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- PDB-5e6p: PlexinB2 cytoplasmic region/PDZ-RhoGEF PDZ domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e6p
タイトルPlexinB2 cytoplasmic region/PDZ-RhoGEF PDZ domain complex
要素
  • Plexin-B2
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 11
キーワードSIGNALING PROTEIN / Plexin / PDZ / PDZ-RhoGEF / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory synapse assembly / regulation of neuron migration / semaphorin receptor activity / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of GTPase activity / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / establishment of cell polarity ...excitatory synapse assembly / regulation of neuron migration / semaphorin receptor activity / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of GTPase activity / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / establishment of cell polarity / RHOC GTPase cycle / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of protein phosphorylation / semaphorin-plexin signaling pathway / CDC42 GTPase cycle / neuroblast proliferation / RHOA GTPase cycle / Rho protein signal transduction / striated muscle contraction / RAC1 GTPase cycle / receptor-mediated endocytosis / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of translation / neural tube closure / regulation of cell growth / G protein-coupled receptor binding / brain development / positive regulation of neuron projection development / transmembrane signaling receptor activity / G alpha (12/13) signalling events / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / : / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin-B, PSI domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain ...Rho guanine nucleotide exchange factor 11, PH domain / Rho guanine nucleotide exchange factor 11, RGS domain / GTPase Activation - p120GAP; domain 1 / GTPase Activation - p120gap; domain 1 / Plexin-B, PSI domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Regulator of G protein signalling-like domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / ARHGEF1-like, PH domain / PH domain / Plexin family / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / Plexin repeat / Plexin repeat / RGS, subdomain 2 / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / RGS domain superfamily / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / PDZ domain / Pdz3 Domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / PDZ domain / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Roll / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plexin-B2 / Rho guanine nucleotide exchange factor 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.215 Å
データ登録者Pascoe, H.G. / Zhang, X.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088197 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM031954 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008203 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Secondary PDZ domain-binding site on class B plexins enhances the affinity for PDZ-RhoGEF.
著者: Pascoe, H.G. / Gutowski, S. / Chen, H. / Brautigam, C.A. / Chen, Z. / Sternweis, P.C. / Zhang, X.
履歴
登録2015年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plexin-B2
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0962
ポリマ－81,0962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area26900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.152, 126.152, 211.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Plexin-B2


分子量: 71868.688 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1226-1842 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxnb2 / プラスミド: pskb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express / 参照: UniProt: B2RXS4
#2: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 11 / PDZ-RhoGEF


分子量: 9227.785 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (UNP residues 42-125) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARHGEF11, KIAA0380 / プラスミド: pskb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: O15085

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.2 M K/Na tartrate, 0.1 M Na citrate pH 5.3, 1.4 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979237 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979237 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 16847 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 30.1 % / Biso Wilson estimate: 130.9 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 56
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å / 冗長度: 27.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IG3

3ig3


解像度: 3.215→48.53 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2966 731 5.03 %Random selection
Rwork0.2542 ---
obs0.2562 14538 86.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.215→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4478 0 0 0 4478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044563
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7546206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5481610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003776
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.215-3.46320.45791280.39872266X-RAY DIFFRACTION73
3.4632-3.81160.42631210.35632346X-RAY DIFFRACTION75
3.8116-4.36290.33071570.27382696X-RAY DIFFRACTION86
4.3629-5.49550.3041470.26623113X-RAY DIFFRACTION97
5.4955-48.53670.25781780.22373386X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6882-1.2270.13520.78270.21662.74140.59590.6178-0.37740.0893-0.4276-0.34050.3168-0.2526-0.2311.1488-0.2824-0.30870.92260.21581.276695.1313-16.0781-0.6129
23.3888-0.2037-2.25442.9574-0.92136.171-0.4244-0.256-1.04010.0682-0.0598-0.19820.3410.74150.43490.53850.0430.04810.65260.18981.1529109.4092-30.993632.2008
34.7837-0.1079-0.0843.84080.65693.3247-0.01930.6692-1.2952-0.2162-1.09730.5083-0.2025-0.60880.31771.0589-0.02980.71211.45470.45722.144773.5984-48.605452.0995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1461:1598 )A1461 - 1598
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 1275:1459 OR RESID 1622:1836 ) )A1275 - 1459
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 1275:1459 OR RESID 1622:1836 ) )A1622 - 1836
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1837:1842 ) OR ( CHAIN B AND RESID 45:121 )A1837 - 1842
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 1837:1842 ) OR ( CHAIN B AND RESID 45:121 )B45 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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