PDB-5eeg: Crystal structure of carminomycin-4-O-methyltransferase DnrK in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eeg

タイトル

Crystal structure of carminomycin-4-O-methyltransferase DnrK in complex with tetrazole-SAH

要素

Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK

キーワード

TRANSFERASE / unnatural substrate / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

carminomycin 4-O-methyltransferase / daunorubicin biosynthetic process / O-methyltransferase activity / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces peucetius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.255 Å

データ登録者

Wang, F. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U01 GM098248	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R37 AI52188	米国

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Functional AdoMet Isosteres Resistant to Classical AdoMet Degradation Pathways.
著者: Huber, T.D. / Wang, F. / Singh, S. / Johnson, B.R. / Zhang, J. / Sunkara, M. / Van Lanen, S.G. / Morris, A.J. / Phillips, G.N. / Thorson, J.S.

履歴

登録	2015年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eeg.cif.gz	277.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eeg.ent.gz	222.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eeg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eeg_validation.pdf.gz	965.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eeg_full_validation.pdf.gz	971.5 KB	表示
XML形式データ	5eeg_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	5eeg_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/5eeg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/5eeg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eehC 1tw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jr3-2 5eeh-2 2ft3-2 3i5u-d 3i58-d 3i64-d 2ip2-d 6i5z-1 6clw-d 3gwz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK

B: Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK

ヘテロ分子

82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.562, 104.180, 62.986
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carminomycin 4-O-methyltransferase DnrK / COMT / Anthracycline 4-O-methyltransferase 分子量: 41000.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces peucetius (バクテリア) 遺伝子: dnrK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06528, carminomycin 4-O-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-S8M / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{S})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[[(3~{S})-3-azanyl-3-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)propyl]sulfanylmethyl]oxolane-3,4-diol タイプ: RNA linking / 分子量: 408.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₁₀O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM magnesium formate dihydrate and 15% (w/v) PEG 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 35379 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.153 / R_sym value: 0.125 / Χ²: 0.648 / Net I/av σ(I): 7.886 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 153712

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	4.2	0.346	1733	0.887	0.191	0.397	0.649	99.7
2.29-2.33	4.3	0.358	1802	0.888	0.197	0.41	0.681	99.9
2.33-2.38	4.4	0.322	1753	0.91	0.173	0.366	0.69	99.9
2.38-2.42	4.3	0.288	1776	0.933	0.156	0.329	0.699	99.8
2.42-2.48	4.4	0.276	1734	0.945	0.148	0.313	0.698	99.9
2.48-2.53	4.4	0.248	1775	0.946	0.133	0.282	0.701	99.9
2.53-2.6	4.4	0.237	1773	0.954	0.127	0.269	0.69	99.9
2.6-2.67	4.4	0.207	1758	0.965	0.111	0.236	0.684	100
2.67-2.75	4.4	0.188	1796	0.97	0.102	0.215	0.697	99.8
2.75-2.83	4.4	0.188	1751	0.967	0.101	0.214	0.703	99.9
2.83-2.94	4.4	0.161	1753	0.978	0.086	0.183	0.681	99.8
2.94-3.05	4.4	0.136	1780	0.985	0.073	0.155	0.681	99.9
3.05-3.19	4.4	0.127	1787	0.985	0.068	0.144	0.603	99.8
3.19-3.36	4.4	0.114	1774	0.986	0.06	0.13	0.647	99.8
3.36-3.57	4.4	0.107	1764	0.986	0.056	0.121	0.657	99.7
3.57-3.85	4.4	0.108	1750	0.986	0.057	0.122	0.759	99.4
3.85-4.23	4.3	0.098	1759	0.986	0.051	0.111	0.688	98.8
4.23-4.84	4.2	0.086	1753	0.989	0.046	0.098	0.473	97.7
4.84-6.09	4.3	0.07	1792	0.994	0.037	0.079	0.407	99.3
6.09-30	4.3	0.085	1816	0.989	0.047	0.098	0.47	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TW2

1tw2

解像度: 2.255→29.854 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.04 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2479	2013	5.69 %
R_work	0.1966	-	-
obs	0.1995	35347	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.255→29.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5137	0	56	490	5683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.959	7216
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.167	1914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	837
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	941

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2545-2.3109	0.2983	132	0.2221	2293	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3109-2.3734	0.324	150	0.2302	2362	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3734-2.4432	0.2461	147	0.2077	2384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4432-2.522	0.2906	137	0.2189	2410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.522-2.6121	0.2767	155	0.2224	2371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6121-2.7166	0.3103	133	0.2236	2378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7166-2.8401	0.3137	146	0.2217	2389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8401-2.9897	0.2647	138	0.2108	2405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9897-3.1769	0.2868	143	0.2024	2384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1769-3.4218	0.2333	151	0.1876	2368	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4218-3.7656	0.2255	145	0.1758	2418	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7656-4.3091	0.1851	141	0.1668	2373	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3091-5.4237	0.2039	146	0.1719	2360	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4237-29.8568	0.2185	149	0.1924	2439	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1185	-0.6894	0.4701	3.2035	-0.4232	1.8695	0.0817	0.2754	-0.4645	-0.2304	-0.0559	-0.2213	0.1422	0.1758	-0.0168	0.1294	-0.0075	0.0182	0.1325	-0.0338	0.2236	-3.6934	-11.4411	-19.5806
2	2.8983	-0.4376	-0.4052	2.3684	0.5819	1.8155	0.1149	0.2741	0.1989	-0.2836	-0.0861	0.2558	-0.1131	-0.1401	-0.0317	0.129	0.004	-0.043	0.1308	0.0284	0.1609	-26.6318	7.3778	-19.4603
3	1.6311	0.8072	-0.0119	1.8726	-0.0078	0.5594	-0.0013	0.1637	0.0458	-0.0933	0.0284	-0.1072	-0.0733	0.0279	-0.0265	0.0945	0.0107	0.0003	0.1636	-0.0046	0.1204	-2.3276	20.4987	-11.7712
4	1.1803	0.5556	-0.0708	1.9597	0.0742	0.7118	-0.0005	0.0794	-0.0866	-0.1256	0.0312	0.0073	0.0929	-0.0065	-0.0234	0.1001	0.0129	-0.0202	0.1222	-0.0013	0.1143	-28.0615	-24.6337	-11.8442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 15 through 101)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 15 through 101)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'A' and resid 102 through 352)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'B' and resid 102 through 352)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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