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- PDB-5e8d: Crystal structure of human epiregulin in complex with the Fab fra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e8d
タイトルCrystal structure of human epiregulin in complex with the Fab fragment of murine monoclonal antibody 9E5
要素
  • (anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab ...) x 2
  • Proepiregulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Immunoglobulin / Monoclonal antibody / Epidermal growth factor / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


luteinizing hormone signaling pathway / ovarian cumulus expansion / ovulation / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / primary follicle stage / female meiotic nuclear division / PI3K events in ERBB4 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity ...luteinizing hormone signaling pathway / ovarian cumulus expansion / ovulation / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / primary follicle stage / female meiotic nuclear division / PI3K events in ERBB4 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of innate immune response / mRNA transcription / oocyte maturation / epidermal growth factor receptor binding / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2-EGFR signaling pathway / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / ERBB2 Regulates Cell Motility / Signaling by ERBB4 / positive regulation of cell division / PI3K events in ERBB2 signaling / keratinocyte proliferation / SHC1 events in ERBB4 signaling / anatomical structure morphogenesis / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of protein kinase activity / GAB1 signalosome / positive regulation of phosphorylation / Nuclear signaling by ERBB4 / keratinocyte differentiation / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / positive regulation of mitotic nuclear division / SHC1 events in ERBB2 signaling / animal organ morphogenesis / positive regulation of cytokine production / positive regulation of DNA replication / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / EGFR downregulation / wound healing / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / response to peptide hormone / positive regulation of interleukin-6 production / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Downregulation of ERBB2 signaling / positive regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell signaling / PIP3 activates AKT signaling / Clathrin-mediated endocytosis / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / angiogenesis / Extra-nuclear estrogen signaling / receptor ligand activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Laminin / Laminin / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kado, Y. / Mizohata, E. / Nagatoishi, S. / Iijima, M. / Shinoda, K. / Miyafusa, T. / Nakayama, T. / Yoshizumi, T. / Sugiyama, A. / Kawamura, T. ...Kado, Y. / Mizohata, E. / Nagatoishi, S. / Iijima, M. / Shinoda, K. / Miyafusa, T. / Nakayama, T. / Yoshizumi, T. / Sugiyama, A. / Kawamura, T. / Lee, Y.H. / Matsumura, H. / Doi, H. / Fujitani, H. / Kodama, T. / Shibasaki, Y. / Tsumoto, K. / Inoue, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Cabinet Office, Government of Japan and the Japan Society for the Promotion of Science 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Epiregulin Recognition Mechanisms by Anti-epiregulin Antibody 9E5: STRUCTURAL, FUNCTIONAL, AND MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION ANALYSES
著者: Kado, Y. / Mizohata, E. / Nagatoishi, S. / Iijima, M. / Shinoda, K. / Miyafusa, T. / Nakayama, T. / Yoshizumi, T. / Sugiyama, A. / Kawamura, T. / Lee, Y.H. / Matsumura, H. / Doi, H. / ...著者: Kado, Y. / Mizohata, E. / Nagatoishi, S. / Iijima, M. / Shinoda, K. / Miyafusa, T. / Nakayama, T. / Yoshizumi, T. / Sugiyama, A. / Kawamura, T. / Lee, Y.H. / Matsumura, H. / Doi, H. / Fujitani, H. / Kodama, T. / Shibasaki, Y. / Tsumoto, K. / Inoue, T.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22016年2月17日Group: Database references
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proepiregulin
H: anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab heavy chain
L: anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6086
ポリマ－55,3893
非ポリマー2203
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.602, 100.291, 187.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-402-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Proepiregulin


分子量: 8254.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EREG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14944

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab heavy chain


分子量: 23528.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 anti-human epiregulin antibody 9E5 Fab light chain


分子量: 23606.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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非ポリマー , 3種, 40分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 2-(N-morphilino)ethansulfonic acid monohydrate, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 22299 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 28.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→14.908 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 26.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1130 5.14 %
Rwork0.1897 --
obs0.1934 22005 96.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→14.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3610 0 13 37 3660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3295035
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0281335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.61320.35421360.29512451X-RAY DIFFRACTION93
2.6132-2.75020.32521490.26412491X-RAY DIFFRACTION94
2.7502-2.92130.29531380.23172559X-RAY DIFFRACTION96
2.9213-3.14490.27691560.21142570X-RAY DIFFRACTION97
3.1449-3.45780.30641380.19762632X-RAY DIFFRACTION98
3.4578-3.950.27181350.18572661X-RAY DIFFRACTION99
3.95-4.94620.24721410.16222705X-RAY DIFFRACTION99
4.9462-14.90840.22281370.17442806X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.6805 Å / Origin y: -12.6538 Å / Origin z: 27.0353 Å
111213212223313233
T0.5194 Å20.1928 Å2-0.0183 Å2-0.6438 Å2-0.0053 Å2--0.4633 Å2
L0.8629 °2-0.2966 °2-0.2364 °2-2.8106 °2-0.4385 °2--0.9352 °2
S-0.1775 Å °-0.3697 Å °-0.2143 Å °0.5717 Å °0.1751 Å °0.0243 Å °0.1305 Å °0.3282 Å °-0.0024 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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