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- PDB-5e5n: Ketosynthase from module 6 of the bacillaene synthase from Bacill... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e5n
タイトルKetosynthase from module 6 of the bacillaene synthase from Bacillus subtilis 168 (C167S mutant, crystal form 1)
要素Polyketide synthase PksL
キーワードHYDROLASE / trans-AT Ketosynthase / Polyketide
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / oxidoreductase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #100 / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Prismane-like superfamily / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / PKS_PP_betabranch ...Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #100 / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Prismane-like superfamily / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / PKS_PP_betabranch / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyketide synthase PksL
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wagner, D.T. / Gay, D.C. / Keatinge-Clay, A.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)26-1606-1550 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: The LINKS motif zippers trans-acyltransferase polyketide synthase assembly lines into a biosynthetic megacomplex.
著者: Gay, D.C. / Wagner, D.T. / Meinke, J.L. / Zogzas, C.E. / Gay, G.R. / Keatinge-Clay, A.T.
履歴
登録2015年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_database_related / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyketide synthase PksL
B: Polyketide synthase PksL
C: Polyketide synthase PksL
D: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,1124
ポリマ－276,1124
非ポリマー00
水24,4641358
1
A: Polyketide synthase PksL
C: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,0562
ポリマ－138,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42190 Å2
手法PISA
2
B: Polyketide synthase PksL
D: Polyketide synthase PksL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,0562
ポリマ－138,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area42890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.436, 108.194, 151.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 591 / Label seq-ID: 25 - 613

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Polyketide synthase PksL / PKS


分子量: 69027.969 Da / 分子数: 4 / 変異: C192S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: pksL, outG, pksA, pksX, BSU17190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05470
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15 mg/ml protein in 150 mM NaCl and 20 mM HEPES pH 7.5 mixed 1:1 in 1.7 M LiSO4 and 100 mM Tris pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→150 Å / Num. obs: 183336 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.1 % / Net I/σ(I): 2.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PksKS2 (4NA1)

4na1


解像度: 2→150 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23649 9722 5 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2039 183336 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.025 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→150 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17239 0 0 1358 18597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01917622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0216606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.96123830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.575338336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77152175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47424.484805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.886153022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9041586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.22579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02119879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0280.023935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1623.9888763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1613.9888762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5465.94610917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5465.94610918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.4094.6388859
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.4094.6388860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.7886.71212914
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.97734.19421411
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.96434.09321273
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A684440.11
12B684440.11
21A648620.11
22C648620.11
31A645260.12
32D645260.12
41B648920.11
42C648920.11
51B645020.12
52D645020.12
61C647640.11
62D647640.11
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 713 -
Rwork0.25 13049 -
obs--95.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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