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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5eag | ||||||
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タイトル | Saccharomyces cerevisiae CYP51 complexed with the plant pathogen inhibitor Prochloraz | ||||||
要素 | Lanosterol 14-alpha demethylase | ||||||
キーワード | Oxidoreductase/Oxidoreducatse inhibitor / CYP51 / Prochloraz / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex / Oxidoreductase-Oxidoreducatse inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ergosterol biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / methyltransferase activity / methylation / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Tyndall, J.D.A. / Sabherwal, M. / Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Woods, M.V. / Monk, B.C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016 タイトル: Structural and Functional Elucidation of Yeast Lanosterol 14 alpha-Demethylase in Complex with Agrochemical Antifungals. 著者: Tyndall, J.D. / Sabherwal, M. / Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Negroni, J. / Wilson, R.K. / Woods, M.A. / Tietjen, K. / Monk, B.C. #1: ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2015 タイトル: Structural Insights into Binding of the Antifungal Drug Fluconazole to Saccharomyces cerevisiae Lanosterol 14alpha-Demethylase. 著者: Sagatova, A.A. / Keniya, M.V. / Wilson, R.K. / Monk, B.C. / Tyndall, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5eag.cif.gz | 125.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5eag.ent.gz | 95 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5eag.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5eag_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5eag_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5eag_validation.xml.gz | 21.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5eag_validation.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/5eag ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/5eag | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61885.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PRJ is the small molecule Prochloraz 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: YJM789 / 遺伝子: ERG11, SCY_2394 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZSR0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-5LU / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.65 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.45 / 詳細: 45% PEG 400, 0.1M GLYCINE / PH範囲: 9.4-9.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月9日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→29.626 Å / Num. obs: 33221 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 38.85 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 120477 / Scaling rejects: 66 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4LXJ 解像度: 2.4→29.626 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.83 Å2 / Biso mean: 46.4885 Å2 / Biso min: 17.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→29.626 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23
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