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- PDB-5e7t: Structure of the tripod (BppUct-A-L) from the baseplate of bacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e7t
タイトルStructure of the tripod (BppUct-A-L) from the baseplate of bacteriophage Tuc2009
要素
  • (Major structural protein ...) x 2
  • (Minor structural protein ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophages / Lactococcus lactis / Siphoviridae / nanobody / receptor binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Baseplate upper protein, immunoglobulin like domain / Baseplate upper protein immunoglobulin like domain / BppU, N-terminal / BppU N-terminal domain / Lower baseplate protein, N-terminal / Lower baseplate protein N-terminal domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Major structural protein 1 / Minor structural protein 5 / Minor structural protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Legrand, P. / Collins, B. / Blangy, S. / Murphy, J. / Spinelli, S. / Gutierrez, C. / Richet, N. / Kellenberger, C. / Desmyter, A. / Mahony, J. ...Legrand, P. / Collins, B. / Blangy, S. / Murphy, J. / Spinelli, S. / Gutierrez, C. / Richet, N. / Kellenberger, C. / Desmyter, A. / Mahony, J. / van Sinderen, D. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2016
タイトル: The Atomic Structure of the Phage Tuc2009 Baseplate Tripod Suggests that Host Recognition Involves Two Different Carbohydrate Binding Modules.
著者: Legrand, P. / Collins, B. / Blangy, S. / Murphy, J. / Spinelli, S. / Gutierrez, C. / Richet, N. / Kellenberger, C. / Desmyter, A. / Mahony, J. / van Sinderen, D. / Cambillau, C.
履歴
登録2015年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Minor structural protein 4
B: Minor structural protein 5
G: Major structural protein 1
H: Major structural protein 1
I: Major structural protein 1
L: Major structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,32312
ポリマ－121,8036
非ポリマー5206
水1,09961
1
A: Minor structural protein 4
B: Minor structural protein 5
G: Major structural protein 1
H: Major structural protein 1
I: Major structural protein 1
L: Major structural protein 1
ヘテロ分子

A: Minor structural protein 4
B: Minor structural protein 5
G: Major structural protein 1
H: Major structural protein 1
I: Major structural protein 1
L: Major structural protein 1
ヘテロ分子

A: Minor structural protein 4
B: Minor structural protein 5
G: Major structural protein 1
H: Major structural protein 1
I: Major structural protein 1
L: Major structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,97036
ポリマ－365,40918
非ポリマー1,56118
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
単位格子
Length a, b, c (Å)211.960, 211.960, 211.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-202-

SO4

21L-202-

SO4

31L-304-

HOH

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要素

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Minor structural protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Minor structural protein 4


分子量: 14132.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q9AYV5
#2: タンパク質 Minor structural protein 5


分子量: 31884.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q9AYV4

-
Major structural protein ... , 2種, 4分子 GHIL

#3: タンパク質 Major structural protein 1


分子量: 18848.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q38610
#4: タンパク質 Major structural protein 1


分子量: 18979.213 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus phage Tuc2009 (ファージ)
発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 参照: UniProt: Q38610

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非ポリマー , 3種, 67分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: by mixing 300 nl of protein (Na2HPO4, 10 mM; KH2PO4, 1.8 mM [pH7.4]; NaCl, 137 mM; KCl, 2.7 mM) with 100 nl precipitant solution (2 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Na Hepes [pH 7]).
PH範囲: 7.0 - 7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→34.9 Å / Num. obs: 70164 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 103.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E7F RBP domain

5e7f


解像度: 2.9→34.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9343 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9233 / SU R Cruickshank DPI: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.278 / SU Rfree Blow DPI: 0.227 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.235
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 3508 5 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
obs0.2155 70164 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 104.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.423 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8126 0 26 61 8213
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018334HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1811302HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2780SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes210HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1203HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8334HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.85
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1111SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8949SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3171 255 5 %
Rwork0.2821 4848 -
all0.2838 5103 -
obs--99.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
100.34910.21670.87360.94452.6593-0.00580.14740.0347-0.11220.1005-0.2322-0.17220.3702-0.0947-0.12330.04-0.0123-0.0944-0.0458-0.0508-22.424360.397136.12
20.9535-0.45810.19082.66950.62070.71940.09090.0026-0.0014-0.077-0.0266-0.07370.06710.0189-0.0643-0.2023-0.02140.0918-0.0478-0.0698-0.172-22.450827.489513.8041
30.45670.9027-1.54771.6441-1.79972.11580.05530.20290.09230.51330.01140.63660.0231-0.6305-0.06670.1299-0.54410.2870.0289-0.0514-0.0194-53.077638.136999.7439
40.70770.833-2.00821.3805-1.95232.49020.0677-0.3263-0.34910.4554-0.33930.18540.33620.16920.27160.4117-0.680.1403-0.01460.1472-0.09-41.117134.0225104.917
51.16170.9299-2.06061.8561-1.23181.8066-0.16360.063-0.3560.3035-0.34930.73470.5191-0.22860.51290.0349-0.73170.3264-0.3099-0.0960.107-47.065626.809694.9896
61.7198-1.4199-0.2092.062-0.08322.94940.114-0.0040.2925-0.0191-0.115-0.0098-0.4385-0.09480.0010.0389-0.0253-0.0180.0407-0.0835-0.1066-6.395510.72271.2779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ G|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ I|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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