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万見
- PDB-5ear: Crystal structure of human WDR5 in complex with compound 9d -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ear
タイトルCrystal structure of human WDR5 in complex with compound 9d
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION INHIBITOR / WDR5 / compound 9d / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSCRIPTION - TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / regulation of tubulin deacetylation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / regulation of tubulin deacetylation / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / methylated histone binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5MQ / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者DONG, A. / DOMBROVSKI, L. / SMIL, D. / GETLIK, M. / BOLSHAN, Y. / WALKER, J.R. / SENISTERRA, G. / PODA, G. / AL-AWAR, R. / SCHAPIRA, M. ...DONG, A. / DOMBROVSKI, L. / SMIL, D. / GETLIK, M. / BOLSHAN, Y. / WALKER, J.R. / SENISTERRA, G. / PODA, G. / AL-AWAR, R. / SCHAPIRA, M. / VEDADI, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / BROWN, P.J. / WU, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Based Optimization of a Small Molecule Antagonist of the Interaction Between WD Repeat-Containing Protein 5 (WDR5) and Mixed-Lineage Leukemia 1 (MLL1).
著者: Getlik, M. / Smil, D. / Zepeda-Velazquez, C. / Bolshan, Y. / Poda, G. / Wu, H. / Dong, A. / Kuznetsova, E. / Marcellus, R. / Senisterra, G. / Dombrovski, L. / Hajian, T. / Kiyota, T. / ...著者: Getlik, M. / Smil, D. / Zepeda-Velazquez, C. / Bolshan, Y. / Poda, G. / Wu, H. / Dong, A. / Kuznetsova, E. / Marcellus, R. / Senisterra, G. / Dombrovski, L. / Hajian, T. / Kiyota, T. / Schapira, M. / Arrowsmith, C.H. / Brown, P.J. / Vedadi, M. / Al-Awar, R.
履歴
登録2015年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Non-polymer description
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,71028
ポリマ－68,5802
非ポリマー2,13026
水9,692538
1
A: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,27613
ポリマ－34,2901
非ポリマー98612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: WD repeat-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,43415
ポリマ－34,2901
非ポリマー1,14414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.640, 53.615, 64.707
Angle α, β, γ (deg.)107.920, 90.950, 109.660
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 34289.887 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)V2RpRARE / 参照: UniProt: P61964

-
非ポリマー , 5種, 564分子

#2: 化合物 ChemComp-5MQ / N-[5-(2,3-dihydro-1-benzofuran-7-yl)-2-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]-3-methylbenzamide


分子量: 427.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29N3O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M NH4SO4, 0.1 M BisTris pH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年1月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 48569 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Χ2: 1.054 / Net I/av σ(I): 31.543 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 192066
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.8-1.8340.20722950.92589.8
1.83-1.8640.17123790.9590.6
1.86-1.940.14523281.02291
1.9-1.9440.13123611.16191.5
1.94-1.9840.10523561.03491.9
1.98-2.0340.09123941.0292.3
2.03-2.083.90.08823861.1792.3
2.08-2.1340.07524141.0593.1
2.13-2.240.06723771.04193
2.2-2.2740.07224141.22993.5
2.27-2.3540.06424351.05493.9
2.35-2.4440.0624591.06694.4
2.44-2.5540.05524371.08295.1
2.55-2.6940.04824551.08895.4
2.69-2.8640.04124591.00295.7
2.86-3.0840.03625111.0196.5
3.08-3.3940.03225101.03297.1
3.39-3.8840.02825191.00397.6
3.88-4.883.90.02725300.97598.2
4.88-503.90.0325501.15998.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UR4

3ur4


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1896 / WRfactor Rwork: 0.1538 / FOM work R set: 0.8873 / SU B: 2.284 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1274 / SU Rfree: 0.1146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1005 2.1 %RANDOM
Rwork0.1527 ---
obs0.1534 47564 93.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.44 Å2 / Biso mean: 19.754 Å2 / Biso min: 6.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20.25 Å2-0.55 Å2
2--0.98 Å20.1 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4615 0 149 550 5314
Biso mean--24 30.61 -
残基数----602
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194886
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.9366609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3835608
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.00924.972179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58515796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.389157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8591.7712416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3372.6473013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2461.9322470
LS精密化 シェル解像度: 1.798→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 68 -
Rwork0.191 3285 -
all-3353 -
obs--87.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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