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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5efz | ||||||
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タイトル | Monoclinic structure of the acetyl esterase MekB | ||||||
要素 | Homoserine O-acetyltransferase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / acetyl ester hydrolase / Pseudomonas veronii / transferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ethyl acetate hydrolase / biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / hydrolase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas veronii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Toelzer, C. / Pal, S. / Watzlawick, H. / Altenbuchner, J. / Niefind, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016 タイトル: A novel esterase subfamily with alpha / beta-hydrolase fold suggested by structures of two bacterial enzymes homologous to l-homoserine O-acetyl transferases. 著者: Tolzer, C. / Pal, S. / Watzlawick, H. / Altenbuchner, J. / Niefind, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5efz.cif.gz | 815 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5efz.ent.gz | 682.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5efz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5efz_validation.pdf.gz | 521.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5efz_full_validation.pdf.gz | 538.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5efz_validation.xml.gz | 82 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5efz_validation.cif.gz | 117.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/5efz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/5efz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39746.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas veronii (バクテリア) 遺伝子: mekB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0MRG5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, homoserine O-acetyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5 0.8 M sodium dihydrogen phosphate 1.2 M di-potassium hydrogen phosphate Drop: 0.1 microliter ethylene glycol 0.8 microliter protein solution 0.8 microliter reservoir solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→46.28 Å / Num. obs: 201791 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.859 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.82→46.28 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→46.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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