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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e9u | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of GtfA/B complex bound to UDP and GlcNAc | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/CHAPERONE / Glycosyltransferase / Accessory protein translocation / Complex / TRANSFERASE-CHAPERONE complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein O-linked glycosylation via serine / protein N-acetylglucosaminyltransferase complex / protein O-linked glycosylation / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / regulation of protein stability / nucleotide binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus gordonii (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, Y. / Rapoport, T.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Mechanism of a cytosolic O-glycosyltransferase essential for the synthesis of a bacterial adhesion protein. 著者: Chen, Y. / Seepersaud, R. / Bensing, B.A. / Sullam, P.M. / Rapoport, T.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e9u.cif.gz | 768.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e9u.ent.gz | 626.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e9u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5e9u_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5e9u_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5e9u_validation.xml.gz | 136.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5e9u_validation.cif.gz | 182.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/5e9u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58399.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア) 株: M99 / 遺伝子: gtf1, gtfA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9AET5, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの #2: タンパク質 | 分子量: 51578.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア) 株: M99 / 遺伝子: gtf2, gtfB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79T00 #3: 化合物 | #4: 糖 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 4000, magnesium chloride, Tris, glycyl-glycyl-glycine PH範囲: 7.5 - 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月9日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.84→148.98 Å / Num. obs: 60983 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 111.56 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.385 / Rpim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 5.28 / Num. measured all: 448209 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5E9T 解像度: 3.84→94.481 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 309.3 Å2 / Biso mean: 115.4901 Å2 / Biso min: 31.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.84→94.481 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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