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万見
- PDB-5e88: Crystal structure of Human galectin-3 CRD in complex with thienyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+88
タイトルCrystal structure of Human galectin-3 CRD in complex with thienyl-1,2,3-triazolyl thiodigalactoside inhibitor
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/INHIBITOR / CARBOHYDRATE-RECOGNITION / BETA SANDWICH / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / SUGAR BINDING PROTEIN / SUGAR BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis ...negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / disaccharide binding / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / positive regulation of mononuclear cell migration / negative regulation of endocytosis / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / signaling receptor inhibitor activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / laminin binding / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / positive regulation of protein-containing complex assembly / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / : / carbohydrate binding / protein phosphatase binding / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5KT / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Collins, P.M. / Blanchard, H.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2016
タイトル: Galectin-3-Binding Glycomimetics that Strongly Reduce Bleomycin-Induced Lung Fibrosis and Modulate Intracellular Glycan Recognition.
著者: Delaine, T. / Collins, P. / MacKinnon, A. / Sharma, G. / Stegmayr, J. / Rajput, V.K. / Mandal, S. / Cumpstey, I. / Larumbe, A. / Salameh, B.A. / Kahl-Knutsson, B. / van Hattum, H. / van ...著者: Delaine, T. / Collins, P. / MacKinnon, A. / Sharma, G. / Stegmayr, J. / Rajput, V.K. / Mandal, S. / Cumpstey, I. / Larumbe, A. / Salameh, B.A. / Kahl-Knutsson, B. / van Hattum, H. / van Scherpenzeel, M. / Pieters, R.J. / Sethi, T. / Schambye, H. / Oredsson, S. / Leffler, H. / Blanchard, H. / Nilsson, U.J.
履歴
登録2015年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4183
ポリマ－15,7581
非ポリマー6602
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.464, 58.034, 63.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15758.100 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 114-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17931
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖 ChemComp-5KT / 3-deoxy-3-[4-(thiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-beta-D-galactopyranosyl 3-deoxy-1-thio-3-[4-(thiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-beta-D-galactopyranoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 624.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C24H28N6O8S3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 31% PEG 6000, 100MM MGCL2, 8MM BETA MERCEPTOETHANOL, 100MM TRIS HCL

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月11日
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→42.722 Å / Num. all: 18255 / Num. obs: 18255 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.8 % / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.04 / Net I/av σ(I): 11.76 / Net I/σ(I): 22.5 / Num. measured all: 105809
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.692.70.2053.7687025220.1490.2054.197
1.69-1.7930.1514.9740524760.1020.1515.899.4
1.79-1.913.40.17.3800123600.0620.19.2100
1.91-2.063.90.06810.5856721690.0380.06814.3100
2.06-2.264.80.05612.5988320400.0280.05619.6100
2.26-2.536.70.05711.11251218590.0230.05726.7100
2.53-2.929.90.05511.71614016320.0180.05537.3100
2.92-3.5710.50.03915.21488914120.0120.03951.3100
3.57-5.0611.80.03217.71313211110.010.03262.5100
5.06-63.12212.50.02816.684106740.0080.02860.499.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NN8

2nn8


解像度: 1.6→42.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.179 / WRfactor Rwork: 0.164 / FOM work R set: 0.8973 / SU B: 2.867 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0888 / SU Rfree: 0.0821 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1783 928 5.1 %RANDOM
Rwork0.1592 ---
obs0.1601 17245 99.13 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.54 Å2 / Biso mean: 18.859 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å2-0 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→42.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1101 0 42 146 1289
Biso mean--28.43 36.13 -
残基数----137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0191270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.9911745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68232819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.365161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0032465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86215220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.3641511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4472.508582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4462.511583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0844.224736
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 69 -
Rwork0.189 1185 -
all-1254 -
obs--94.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7146-0.0951-0.10171.0757-0.63131.1280.0609-0.0619-0.0541-0.04550.01060.04940.05510.0192-0.07140.0132-0.0075-0.01710.00770.010.02712.71030.89136.5495
28.0013-1.191-0.66911.26750.11411.9728-0.04630.2503-0.19050.0451-0.00050.0290.13420.07480.04680.07450.0062-0.01240.02990.0050.050320.8379-8.9498-0.0243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A114 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2A302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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