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- PDB-5e79: Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+79
タイトルMacromolecular diffractive imaging using imperfect crystals
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...光化学系II) x 16
  • Cytochrome c-550
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosystem II (光化学系II) / continuous diffused scattering / molecular transform / resolution increase
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein ...photosynthetic oxygen evolving center fold / photosynthetic oxygen evolving center domain / Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / ポリン (タンパク質) / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / 炭酸水素塩 / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / フェオフィチン ...Β-カロテン / 炭酸水素塩 / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / フェオフィチン / Chem-PL9 / Chem-SQD / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ayyer, K. / Yefanov, O. / Oberthur, D. / Roy-Chowdhury, S. / Galli, L. / Mariani, V. / Basu, S. / Coe, J. / Conrad, C.E. / Fromme, R. ...Ayyer, K. / Yefanov, O. / Oberthur, D. / Roy-Chowdhury, S. / Galli, L. / Mariani, V. / Basu, S. / Coe, J. / Conrad, C.E. / Fromme, R. / Schaffer, A. / Dorner, K. / James, D. / Kupitz, C. / Metz, M. / Nelson, G. / Xavier, P.L. / Beyerlein, K.R. / Schmidt, M. / Sarrou, I. / Spence, J.C.H. / Weierstall, U. / White, T.A. / Yang, J.-H. / Zhao, Y. / Liang, M. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Koglin, J.E. / Boutet, S. / Fromme, P. / Barty, A. / Chapman, H.N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals.
著者: Ayyer, K. / Yefanov, O.M. / Oberthur, D. / Roy-Chowdhury, S. / Galli, L. / Mariani, V. / Basu, S. / Coe, J. / Conrad, C.E. / Fromme, R. / Schaffer, A. / Dorner, K. / James, D. / Kupitz, C. / ...著者: Ayyer, K. / Yefanov, O.M. / Oberthur, D. / Roy-Chowdhury, S. / Galli, L. / Mariani, V. / Basu, S. / Coe, J. / Conrad, C.E. / Fromme, R. / Schaffer, A. / Dorner, K. / James, D. / Kupitz, C. / Metz, M. / Nelson, G. / Xavier, P.L. / Beyerlein, K.R. / Schmidt, M. / Sarrou, I. / Spence, J.C. / Weierstall, U. / White, T.A. / Yang, J.H. / Zhao, Y. / Liang, M. / Aquila, A. / Hunter, M.S. / Robinson, J.S. / Koglin, J.E. / Boutet, S. / Fromme, P. / Barty, A. / Chapman, H.N.
履歴
登録2015年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment
改定 2.02023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1 1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
T: Photosystem II reaction center protein T
U: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
V: Cytochrome c-550
Y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
X: Photosystem II reaction center X protein
Z: Photosystem II reaction center protein Z
a: Photosystem II protein D1 1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
t: Photosystem II reaction center protein T
u: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
v: Cytochrome c-550
y: Photosystem II reaction center protein Ycf12
x: Photosystem II reaction center X protein
z: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)702,163204
ポリマ－583,32538
非ポリマー118,838166
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)250.800, 250.800, 250.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
Photosystem II ... , 16種, 32分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXxZz

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 1 / 光化学系II / PSII D1 protein 1 / Photosystem II Q(B) protein 1


分子量: 37029.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: P0A444, 光化学系II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / 光化学系II / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 55939.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / 光化学系II / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43


分子量: 49207.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 Photosystem II D2 protein / 光化学系II / PSII D2 protein / Photosystem II Q(A) protein


分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8CM25, 光化学系II
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / 光化学系II / PSII-H


分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / 光化学系II / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / 光化学系II / PSII-J


分子量: 3843.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: P59087
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / 光化学系II / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / 光化学系II / PSII-L


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIN8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / 光化学系II / PSII-M


分子量: 3807.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DHA7
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / 光化学系II / MSP


分子量: 26523.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: P0A431
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / 光化学系II / PSII-Tc


分子量: 3620.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIQ0
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / 光化学系II / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 10966.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F1L5
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12 / 光化学系II


分子量: 3098.921 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DJI1
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein / 光化学系II


分子量: 4077.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q9F1R6
#19: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / 光化学系II / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DHJ2

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / / PSII reaction center subunit V


分子量: 9321.515 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / / PSII reaction center subunit VI


分子量: 3868.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8DIN9

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 Vv

#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c-549 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
参照: UniProt: P0A386
#32: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 14種, 156分子

#20: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#21: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#22: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#23: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / 炭酸水素塩


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#24: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#26: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#27: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9 / プラストキノン


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#28: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#29: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#30: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#31: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#33: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#34: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 283.18 K / 手法: liquid diffusion
詳細: 100 mM Pipes pH 7.0, 5 mM CaCl2, 10 mM tocopherol, and 10-17% PEG 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.308 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.308 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. obs: 769253 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1 %
詳細: resolution was extended by combining Bragg-data and diffuse scattering (continuous diffraction). The map resulting from the "normal" crystallographic approach was blurred and used as an input ...詳細: resolution was extended by combining Bragg-data and diffuse scattering (continuous diffraction). The map resulting from the "normal" crystallographic approach was blurred and used as an input mask for to generate a 3D image of the electron density of the PSII dimer by iterative phasing of the continuous diffraction. A real-space map was obtained from which a mtz-file was generated to enter the "normal" refinement pipeline. Based on Fourier shell correlation (FSC) and the phase retrieval transfer function (PRTF) analysis the useful resolution is now 3.5A.
CC1/2: 0.99 / R split: 0.1148 / Net I/σ(I): 5.01
反射 シェル解像度: 4.5→4.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / CC1/2: 0.94 / R split: 0.4616

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ARC

3arc
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.5→29.976 Å / SU ML: 1.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 48.58 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3305 37657 4.9 %Random Selection
Rwork0.3242 ---
obs0.3245 769254 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41274 0 8320 0 49594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01351966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.71871528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.99121482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.6517202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0117760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5003-3.540.533711760.530824847X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.58150.512211280.525424870X-RAY DIFFRACTION100
3.5815-3.62520.529211400.525124061X-RAY DIFFRACTION100
3.6252-3.6710.518412000.5324314X-RAY DIFFRACTION100
3.671-3.71920.543813680.524824589X-RAY DIFFRACTION100
3.7192-3.770.527810680.521224567X-RAY DIFFRACTION100
3.77-3.82380.51210800.517424205X-RAY DIFFRACTION100
3.8238-3.88070.50712660.52124795X-RAY DIFFRACTION100
3.8807-3.94130.528413200.522324169X-RAY DIFFRACTION100
3.9413-4.00570.532612840.52324434X-RAY DIFFRACTION100
4.0057-4.07460.526212480.524224397X-RAY DIFFRACTION100
4.0746-4.14850.550210320.518824277X-RAY DIFFRACTION100
4.1485-4.22810.532912870.516924486X-RAY DIFFRACTION100
4.2281-4.31420.520213080.518724475X-RAY DIFFRACTION100
4.3142-4.40770.549311640.538924376X-RAY DIFFRACTION100
4.4077-4.50990.502411880.481724477X-RAY DIFFRACTION100
4.5099-4.62230.357212960.338824540X-RAY DIFFRACTION100
4.6223-4.74680.301214100.297624033X-RAY DIFFRACTION100
4.7468-4.88590.286212360.277524505X-RAY DIFFRACTION100
4.8859-5.04290.286812660.277924550X-RAY DIFFRACTION100
5.0429-5.22220.283415120.268524005X-RAY DIFFRACTION100
5.2222-5.43010.271810670.260624351X-RAY DIFFRACTION100
5.4301-5.67570.278612840.253624520X-RAY DIFFRACTION100
5.6757-5.97270.255112660.238224475X-RAY DIFFRACTION100
5.9727-6.34360.248411400.233324314X-RAY DIFFRACTION100
6.3436-6.8280.222613440.210624308X-RAY DIFFRACTION100
6.828-7.50540.218118480.200923894X-RAY DIFFRACTION100
7.5054-8.56920.180713440.168924246X-RAY DIFFRACTION100
8.5692-10.71370.17219590.157424627X-RAY DIFFRACTION100
10.7137-29.97740.219414280.203323890X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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