[日本語] English
万見
- PDB-5ebi: Crystal structure of a DNA-RNA chimera in complex with Ba2+ ions:... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ebi
タイトルCrystal structure of a DNA-RNA chimera in complex with Ba2+ ions: a case of unusual multi-domain twinning
要素DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
キーワードDNA/RNA CHIMERA / DNA-RNA CHIMERA COMPLEX / Z-DNA / Z-RNA / SELF-COMPLEMENTARY DUPLEX / LEFT-HANDED Z-TYPE DUPLEX / MULTI-DOMAIN TWINNING / DETECTION / TWIN PSEUDOSYMMETRY
機能・相同性: / DNA/RNA hybrid
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Gilski, M. / Drozdzal, P. / Kierzek, R. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Science Center2013/10/M/NZ1/00251 ポーランド
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Atomic resolution structure of a chimeric DNA-RNA Z-type duplex in complex with Ba(2+) ions: a case of complicated multi-domain twinning.
著者: Gilski, M. / Drozdzal, P. / Kierzek, R. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2013
タイトル: Ultrahigh-resolution crystal structures of Z-DNA in complex with Mn(2+) and Zn(2+) ions.
著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: J. Biol. Inorg. Chem. / 年: 2015
タイトル: High-resolution crystal structure of Z-DNA in complex with Cr(3+) cations.
著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Kierzek, R. / Lomozik, L. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Effects of the O2' hydroxyl group on Z-DNA conformation: structure of Z-RNA and (araC)-[Z-DNA].
著者: Teng, M.K. / Liaw, Y.C. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Wang, A.H.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2002
タイトル: Crystallization of the Zalpha domain of the human editing enzyme ADAR1 complexed with a DNA-RNA chimeric oligonucleotide in the left-handed Z-conformation.
著者: Brown, B.A. / Athanasiadis, A. / Hanlon, E.B. / Lowenhaupt, K. / Wilbert, C.M. / Rich, A.
#5: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: High regularity of Z-DNA revealed by ultra high-resolution crystal structure at 0.55 A.
著者: Brzezinski, K. / Brzuszkiewicz, A. / Dauter, M. / Kubicki, M. / Jaskolski, M. / Dauter, Z.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2007
タイトル: Structure determination by multiwavelength anomalous diffraction of aclacinomycin oxidoreductase: indications of multidomain pseudomerohedral twinning.
著者: Sultana, A. / Alexeev, I. / Kursula, I. / Mantsala, P. / Niemi, J. / Schneider, G.
履歴
登録2015年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference / _pdbx_related_exp_data_set.metadata_reference
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
B: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
C: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
D: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
E: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
F: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
G: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
H: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,06324
ポリマ－14,8668
非ポリマー2,19716
水4,035224
1
A: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
B: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6789
ポリマ－3,7162
非ポリマー9617
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area2860 Å2
手法PISA
2
C: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
D: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2666
ポリマ－3,7162
非ポリマー5494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area2840 Å2
手法PISA
3
E: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
F: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1285
ポリマ－3,7162
非ポリマー4123
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area2840 Å2
手法PISA
4
G: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
H: DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9914
ポリマ－3,7162
非ポリマー2752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area2840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.720, 44.100, 35.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA/RNAハイブリッド
DNA/RNA (5'-D(*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-D(P*C)-R(P*G)-3')


分子量: 1858.205 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.44 %
結晶化温度: 292 K
詳細: A 1.5 MM WATER SOLUTION OF DNA-RNA MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE*4HCL, 80 MM NACL, 20 MM BACL2, 40 MM SODIUM CACODYLATE AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: A 1.5 MM WATER SOLUTION OF DNA-RNA MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE*4HCL, 80 MM NACL, 20 MM BACL2, 40 MM SODIUM CACODYLATE AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292.0K
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: A 1.5 MM WATER SOLUTION OF DNA-RNA MIXED 1:1 V/V WITH 10% MPD, 12 MM SPERMINE*4HCL, 80 MM NACL, 20 MM BACL2, 40 MM SODIUM CACODYLATE AND EQUILIBRATED AGAINST 35% MPD, PH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月8日
放射モノクロメーター: Double crystal Si (111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.279
11L, -K, H20.103
11H+L, -K, -L30.275
11L, K, -H-L40.113
11-H-L, K, H50.11
11-H, -K, H+L60.121
反射解像度: 1.09→30.94 Å / Num. all: 40052 / Num. obs: 40052 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.84 % / Biso Wilson estimate: 11.719 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13.07
反射 シェル解像度: 1.09→1.12 Å / 冗長度: 3.33 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 3.12 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3P4J

3p4j


解像度: 1.09→30.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0 / SU B: 0.355 / SU ML: 0.009 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.006
StereochEM target val spec case: PHOSPHATE AND GLYCOSIDIC ANGLES ACCORDING TO PDB MODEL 3P4J
立体化学のターゲット値: CLOWNEY, GELBIN & PARKINSON
詳細: ANISOTROPIC ATOMIC DISPLACEMENT PARAMETERS WERE USED. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITION THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL-MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE AND ALL REFLECTIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.169 101 2.55 %Using the 'thin resolution shells' method
Rwork0.115 ---
obs0.11361 40051 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å2-13.14 Å2
2---0.49 Å2-0 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→30.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 984 16 224 1224
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.011159
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02533
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8881.2681812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.69831286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6481.1051159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6491.1051158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3671.6831806
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.16411.7061825
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.39111.0461676
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr12.44531692
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.212537
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.42951774
LS精密化 シェル解像度: 1.09→1.118 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 101 -
Rwork0.175 2909 -
obs--99.08 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る