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- PDB-5egi: Structure of a Trimeric Intracellular Cation channel from C. eleg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5egi
タイトルStructure of a Trimeric Intracellular Cation channel from C. elegans with bound Ca2+
要素Uncharacterized protein Y57A10A.10
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel
機能・相同性TRIC channel / TRIC channel / potassium channel activity / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / Chem-PT5 / Trimeric intracellular cation channel type 1B.1
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yang, H.T. / Hu, M.H. / Liu, Z.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National 973 project2014CB910301 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Pore architecture of TRIC channels and insights into their gating mechanism.
著者: Yang, H.T. / Hu, M.H. / Guo, J.L. / Ou, X.M. / Cai, T.X. / Liu, Z.F.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02024年3月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Y57A10A.10
B: Uncharacterized protein Y57A10A.10
C: Uncharacterized protein Y57A10A.10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1788
ポリマ－86,5143
非ポリマー3,6645
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.050, 102.050, 279.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-302-

CA

21B-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Y57A10A.10


分子量: 28837.941 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-251 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: CELE_Y57A10A.10, Y57A10A.10 / プラスミド: pPICZA / 発現宿主: Komagataella pastoris GS115 (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q9NA75
#2: 化合物 ChemComp-PT5 / [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate / PtdIns(4,5)P2


分子量: 1047.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H85O19P3 / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.84 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20-24% PEG400, 10% glycerol, 50 mM ADA buffer (pH6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 23166 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 91.8 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 42
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2722 989 4.3 %random selection
Rwork0.2631 22049 --
obs-23038 99.6 %-
溶媒の処理Bsol: 75.8288 Å2
原子変位パラメータBiso max: 221.57 Å2 / Biso mean: 116.8833 Å2 / Biso min: 46.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.476 Å20 Å20 Å2
2--7.476 Å20 Å2
3----14.953 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5480 0 217 7 5704
Biso mean--125.53 69.16 -
残基数----697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.43
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.7051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8352
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.1152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1172.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.3-3.420.33151080.313521432251100
3.42-3.550.312990.27192146224599.8
3.55-3.720.32571090.282167227699.9
3.72-3.910.33681050.29172162226799.8
3.91-4.160.25811120.25922153226599.8
4.16-4.480.24721130.21942177229099.8
4.48-4.930.2395800.20342210229099.5
4.93-5.640.2694950.21542232232799.7
5.64-7.10.3179840.30442266235099.4
7.1-500.2364840.28762393247798.2
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6lipid_detergent.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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