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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5.0E+67 | ||||||
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タイトル | K103A/K262A double mutant of I-SmaMI | ||||||
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![]() | Hydrolase/DNA / LAGLIDADG / I-SmaMI / K103A/K262A / Hydrolase-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() Synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Shen, B.W. / Stoddard, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The Structural Basis of Asymmetry in DNA Binding and Cleavage as Exhibited by the I-SmaMI LAGLIDADG Meganuclease. 著者: Shen, B.W. / Lambert, A. / Walker, B.C. / Stoddard, B.L. / Kaiser, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 146.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34036.438 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 114-415 / 変異: K103A, L165N, K262A, M268Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC MYA-333 / DSM 997 / K(L3346) / K-hell / 遺伝子: SMAC_12671 / プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 7691.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 7664.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 4種, 192分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MXE.gif)
![](data/chem/img/PG0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MXE.gif)
![](data/chem/img/PG0.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MXE / | #6: 化合物 | ChemComp-PG0 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | Mutation of L165N and M267Q were made to improve expression/purification. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 28 - 32% PEGMME550, HEPES, Mg++ / PH範囲: 7.5 - 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 70 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 19836 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 59.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 15.168 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.571 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→25 Å
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拘束条件 |
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