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- PDB-5efd: Crystal structure of a surface pocket creating mutant (W6A) of an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5efd
タイトルCrystal structure of a surface pocket creating mutant (W6A) of an alkali thermostable GH10 xylanase from Bacillus sp. NG-27
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase family 10 (GH10) / xylanase / mutant / (beta/alpha)8-TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus sp. NG-27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.674 Å
データ登録者Mahanta, P. / Bhardwaj, A. / Reddy, V.S. / Ramakumar, S.
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2021
タイトル: Small Glycols Discover Cryptic Pockets on Proteins for Fragment-Based Approaches.
著者: Bansia, H. / Mahanta, P. / Yennawar, N.H. / Ramakumar, S.
履歴
登録2015年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,56114
ポリマ－81,9972
非ポリマー56512
水7,963442
1
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2677
ポリマ－40,9981
非ポリマー2696
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14540 Å2
手法PISA
2
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2947
ポリマ－40,9981
非ポリマー2966
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.990, 76.600, 176.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-xylanase / Alkali thermostable GH10 xylanase


分子量: 40998.309 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-405 / 変異: W6A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. NG-27 (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O30700, endo-1,4-beta-xylanase

-
非ポリマー , 5種, 454分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M NaCl, 0.16M MgCl2, 0.05M Tris HCl pH 8.5, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月29日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.674→88.245 Å / Num. all: 86625 / Num. obs: 86625 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.085 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 6.081 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 496202
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.67-1.765.30.4211.766169124280.1980.421499.3
1.76-1.875.50.2622.865091118020.1210.2626.399.6
1.87-25.50.1664.461663111400.0770.1669.299.8
2-2.165.60.1076.657728103740.050.10713.199.9
2.16-2.375.70.0857.95448796070.0390.08516.299.8
2.37-2.655.90.0679.95175287320.030.06719.4100
2.65-3.066.20.0639.54842677680.0280.06322.5100
3.06-3.746.30.0747.54131265820.0320.07426.4100
3.74-5.296.20.05210.43209751850.0230.05228.9100
5.29-32.0975.80.02618.31747730070.0120.02627.999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.674→88.245 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.1873 / WRfactor Rwork: 0.1576 / FOM work R set: 0.8979 / SU B: 2.992 / SU ML: 0.052 / SU R Cruickshank DPI: 0.0895 / SU Rfree: 0.0885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1873 4338 5 %RANDOM
Rwork0.1576 ---
obs0.1591 82205 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.31 Å2 / Biso mean: 16.887 Å2 / Biso min: 6.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å2-0 Å20 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.674→88.245 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5772 0 33 442 6247
Biso mean--21.63 25.94 -
残基数----708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196033
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.9288230
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87312501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8725718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22224.74346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.57515933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1381538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9750.9432857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9750.9422856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5591.4113577
LS精密化 シェル解像度: 1.674→1.717 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 313 -
Rwork0.206 5982 -
all-6295 -
obs--99.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24570.0330.29150.2307-0.17530.55350.02530.0006-0.00970.0216-0.00320.00580.00790.0136-0.02220.01250.00330.0030.1349-0.00580.005510.662-16.087-44.09
20.538-0.02520.20250.1467-0.02420.5149-0.0060.0111-0.0337-0.00750.0251-0.00070.009-0.0096-0.0190.0032-0.00110.00030.1266-0.01180.00635.144-0.525-4.872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 354
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 354

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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