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- PDB-5efq: Crystal structure of human Cdk13/Cyclin K in complex with ADP-alu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5efq
タイトルCrystal structure of human Cdk13/Cyclin K in complex with ADP-aluminum fluoride
要素
  • Cyclin-K
  • Cyclin-dependent kinase 13
キーワードTRANSFERASE / kinase / cyclin / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / hemopoiesis / regulation of signal transduction / cyclin-dependent kinase / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / cyclin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / cell cycle / cell division / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA damage response / Neutrophil degranulation / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Haspin like kinase domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Haspin like kinase domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Cyclin-K / Cyclin-dependent kinase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hoenig, D. / Greifenberg, A.K. / Anand, K. / Geyer, M.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Analysis of the Cdk13/Cyclin K Complex.
著者: Greifenberg, A.K. / Honig, D. / Pilarova, K. / Duster, R. / Bartholomeeusen, K. / Bosken, C.A. / Anand, K. / Blazek, D. / Geyer, M.
履歴
登録2015年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22016年1月27日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 13
B: Cyclin-K
C: Cyclin-dependent kinase 13
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,02212
ポリマ－143,9024
非ポリマー1,1208
水5,206289
1
A: Cyclin-dependent kinase 13
B: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5116
ポリマ－71,9512
非ポリマー5604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cyclin-dependent kinase 13
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5116
ポリマ－71,9512
非ポリマー5604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.780, 81.820, 93.140
Angle α, β, γ (deg.)74.08, 84.26, 76.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 13 / CDC2-related protein kinase 5 / Cell division cycle 2-like protein kinase 5 / Cell division protein ...CDC2-related protein kinase 5 / Cell division cycle 2-like protein kinase 5 / Cell division protein kinase 13 / hCDK13 / Cholinesterase-related cell division controller


分子量: 40521.863 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 694-1039 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK13, CDC2L, CDC2L5, CHED, KIAA1791
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14004, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-K


分子量: 31429.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNK, CPR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75909

-
非ポリマー , 4種, 297分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25.5% PEG 3350, 0.35 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月22日
放射モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.4 Å / Num. obs: 90134 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1 % / Net I/σ(I): 13
反射 シェルMean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NST

4nst


解像度: 2→46.186 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 36.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 4489 5 %
Rwork0.1939 --
obs0.1966 89772 94.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8998 0 66 289 9353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12112635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1263405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061598
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.02290.44421040.40961970X-RAY DIFFRACTION66
2.0229-2.04670.43361540.37372857X-RAY DIFFRACTION95
2.0467-2.07170.41381480.36152787X-RAY DIFFRACTION94
2.0717-2.09790.35511500.34372914X-RAY DIFFRACTION96
2.0979-2.12550.3791520.32392811X-RAY DIFFRACTION95
2.1255-2.15460.39821490.30882830X-RAY DIFFRACTION95
2.1546-2.18540.38971480.29632830X-RAY DIFFRACTION95
2.1854-2.2180.3881540.2822917X-RAY DIFFRACTION95
2.218-2.25270.34691470.27132818X-RAY DIFFRACTION95
2.2527-2.28960.321520.25422860X-RAY DIFFRACTION96
2.2896-2.32910.35241500.2512870X-RAY DIFFRACTION95
2.3291-2.37140.34851490.23512843X-RAY DIFFRACTION96
2.3714-2.41710.31161550.23122917X-RAY DIFFRACTION95
2.4171-2.46640.31751490.2332869X-RAY DIFFRACTION96
2.4664-2.520.33461510.24362885X-RAY DIFFRACTION96
2.52-2.57860.34951490.24242879X-RAY DIFFRACTION96
2.5786-2.64310.32141530.23262906X-RAY DIFFRACTION97
2.6431-2.71460.29691530.22032889X-RAY DIFFRACTION97
2.7146-2.79440.26841540.21712925X-RAY DIFFRACTION97
2.7944-2.88460.28111530.23172905X-RAY DIFFRACTION97
2.8846-2.98770.26681530.22532955X-RAY DIFFRACTION97
2.9877-3.10730.30161520.21542884X-RAY DIFFRACTION97
3.1073-3.24870.23881510.20522882X-RAY DIFFRACTION96
3.2487-3.41990.26411450.19892876X-RAY DIFFRACTION95
3.4199-3.63410.22881500.18442876X-RAY DIFFRACTION95
3.6341-3.91460.20371560.16652886X-RAY DIFFRACTION96
3.9146-4.30820.20251510.14362836X-RAY DIFFRACTION96
4.3082-4.9310.17981520.13882832X-RAY DIFFRACTION94
4.931-6.21020.20831540.16342904X-RAY DIFFRACTION96
6.2102-46.19810.18871510.15442870X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.0073 Å / Origin y: -26.8098 Å / Origin z: 3.2096 Å
111213212223313233
T0.2565 Å2-0.0444 Å2-0.0333 Å2-0.4176 Å20.0347 Å2--0.4081 Å2
L0.1114 °2-0.2239 °2-0.6143 °2-0.3233 °20.4464 °2--1.6941 °2
S0.059 Å °0.0635 Å °0.0334 Å °0.0369 Å °0.0099 Å °0.0396 Å °-0.0459 Å °-0.16 Å °-0.062 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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