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万見
- PDB-5e83: CRYSTAL STRUCTURE OF CARBONMONOXY HEMOGLOBIN S (LIGANDED SICKLE C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+83
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CARBONMONOXY HEMOGLOBIN S (LIGANDED SICKLE CELL HEMOGLOBIN) COMPLEXED WITH GBT440, CO-CRYSTALLIZATION EXPERIMENT
要素(Hemoglobin subunit ...) x 2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / MUTANT HUMAN HEMOGLOBIN S[BETAE6V] / R2 QUATERNARY STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5L7 / CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Unknown ligand / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Br.J.Haematol. / 年: 2016
タイトル: GBT440 increases haemoglobin oxygen affinity, reduces sickling and prolongs RBC half-life in a murine model of sickle cell disease.
著者: Oksenberg, D. / Dufu, K. / Patel, M.P. / Chuang, C. / Li, Z. / Xu, Q. / Silva-Garcia, A. / Zhou, C. / Hutchaleelaha, A. / Patskovska, L. / Patskovsky, Y. / Almo, S.C. / Sinha, U. / Metcalf, B.W. / Archer, D.R.
履歴
登録2015年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年10月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42018年8月29日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: entity / struct_ref_seq_dif / Item: _entity.pdbx_mutation / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,30217
ポリマ－62,0214
非ポリマー3,28113
水7,188399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.777, 59.104, 170.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 143
2114C1 - 143
1124B1 - 148
2124D1 - 148

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.189167, 0.981702, 0.021821), (0.981764, -0.189512, 0.014997), (0.018858, 0.018586, -0.999649)11.52547, -14.73523, 42.12014

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15860.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
非ポリマー , 6種, 412分子

#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 化合物 ChemComp-5L7 / 2-methyl-3-({2-[1-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]pyridin-3-yl}methoxy)phenol


分子量: 323.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21N3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG4000, PH 7.4, 40 MM NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 56423 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rejects: 0 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NEJ

1nej


解像度: 1.8→41.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 6.791 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 1719 3.1 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1783 53969 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 126.52 Å2 / Biso mean: 40.129 Å2 / Biso min: 18.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.36 Å2-0 Å20 Å2
2--4.58 Å20 Å2
3----3.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→41.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4380 0 255 400 5035
Biso mean--37.96 43.46 -
残基数----574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0194824
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.122.0156608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.728310452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5385586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98223.855179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67715714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3341512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215437
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021142
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2166MEDIUM POSITIONAL0.475
1A2166MEDIUM THERMAL3.482
2B2301MEDIUM POSITIONAL0.545
2B2301MEDIUM THERMAL3.632
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 120 -
Rwork0.266 3900 -
all-4020 -
obs--98.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9867-0.16531.03372.4549-0.1663.2647-0.0743-0.13620.05880.22960.0849-0.0959-0.2990.1396-0.01060.3505-0.0083-0.01410.0283-0.00360.260223.8577.82236.269
22.6204-0.13790.25871.9389-0.58913.38470.0126-0.0688-0.16780.02020.00930.3441-0.1326-0.8178-0.02190.30040.09880.04290.2715-0.01250.38560.8797.68128.535
31.883-0.04020.07032.05360.412.89430.04010.54390.1072-0.2001-0.0096-0.0994-0.55020.2848-0.03050.3199-0.04850.02310.2894-0.01660.255224.3057.646.152
42.3721-0.25730.69691.58480.12943.8706-0.06430.1251-0.48490.2280.08430.0330.5521-0.053-0.020.32340.0320.01150.1291-0.12920.414119.803-14.93113.784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 141
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 203
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 146
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 202
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 141
6X-RAY DIFFRACTION3C201 - 202
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 146
8X-RAY DIFFRACTION4D201 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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