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- PDB-5e70: Crystal structure of Ecoli Branching Enzyme with gamma cyclodextrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+70
タイトルCrystal structure of Ecoli Branching Enzyme with gamma cyclodextrin
要素1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
キーワードTRANSFERASE / Branching Enzyme / Cyclodextrin / Glycogen / Starch / glucan
機能・相同性
機能・相同性情報


cation binding / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / alpha-1,4-glucan branching enzyme GlgB, N-terminal domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme, GlgB / Glycogen branching enzyme GlgB, N-terminal Early set domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain ...: / alpha-1,4-glucan branching enzyme GlgB, N-terminal domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme, GlgB / Glycogen branching enzyme GlgB, N-terminal Early set domain / 1,4-alpha-glucan-branching enzyme / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
gamma-cyclodextrin / 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Feng, L. / Nosrati, M. / Geiger, J.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of Escherichia coli branching enzyme in complex with cyclodextrins.
著者: Feng, L. / Fawaz, R. / Hovde, S. / Sheng, F. / Nosrati, M. / Geiger, J.H.
履歴
登録2015年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
B: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
C: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
D: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,23915
ポリマ－285,1114
非ポリマー7,12811
水21,7081205
1
A: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7774
ポリマ－71,2781
非ポリマー1,4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7774
ポリマ－71,2781
非ポリマー1,4993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5932
ポリマ－71,2781
非ポリマー1,3151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0925
ポリマ－71,2781
非ポリマー2,8144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.097, 103.221, 186.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB / 1 / 4-alpha-D-glucan:1 / 4-alpha-D-glucan 6-glucosyl-transferase / Alpha-(1->4)-glucan branching ...1 / 4-alpha-D-glucan:1 / 4-alpha-D-glucan 6-glucosyl-transferase / Alpha-(1->4)-glucan branching enzyme / Glycogen branching enzyme / BE


分子量: 71277.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: E24377A / ETEC / 遺伝子: glgB, EcE24377A_3911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZSW5, 1,4-alpha-glucan branching enzyme
#2: 多糖
Cyclooctakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / gamma-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1315.142 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: gamma-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,8,8/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1/a1-h4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1M HEPES, pH = 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 126463 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 25

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M7X

1m7x


解像度: 2.33→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.56 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21716 14049 10 %RANDOM
Rwork0.1703 ---
obs0.17504 126463 94.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.039 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20.13 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19341 0 476 1205 21022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02120591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.94728041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1952363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.27522.981104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.373153120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.50215169
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.22918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02116047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.041211732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.752318821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2128859
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8339219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.334→2.395 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 936 -
Rwork0.211 8799 -
obs--88.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0771.41310.13341.37560.39875.1308-0.64550.8261-0.5403-0.69780.3-0.22210.1687-0.02940.34560.3955-0.08370.09910.4957-0.30040.206932.887331.466631.1565
20.87140.0062-0.30990.5623-0.18970.9161-0.05780.1731-0.2386-0.20020.00810.09790.1418-0.06440.04970.1378-0.024-0.03060.1645-0.03190.244521.614939.175467.2794
31.577-0.38970.50931.4286-0.81141.61880.0535-0.1372-0.1951-0.0364-0.0459-0.11310.08810.0654-0.00760.04590.0002-0.00430.16070.10580.329774.687222.590191.4787
40.856-0.21890.03030.7555-0.1640.2153-0.0021-0.1464-0.0413-0.02080.0077-0.07430.00060.0361-0.00550.1262-0.01290.0040.2350.01490.171455.853455.214280.6667
51.2738-0.1991-1.34884.04422.50082.7889-0.1065-0.0202-0.15870.02460.1448-0.24130.21430.2313-0.03830.30560.2472-0.03140.2847-0.10550.094892.511945.1576-3.3613
61.2470.14120.05590.97870.51191.57670.02980.0543-0.06170.05840.042-0.19730.18550.3476-0.07170.20070.05410.03030.18640.00930.101788.635171.538825.8984
71.3705-0.4020.73682.5874-1.39411.4177-0.0251-0.05540.0152-0.20840.0202-0.0952-0.10760.01820.00490.4550.02870.05190.09370.03770.063745.177104.9348-2.5867
80.4773-0.0422-0.00220.6809-0.37881.11270.0315-0.02790.0322-0.1095-0.0017-0.0089-0.0046-0.0413-0.02970.3166-0.01440.01150.1383-0.00110.106549.388876.645325.6415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A117 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2A234 - 728
3X-RAY DIFFRACTION3B117 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4B230 - 728
5X-RAY DIFFRACTION5C118 - 232
6X-RAY DIFFRACTION6C233 - 727
7X-RAY DIFFRACTION7D117 - 226
8X-RAY DIFFRACTION8D227 - 728

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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