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- PDB-5ehg: DENGUE 3 NS5 METHYLTRANSFERASE BOUND TO S-ADENOSYL METHIONINE AND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ehg
タイトルDENGUE 3 NS5 METHYLTRANSFERASE BOUND TO S-ADENOSYL METHIONINE AND MOLECULE BF341
要素RNA-directed RNA polymerase NS5
キーワードTRANSFERASE / DENGUE VIRUS / NS5 METHYLTRANSFERASE / FRAGMENT-BASED DRUG DISCOVERY
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Vaccinia Virus protein VP39 / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5O0 / S-ADENOSYLMETHIONINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Barral, K. / Bricogne, G. / Sharff, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR- 13-JS07-0006-01 フランス
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of novel dengue virus NS5 methyltransferase non-nucleoside inhibitors by fragment-based drug design.
著者: Benmansour, F. / Trist, I. / Coutard, B. / Decroly, E. / Querat, G. / Brancale, A. / Barral, K.
履歴
登録2015年10月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Data collection / Refinement description
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase NS5
C: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6725
ポリマ－62,4142
非ポリマー1,2593
水7,638424
1
A: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0673
ポリマ－31,2071
非ポリマー8602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6052
ポリマ－31,2071
非ポリマー3981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.145, 185.730, 52.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase NS5


分子量: 31206.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic gene
由来: (組換発現) Dengue virus type 3 (strain Philippines/H87/1956) (デング熱ウイルス)
株: Philippines/H87/1956 / プラスミド: PMCOX20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: P27915, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-5O0 / 4-[3-[(2-azanyl-4-chloranyl-phenyl)carbamoylamino]phenyl]sulfonyloxybenzoic acid


分子量: 461.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16ClN3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 8000 100mM Tris 200mM NaCl 20mM Trisodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.015→92.86 Å / Num. obs: 39664 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rsym value: 0.168 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.015→2.022 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.967 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.967 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ収集
XDS(VERSION January 10データ削減
PDB_EXTRACT(version 0.3.11)データ抽出
SCALA6.4データスケーリング
BUSTER2.10.2精密化
PHASER位相決定
Aimless(version 0.3.11)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P97

3p97


解像度: 2.02→92.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9168 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8862 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Blow DPI: 0.165 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.159
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 2061 5.24 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
obs0.1734 39360 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6649 Å20 Å20 Å2
2---11.4824 Å20 Å2
3---9.8175 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.229 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→92.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4079 0 85 424 4588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014303HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.035816HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1563SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes670HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4303HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.54
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion536SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5093SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 145 5.04 %
Rwork0.1919 2730 -
all0.1966 2875 -
obs--98.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92230.23930.08860.50270.18570.95750.0170.0587-0.03210.0150.01240.00010.05210.0517-0.0294-0.11210.0091-0.00340.018-0.0036-0.0212chain A39.935841.7815-1.7245
21.08190.27640.73290.9644-0.33693.42530.17290.0809-0.1011-0.019-0.01710.02730.46160.0859-0.1557-0.02160.0056-0.0372-0.1676-0.0328-0.0718chain C14.035713.0666-10.7327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ C|* }C7 - 262
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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