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- PDB-5egp: Crystal structure of the S-methyltransferase TmtA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5egp
タイトルCrystal structure of the S-methyltransferase TmtA
要素UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
キーワードTRANSFERASE / bis-thiomethyltransferase / gliotoxin / epipolythiodioxopiperazine / Aspergillus fumigatus
機能・相同性ubiE/COQ5 methyltransferase family / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ACETATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
機能・相同性情報
生物種Aspergillus fumigatus Z5 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Duell, E.R. / Glaser, M. / Antes, I. / Groll, M. / Huber, E.M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB749 ドイツ
Hans-Fischer-Gesellschaft ドイツ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Sequential Inactivation of Gliotoxin by the S-Methyltransferase TmtA.
著者: Duell, E.R. / Glaser, M. / Le Chapelain, C. / Antes, I. / Groll, M. / Huber, E.M.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
B: UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,59012
ポリマ－71,2752
非ポリマー1,31510
水9,368520
1
A: UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2956
ポリマ－35,6371
非ポリマー6585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2956
ポリマ－35,6371
非ポリマー6585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.100, 109.210, 59.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UbiE/COQ5 family methyltransferase, putative


分子量: 35637.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Z5 (カビ) / 遺伝子: Y699_02735 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J5Q3C4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium acetate, 2.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→45 Å / Num. obs: 89458 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.323 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16393 4473 5 %RANDOM
Rwork0.1324 ---
obs0.13397 84984 96.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.689 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å2-0 Å2-0.18 Å2
2---0.56 Å2-0 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4449 0 86 520 5055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.024659
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024397
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.9756341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9133.00510157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8565569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75425.248202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28115780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8081514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2715
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2421.1342270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2341.1292264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5721.7012825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5721.7012826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8531.4922389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8531.4932390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1542.0963513
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.11911.3025779
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.11911.3055780
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.88639056
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.7185162
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.00359306
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 322 -
Rwork0.277 6131 -
obs--94.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13520.07090.13530.4418-0.1720.384-0.01190.0195-0.01380.07460.0140.0026-0.05510.0177-0.00210.01750.00020.00520.0180.00050.01516.9337-10.25744.6115
20.1409-0.0378-0.17280.369-0.00830.2774-0.03450.00620.0217-0.02160.05480.01660.0537-0.0034-0.02030.0153-0.00610.0010.0210.00640.021113.138216.2366-12.5128
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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