PDB-5eh5: human carbonic anhydrase II in complex with ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eh5

タイトル

human carbonic anhydrase II in complex with ligand

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / human carbonic anhydrase / ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.207 Å

データ登録者

Ren, B.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Native State Mass Spectrometry, Surface Plasmon Resonance, and X-ray Crystallography Correlate Strongly as a Fragment Screening Combination.
著者: Woods, L.A. / Dolezal, O. / Ren, B. / Ryan, J.H. / Peat, T.S. / Poulsen, S.A.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eh5.cif.gz	130.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eh5.ent.gz	100.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/5eh5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eh7C 5eh8C 5ehvC 5ehwC 5floC 5flpC 5flqC 5flrC 5flsC 5fltC 5fngC 5fnhC 5fniC 5fnjC 5fnkC 5fnlC 5fnmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k0t-d 4qsb-d 5e2n-1 4kuw-d 1bv3-d 1cnc-d 6bc9-d 3p5l-d 4rn4-d 4cq0-d 3mhl-d 5ny3-d 1ca2-d 5ehw-d 4hu1-1 6rvf-d 1f2w-d 4zwy-d 3hs4-d 3mwo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.010, 41.166, 71.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.07, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-XCZ / 1.7.6 4-methylpyrimidine-2-sulfonamide 分子量: 173.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₇N₃O₂S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, tris-chloride / PH範囲: 8.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.207→39.622 Å / Num. obs: 72887 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 23.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.207→39.622 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1867	2004	2.75 %
R_work	0.171	-	-
obs	0.1714	72856	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.207→39.622 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2039	0	15	401	2455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2278
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.426	3119
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.731	862
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	415

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2071-1.2373	0.2756	133	0.2346	4720	X-RAY DIFFRACTION	94
1.2373-1.2708	0.2363	147	0.2262	5061	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2708-1.3082	0.2135	139	0.2109	5065	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3082-1.3504	0.2414	145	0.2083	5033	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3504-1.3987	0.2304	142	0.1987	5121	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3987-1.4547	0.2072	152	0.1945	5037	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4547-1.5209	0.207	142	0.1868	5053	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5209-1.6011	0.2102	150	0.1816	5063	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6011-1.7014	0.1954	137	0.1746	5066	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7014-1.8327	0.1987	146	0.1644	5113	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8327-2.0172	0.1975	138	0.1524	5096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0172-2.309	0.1636	142	0.1521	5100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.909	0.184	145	0.1619	5140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.909-39.6433	0.1482	146	0.1582	5184	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8441	0.1577	-0.2301	1.1399	0.0522	0.6859	-0.103	-0.1303	-0.0624	0.1032	0.0684	-0.3937	0.0463	0.1728	-0.0296	0.0313	0.0121	0.0086	0.1102	-0.0041	0.1385	23.1378	-3.4031	23.3084
2	0.651	-0.3374	0.2567	0.889	-0.0623	0.792	0.0313	-0.249	0.0453	-0.1454	0.0809	0.2161	-0.141	-0.1463	-0.0685	0.1613	0.009	-0.0222	0.1842	0.0214	0.1291	1.1352	4.8166	17.3229
3	0.928	-0.2778	-0.151	1.4526	0.0908	0.325	-0.0217	0.0344	0.238	-0.3834	0.0243	0.0319	-0.1956	0.0167	-0.0226	0.2231	-0.0009	-0.0348	0.0877	0.0167	0.1108	8.5072	7.4646	8.1324
4	0.6036	-0.0487	-0.0814	1.4852	0.1438	0.6492	-0.004	0.0301	0.007	-0.243	0.0194	0.0843	-0.0379	-0.011	-0.0214	0.0716	-0.0027	-0.0122	0.0536	0.0043	0.0404	9.4225	-1.8697	13.5964
5	1.0443	-0.0406	0.386	1.2416	0.4312	0.8433	0.0006	-0.2095	-0.0222	0.0544	0.1043	-0.0666	0.0162	0.078	-0.0678	0.0584	0.0056	0.0044	0.0809	0.0162	0.0656	15.9287	-6.0732	23.7984

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 61 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 62 through 77 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 237 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 238 through 260 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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