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- PDB-5eec: Crystal structure of KPC-2 beta-lactamase in complex with the S02... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eec
タイトルCrystal structure of KPC-2 beta-lactamase in complex with the S02030 boronic acid inhibitor
要素Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / transition state inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZXM / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Nguyen, N.Q. / van den Akker, F.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of KPC-2 and SHV-1 beta-Lactamases in Complex with the Boronic Acid Transition State Analog S02030.
著者: Nguyen, N.Q. / Krishnan, N.P. / Rojas, L.J. / Prati, F. / Caselli, E. / Romagnoli, C. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F.
履歴
登録2015年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
B: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,23310
ポリマ－57,0082
非ポリマー1,2258
水7,548419
1
A: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1165
ポリマ－28,5041
非ポリマー6124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1165
ポリマ－28,5041
非ポリマー6124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.853, 77.883, 64.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC / Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC-1


分子量: 28504.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, kpc, kpc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F663, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZXM / 1-{(2R)-2-(dihydroxyboranyl)-2-[(thiophen-2-ylacetyl)amino]ethyl}-1H-1,2,3-triazole-4-carboxylic acid


分子量: 324.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13BN4O5S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 30% PEG 8000, 0.2 M lithium sulfate, and 0.1 M sodium acetate (pH 4.5) and 10:1 molar ratio with S02030 inhibitor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月22日
放射モノクロメーター: Cu filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 39177 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.179 / Net I/av σ(I): 9.005 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 113565
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.922.30.39336131.01490.2
1.92-1.992.40.31636910.89491.5
1.99-2.082.40.26937711.10793.4
2.08-2.192.50.238430.995.3
2.19-2.332.60.18139491.10897.4
2.33-2.512.80.1440071.03299.3
2.51-2.7630.10940471.14199.9
2.76-3.163.30.08740381.172100
3.16-3.993.50.0740811.46399.9
3.99-503.90.06441371.4599.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.87→32.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.211 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2056 1959 5 %RANDOM
Rwork0.1657 ---
obs0.1678 37196 96.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 13.044 Å2 / Biso min: 2.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→32.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3960 0 83 419 4462
Biso mean--18.64 24.07 -
残基数----530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.9845701
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3623.0019057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2625535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02923.494166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37815636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9881531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02940
LS精密化 シェル解像度: 1.866→1.915 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 122 -
Rwork0.236 2437 -
all-2559 -
obs--85.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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