PDB-5ehn: mAChE-syn TZ2PA5 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ehn

タイトル

mAChE-syn TZ2PA5 complex

要素

Acetylcholinesterase

キーワード

HYDROLASE / acetylcholinesterase / inhibitor / click chemistry / triazole

機能・相同性

機能・相同性情報

serine hydrolase activity / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholine binding / osteoblast development / acetylcholine receptor signaling pathway / acetylcholinesterase activity / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Bourne, Y. / Marchot, P.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2016
タイトル: Steric and Dynamic Parameters Influencing In Situ Cycloadditions to Form Triazole Inhibitors with Crystalline Acetylcholinesterase.
著者: Bourne, Y. / Sharpless, K.B. / Taylor, P. / Marchot, P.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ehn.cif.gz	429 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ehn.ent.gz	351.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ehn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ehn_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ehn_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5ehn_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	5ehn_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5ehn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5ehn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ehqC 5ehzC 5eiaC 5eieC 5eihC 1j06S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gyw-d 2ha3-d 2xuh-d 2h9y-d 2jgm-d 2whr-d 1j07-d 6wvc-1 4b83-d 4b7z-d 2whq-d 4b85-d 6nea-1 2jgi-d 3dl7-d 1n5r-d 4b81-d 4b84-d 6ntg-1 2xuq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Acetylcholinesterase

B: Acetylcholinesterase

ヘテロ分子

121 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.750, 112.450, 227.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Acetylcholinesterase / AChE

分子量: 59764.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ache / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-5NZ / 6-phenyl-5-[5-[3-[2-(1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-ylamino)ethyl]-1,2,3-triazol-4-yl]pentyl]phenanthridin-5-ium-3,8-diamine

分子量: 647.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₄₃N₈

#4: 化合物

ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400

分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.11 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25-35%PEG550 MME or PEG600, 60-100 mM sodium acetate PH範囲: 6.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→45 Å / Num. obs: 62667 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 60.93 Å² / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1j06

1j06

解像度: 2.6→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9195 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9134 / SU R Cruickshank DPI: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.261 / SU R_free Blow DPI: 0.194 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.197

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2029	1268	2.02 %	RANDOM
R_work	0.1816	-	-	-
obs	0.1821	62667	98.46 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.8399 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-10.5334 Å²	0 Å²
3-	-	-	20.3733 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.315 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8340	0	131	214	8685

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	8742	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	11958	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2844	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		188	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1290	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8742	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.49
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.84
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1063	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10057	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2491	114	2.47 %
R_work	0.2183	4506	-
all	0.2191	4620	-
obs	-	-	99.5 %

精密化 TLS

S31: 0.2023 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8396	0.0393	0.1854	0.7578	-0.368	2.0054	-0.0732	0.0005	-0.0386	-0.0236	0.0083	0.0162	-0.0997	0.0649	-0.0523	0.0226	0.0076	-0.1034	0.0295	-0.1218	27.9612	12.5416	16.7877
2	0.8179	0.0264	0.0971	1.2649	0.7062	2.3083	0.0998	0.0785	-0.0705	0.1353	-0.1287	0.1237	-0.0256	0.0289	-0.1029	-0.0317	-0.0076	-0.0988	-0.0714	-0.1595	7.8017	4.3649	-40.251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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