- PDB-5ee1: Crystal structure of OsYchF1 at pH 7.85 -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5ee1
タイトル
Crystal structure of OsYchF1 at pH 7.85
要素
Obg-like ATPase 1
キーワード
HYDROLASE / osychf1 / GTP-BINDING PROTEIN / ATP / AMP-PNP / YchF-type / P-Loop NTPase
機能・相同性
機能・相同性情報
negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding ...negative regulation of response to salt stress / negative regulation of defense response to bacterium / ribosomal large subunit binding / response to salt stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 16008 / Num. obs: 15955 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Net I/σ(I): 17.2
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0103
精密化
MAR345dtb
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 10.54 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.531 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.26285
754
4.8 %
RANDOM
Rwork
0.22948
-
-
-
obs
0.23116
14816
96.15 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK