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- PDB-5e7z: 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase from Mycobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e7z
タイトル3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase from Mycobacterium tuberculosis in complex with D/L-tryptophan and D-phenylalanine
要素3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / shikimate pathway / allosteric regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
D-PHENYLALANINE / D-TRYPTOPHAN / : / TRYPTOPHAN / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase AroG
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Reichau, S. / Jiao, W. / Parker, E.J.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
New Zealand Marsden FundUOC1105 ニュージーランド
Maurice Wilkins Centre for Molecular Biodiscovery ニュージーランド
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Probing the Sophisticated Synergistic Allosteric Regulation of Aromatic Amino Acid Biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis Using -Amino Acids.
著者: Reichau, S. / Blackmore, N.J. / Jiao, W. / Parker, E.J.
履歴
登録2015年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_reflns_twin / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_reflns_twin.operator / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,39015
ポリマ－101,6572
非ポリマー1,73313
水2,360131
1
A: 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase
ヘテロ分子

A: 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase
B: 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,78130
ポリマ－203,3144
非ポリマー3,46726
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area15220 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area63490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.357, 206.357, 66.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase


分子量: 50828.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: aroG_1, ERS024751_03564, ERS094182_00944, ERS124362_02783
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0E8NFD1, UniProt: O53512*PLUS, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase

-
非ポリマー , 7種, 144分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-DTR / D-TRYPTOPHAN


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#5: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#6: 化合物 ChemComp-DPN / D-PHENYLALANINE


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 1.5M AMMONIUM SULFATE, 12% V/V GLYCEROL. CRYSTALS WERE SOAKED IN THE SAME SOLUTION WITH AN ADDITIONAL 10% V/V GLYCEROL AND 0.25 MILLIM D- ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 1.5M AMMONIUM SULFATE, 12% V/V GLYCEROL. CRYSTALS WERE SOAKED IN THE SAME SOLUTION WITH AN ADDITIONAL 10% V/V GLYCEROL AND 0.25 MILLIM D-PHENYLALANINE AND 2.5 MILLIM TRYPTOPHAN

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.69
11-h,-k,l20.31
反射解像度: 2.33→47.55 Å / Num. obs: 71044 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / Net I/σ(I): 4.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3NV8

3nv8


解像度: 2.4→47.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 7.175 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.161 3128 4.9 %RANDOM
Rwork0.137 ---
obs0.138 60738 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7030 0 112 131 7273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0197297
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0061.9679932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.21315880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.90923.412337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.159151154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.091568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0218350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 225 -
Rwork0.185 4432 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0720.0672-0.05140.4784-0.08090.04150.0089-0.0170.0035-0.082-0.00860.01810.00690.0005-0.00030.0495-0.03250.00080.0584-0.01960.0106-78.027370.9088-31.7047
20.32730.04760.05190.44420.11640.3434-0.0021-0.0149-0.0178-0.00450.00120.01180.0705-0.00270.00090.0349-0.03290.00190.0605-0.00150.0028-82.958871.3427-0.6997
30.07290.26960.07543.12491.02270.33890.02750.0323-0.03050.0366-0.03550.00250.0126-0.02530.00810.0661-0.0185-0.02830.0479-0.01330.0293-81.266151.4291-27.6277
40.28030.11240.07890.29060.07310.09770.01320.0208-0.0676-0.0320.0187-0.07180.0160.0079-0.03190.0352-0.02980.01410.0395-0.02560.0406-60.066561.6513-24.6653
52.2207-0.47040.17310.1168-0.14950.98420.03240.0350.1374-0.01290.0272-0.0214-0.0156-0.1497-0.05960.0203-0.0271-0.00260.07650.00490.08-100.660179.6302-9.6718
60.25610.076-0.03070.2121-0.03910.05080.0075-0.00870.0771-0.00330.00140.04890.0158-0.0182-0.00890.0174-0.02870.010.0528-0.01090.045-81.46492.2661-5.1707
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 80
3X-RAY DIFFRACTION3A127 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4A81 - 126
5X-RAY DIFFRACTION4A168 - 462
6X-RAY DIFFRACTION5B127 - 167
7X-RAY DIFFRACTION6B81 - 126
8X-RAY DIFFRACTION6B168 - 462

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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