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- PDB-5efz: Monoclinic structure of the acetyl esterase MekB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5efz
タイトルMonoclinic structure of the acetyl esterase MekB
要素Homoserine O-acetyltransferase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / acetyl ester hydrolase / Pseudomonas veronii / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


ethyl acetate hydrolase / biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Homoserine/serine acetyltransferase MetX-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Ethyl acetate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas veronii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Toelzer, C. / Pal, S. / Watzlawick, H. / Altenbuchner, J. / Niefind, K.
引用ジャーナル: Febs Lett. / : 2016
タイトル: A novel esterase subfamily with alpha / beta-hydrolase fold suggested by structures of two bacterial enzymes homologous to l-homoserine O-acetyl transferases.
著者: Tolzer, C. / Pal, S. / Watzlawick, H. / Altenbuchner, J. / Niefind, K.
履歴
登録2015年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homoserine O-acetyltransferase
B: Homoserine O-acetyltransferase
C: Homoserine O-acetyltransferase
D: Homoserine O-acetyltransferase
E: Homoserine O-acetyltransferase
F: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,18346
ポリマ-238,4826
非ポリマー2,70240
19,5461085
1
A: Homoserine O-acetyltransferase
B: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,44917
ポリマ-79,4942
非ポリマー95515
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
2
C: Homoserine O-acetyltransferase
E: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,35215
ポリマ-79,4942
非ポリマー85813
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24360 Å2
手法PISA
3
D: Homoserine O-acetyltransferase
F: Homoserine O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,38314
ポリマ-79,4942
非ポリマー88912
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.848, 110.342, 122.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Homoserine O-acetyltransferase / hydrolase


分子量: 39746.938 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas veronii (バクテリア)
遺伝子: mekB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q0MRG5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, homoserine O-acetyltransferase
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1085 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5 0.8 M sodium dihydrogen phosphate 1.2 M di-potassium hydrogen phosphate Drop: 0.1 microliter ethylene glycol 0.8 microliter protein solution 0.8 microliter reservoir solution

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→46.28 Å / Num. obs: 201791 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.82→1.859 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.893 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.82→46.28 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 2133 1.06 %
Rwork0.1629 --
obs0.1633 201791 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→46.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15939 0 176 1085 17200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01216501
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21722302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6795922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612395
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062907
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.86230.33651510.271713008X-RAY DIFFRACTION98
1.8623-1.90890.29091470.242713190X-RAY DIFFRACTION99
1.9089-1.96050.23941600.214113258X-RAY DIFFRACTION100
1.9605-2.01820.22951550.198413348X-RAY DIFFRACTION100
2.0182-2.08340.20741320.18113303X-RAY DIFFRACTION100
2.0834-2.15780.20731400.167613258X-RAY DIFFRACTION100
2.1578-2.24420.19471420.163113333X-RAY DIFFRACTION100
2.2442-2.34640.1981250.160213382X-RAY DIFFRACTION100
2.3464-2.470.20191410.158713291X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.62480.21081510.155513353X-RAY DIFFRACTION100
2.6248-2.82740.18431320.157813323X-RAY DIFFRACTION100
2.8274-3.11190.19091400.150113344X-RAY DIFFRACTION100
3.1119-3.56210.17671320.146713407X-RAY DIFFRACTION100
3.5621-4.48720.16761590.138713352X-RAY DIFFRACTION100
4.4872-46.29520.1881260.165513508X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.178-0.08180.68261.857-0.49381.44430.0251-0.5054-0.04110.28730.04490.32440.0683-0.392-0.07340.2068-0.08150.03150.348-0.00620.185122.180693.424140.7428
25.4261.74650.70091.88320.28370.86120.0975-0.01390.3338-0.0241-0.0830.25820.0524-0.292-0.00440.1334-0.04130.01560.26660.01080.190115.931497.71425.1692
30.93650.1760.25230.69440.21520.65030.0385-0.1258-0.0940.0507-0.02240.01120.1946-0.2044-0.01130.1422-0.0748-0.00540.19450.03320.183927.16388.96831.3102
41.2988-0.2351.02862.101-2.00355.8332-0.0607-0.06910.28130.2318-0.0164-0.2263-0.57090.24290.08450.1362-0.03630.00810.1522-0.03060.237440.923109.472531.1271
52.70880.5574-0.70142.31270.5234.18450.1438-0.24290.19250.213-0.07180.0851-0.1875-0.1198-0.06620.0809-0.0336-0.00530.1842-0.01690.164635.3675102.572636.2695
61.6749-0.38251.29991.46110.19362.34180.08070.032-0.22140.0383-0.0405-0.06940.3087-0.0746-0.03330.1375-0.03640.01920.1461-0.02050.195533.574686.368520.0909
71.6895-0.28790.71245.40241.61763.5220.02940.2108-0.1548-0.49910.00970.12690.2213-0.1545-0.03720.1314-0.0550.02890.23320.00760.151531.134590.603211.5781
84.0273.46240.5594.7440.67171.2305-0.07170.19140.0229-0.18520.06590.1116-0.0201-0.273-0.00460.1049-0.00860.01390.24440.03630.158522.524798.570814.7044
91.58550.3141-0.81071.3573-0.69031.9614-0.02510.20940.0329-0.04140.0062-0.23440.02980.33030.0320.1326-0.04330.04670.3073-0.03630.277975.0969108.428313.1208
101.16940.12220.1031.1329-0.05210.9394-0.02460.18730.2712-0.09340.0413-0.0554-0.19640.2268-0.02850.1834-0.07490.04910.20560.00950.237866.5508115.242414.4061
111.36861.78651.14495.52023.58214.20970.1248-0.1239-0.10390.3592-0.0497-0.06330.27180.0021-0.07990.104-0.0190.03070.11780.01360.147957.016696.952928.1273
121.9905-0.20750.95261.158-0.5863.376-0.0280.06970.27110.04560.01840.0397-0.40230.12540.01780.1364-0.04020.05080.1228-0.01330.206260.0789112.96719.4306
132.57540.0255-0.72183.6058-1.35223.238-0.01740.40050.0426-0.2790.05130.0528-0.07880.041-0.03910.1488-0.04150.00290.1859-0.02120.131256.467104.22643.9435
145.7189-2.127-5.09980.85962.13796.9893-0.10780.24550.2265-0.260.0565-0.0104-0.3277-0.22190.04740.3838-0.0211-0.06250.16130.0160.274779.112381.08745.0769
151.677-0.08360.23361.99041.23742.8273-0.1881-0.26510.04230.23830.14180.0989-0.2103-0.10320.0550.27650.0624-0.02490.1633-0.00110.20178.227576.338360.1798
161.80770.29250.79291.66070.5662.4988-0.11590.06080.0818-0.01440.0458-0.0863-0.20640.12540.05740.1487-0.01490.01440.12850.01450.147485.737671.382549.2473
171.4913-0.48561.47412.0632-2.5376.1393-0.0922-0.2405-0.44620.09540.26380.33980.4372-0.4718-0.18420.2810.00810.09580.17290.04120.32475.031951.467255.1791
185.12670.23641.40262.00390.1352.7059-0.15540.1450.2592-0.16610.0505-0.3469-0.18930.56580.10040.1715-0.04250.02830.21490.01470.215192.773869.559546.9539
192.50790.2116-0.7621.9731-0.35812.3738-0.2055-0.3281-0.11340.26950.125-0.2520.09010.45410.0720.24240.104-0.0370.27270.01150.186491.977864.240365.6827
200.33650.00340.16610.3028-0.08740.39670.213-0.25-0.2878-0.11630.20930.32151.0661-0.8419-0.03970.7367-0.4982-0.10450.40850.36230.24742.206940.444625.5679
212.48490.27950.75661.5811-0.04732.52790.08610.0374-0.3205-0.3580.0594-0.05180.62640.1421-0.12980.40550.0275-0.00560.15940.04330.171656.372447.332112.9923
222.659-0.0206-0.73983.0482-1.17553.51880.0531-0.418-0.03740.25420.0122-0.03740.31170.0448-0.02930.2388-0.0171-0.03310.21940.0230.116855.01550.463234.8917
230.7343-0.6837-0.47721.73960.10670.41970.15610.4335-0.3328-0.426-0.0826-0.04820.43740.0288-0.05430.75250.2207-0.23550.5162-0.23540.496688.876719.799538.7853
242.9831-1.3713-0.21443.33410.24370.02610.1640.0409-0.2836-0.27340.0114-0.40890.4080.4354-0.14280.64880.2548-0.09210.4358-0.12620.396102.884722.026248.4842
250.75660.0449-0.53571.38690.3610.49210.31920.2327-0.374-0.1822-0.1210.17020.3777-0.0292-0.15140.52450.0957-0.16390.2459-0.06720.355287.677924.210449.8492
262.5862-1.51761.49363.5776-2.05191.37650.18220.2168-0.0306-0.2646-0.02480.13260.0938-0.0256-0.10760.93230.48980.02760.73840.12040.396878.84539.92631.256
274.92361.25752.63152.09891.58813.86930.21310.72920.5887-0.7483-0.0755-0.3268-0.55030.467-0.13220.64030.12830.24830.35190.05640.426396.821349.158242.8461
282.0261.56720.9663.22080.37882.50680.3320.7161-0.026-0.69550.0116-0.1970.00440.1182-0.32250.53120.23510.02040.3698-0.02780.261788.069936.437538.4735
293.39031.0239-0.65091.9812-0.50275.30640.1189-0.1414-0.4769-0.43010.0180.10790.6954-0.4169-0.11680.4007-0.0466-0.09080.20450.01060.334780.912227.402261.0715
303.6094-0.3734-0.83522.8778-0.76423.11410.2522-0.22120.0466-0.09930.0356-0.24360.25950.488-0.26870.27040.0513-0.05880.2488-0.10350.220599.160333.940560.1891
311.45170.68340.12651.2076-0.08470.9079-0.01880.19270.064-0.1031-0.0059-0.0749-0.06150.27470.01990.0985-0.01850.01950.2398-0.00350.147481.469773.18845.2854
321.674-0.3834-1.2681.47452.37686.5303-0.01670.2056-0.0101-0.0479-0.12060.25830.0868-0.35970.130.0964-0.0319-0.01010.096-0.00370.179758.066565.39867.3815
332.06030.48871.07781.0561-0.29062.15070.03140.1852-0.2087-0.10860.03260.01220.14840.3226-0.05250.11860.00540.03170.1874-0.04010.121976.204462.65816.8755
342.84460.46190.11311.8982-0.15570.93290.0355-0.17330.0270.1296-0.0602-0.0324-0.04090.23140.0240.1304-0.04210.02030.2123-0.01610.110377.911270.609323.4919
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 40 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 81 through 180 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 240 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 241 through 260 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 261 through 300 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 301 through 320 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 321 through 349 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 3 through 80 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 81 through 180 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 181 through 240 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 241 through 280 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 281 through 347 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 10 through 32 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 33 through 99 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 100 through 197 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 198 through 250 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 251 through 280 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 281 through 348 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 2 through 175 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 176 through 275 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 276 through 346 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 3 through 40 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 41 through 80 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 81 through 180 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 181 through 200 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 201 through 240 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 241 through 260 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 261 through 280 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 281 through 347 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 3 through 180 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 181 through 240 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 241 through 280 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 281 through 349 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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