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- PDB-5eah: Saccharomyces cerevisiae CYP51 complexed with the plant pathogen ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eah
タイトルSaccharomyces cerevisiae CYP51 complexed with the plant pathogen inhibitor Difenoconazole
要素Lanosterol 14-alpha demethylase
キーワードOxidoreductase/Oxidoreducatse inhibitor / CYP51 / Difenoconazole / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex / racemic mixture / Oxidoreductase-Oxidoreducatse inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14alpha-demethylase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / methyltransferase activity / monooxygenase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5LW / Chem-5LX / Chem-5LY / Chem-5LZ / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / sterol 14alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.541 Å
データ登録者Tyndall, J.D.A. / Sabherwal, M. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Woods, M.V. / Monk, B.C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Bayer CropScience ドイツ
引用
ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Elucidation of Yeast Lanosterol 14 alpha-Demethylase in Complex with Agrochemical Antifungals.
著者: Tyndall, J.D. / Sabherwal, M. / Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Negroni, J. / Wilson, R.K. / Woods, M.A. / Tietjen, K. / Monk, B.C.
#1: ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into Binding of the Antifungal Drug Fluconazole to Saccharomyces cerevisiae Lanosterol 14alpha-Demethylase.
著者: Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Monk, B.C. / Tyndall, J.D.
履歴
登録2015年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lanosterol 14-alpha demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,1276
ポリマ－61,8851
非ポリマー2,2425
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.020, 67.330, 80.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lanosterol 14-alpha demethylase


分子量: 61885.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: YJM789 / 遺伝子: ERG11, SCY_2394 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZSR0

-
非ポリマー , 6種, 42分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-5LZ / 1-[[(2~{S},4~{R})-2-[2-chloranyl-4-(4-chloranylphenoxy)phenyl]-4-methyl-1,3-dioxolan-2-yl]methyl]-1,2,4-triazole / Difenoconazole / (2S,4R)-ジフェノコナゾ-ル


分子量: 406.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17Cl2N3O3
#4: 化合物 ChemComp-5LW / 1-[[(2~{S},4~{S})-2-[2-chloranyl-4-(4-chloranylphenoxy)phenyl]-4-methyl-1,3-dioxolan-2-yl]methyl]-1,2,4-triazole / Difenoconazole / (2S,4S)-ジフェノコナゾ-ル


分子量: 406.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17Cl2N3O3
#5: 化合物 ChemComp-5LX / 1-[[(2~{R},4~{S})-2-[2-chloranyl-4-(4-chloranylphenoxy)phenyl]-4-methyl-1,3-dioxolan-2-yl]methyl]-1,2,4-triazole / Difenoconazole / (2R,4S)-ジフェノコナゾ-ル


分子量: 406.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17Cl2N3O3
#6: 化合物 ChemComp-5LY / 1-[[(2~{R},4~{R})-2-[2-chloranyl-4-(4-chloranylphenoxy)phenyl]-4-methyl-1,3-dioxolan-2-yl]methyl]-1,2,4-triazole / Difenoconazole / (2R,4R)-ジフェノコナゾ-ル


分子量: 406.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17Cl2N3O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.45 / 詳細: 45% PEG 400, 0.1M GLYCINE / PH範囲: 9.4-9.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→79.99 Å / Num. obs: 27403 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 47.75 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 86668 / Scaling rejects: 909
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.54-2.6530.8791.81001433200.5210.59999
8.8-79.993.10.04114.621416870.9940.02897.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.54 Å79.99 Å
Translation2.54 Å79.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.14データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LXJ

4lxj


解像度: 2.541→79.99 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2505 1385 5.06 %
Rwork0.1954 50494 -
obs0.1981 27360 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 147.6 Å2 / Biso mean: 60.5627 Å2 / Biso min: 22.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.541→79.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4277 0 124 37 4438
Biso mean--41.9 48.49 -
残基数----529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.016208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2762733
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.541-2.58720.30821340.26532696283098
2.5872-2.6370.32161120.27832642275499
2.637-2.69080.37621500.3072695284599
2.6908-2.74930.41391300.282610274099
2.7493-2.81330.36871290.25162696282599
2.8133-2.88370.32731390.256226762815100
2.8837-2.96160.35881530.254726432796100
2.9616-3.04880.28431500.222926772827100
3.0488-3.14720.24881590.187726612820100
3.1472-3.25970.22731400.206126572797100
3.2597-3.39020.2561430.208327032846100
3.3902-3.54450.30251500.21072679282999
3.5445-3.73140.24161290.18492647277699
3.7314-3.96510.23861620.173526532815100
3.9651-4.27130.23891650.15952619278499
4.2713-4.70110.21811370.15592668280599
4.7011-5.38120.211350.1622623275898
5.3812-6.77920.22461450.18862659280498
6.7792-80.03420.18171270.18012590271797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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