.3501	-0.4984	-0.0146	0.301	0.6714	0.2415	-0.1337	-0.6976	-0.1708	0.1568	0.0704	0.0286	0.3181	0.0441	0.134	1.6402	-0.9437	32.6408
3	1.396	-0.1918	-0.6128	1.0146	0.152	1.3193	0.0647	0.1481	0.1649	-0.089	0.0075	0.0687	-0.1181	-0.1273	-0.0348	0.0659	-0.0021	-0.01	0.0629	0.023	0.074	8.0588	1.2362	14.0347
4	1.0918	0.4179	-0.2869	2.072	0.2425	1.5689	0.0567	0.0137	0.1399	0.0394	-0.0303	0.1208	-0.0203	-0.0311	-0.0018	0.0436	0.0074	-0.0055	0.0405	0.0076	0.0533	9.2808	3.5409	18.0208
5	5.9807	3.202	-1.9912	3.3386	-1.2602	1.8536	-0.1923	0.6571	-0.0365	-0.4596	0.2456	0.1365	0.221	-0.512	-0.0203	0.1624	-0.0398	-0.0484	0.2161	-0.0018	0.0938	5.3833	-5.7854	0.147
6	1.1009	-0.0862	-0.4335	0.7124	0.0416	1.0667	0.0315	0.1441	0.0661	-0.0692	0.0138	0.0575	0.0157	-0.1151	-0.0252	0.0557	0.002	-0.0154	0.0594	0.0154	0.0455	8.1623	-0.8689	15.0907
7	1.3404	-0.1779	-0.1599	2.0462	-0.5031	1.91	-0.0927	0.3275	-0.2274	-0.381	-0.0448	-0.2063	0.1854	0.0394	0.14	0.1673	-0.0065	0.0205	0.1447	-0.0153	0.0759	15.7673	-10.4919	1.0765
8	1.5971	-0.1231	0.2201	1.2308	0.6653	1.6782	-0.0161	-0.2141	-0.0131	0.0727	0.0722	-0.0589	0.0049	0.1949	-0.0728	0.0654	-0.0015	-0.0084	0.0222	0.023	0.0527	15.6558	-6.0447	23.9434

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 34 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 35 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 115 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 153 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 154 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 218 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 219 through 237 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 238 through 260 )

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