PDB-5e5k: Joint X-ray/neutron structure of HIV-1 protease triple mutant (V3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e5k

タイトル

Joint X-ray/neutron structure of HIV-1 protease triple mutant (V32I,I47V,V82I) with darunavir at pH 4.3

要素

HIV-1 protease

キーワード

Hydrolase/hydrolase inhibitor / protease drug resistant mutant inhibitor complex / Hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / telomerase activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kovalevsky, A.Y. / Das, A.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
著者: Gerlits, O. / Wymore, T. / Das, A. / Shen, C.H. / Parks, J.M. / Smith, J.C. / Weiss, K.L. / Keen, D.A. / Blakeley, M.P. / Louis, J.M. / Langan, P. / Weber, I.T. / Kovalevsky, A.

履歴

登録	2015年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_radiation ...citation / diffrn_radiation / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e5k.cif.gz	114.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e5k.ent.gz	92.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e5k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e5k_validation.pdf.gz	513.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e5k_full_validation.pdf.gz	515.1 KB	表示
XML形式データ	5e5k_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	5e5k_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e5jC 4jecS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1dif-d 3ggv-3 4njs-2 2bqv-d 1bv9-d 1k2c-d 1met-d 4nju-1 1a8g-d 1eby-d 1g2k-d 5v4y-1 2qd7-d 5w5w-d 2aid-d 4tvg-d 2hs2-d 3h5b-d 1w5v-d 1z8c-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 protease

B: HIV-1 protease

ヘテロ分子

22.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.593, 87.428, 46.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	HIV-1 protease / Pr160Gag-Pol 分子量: 10754.703 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, V32I, L33I, I47V, L63I, C67A, V82I, C95A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 株: isolate BRU/LAI / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; ...参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H, exoribonuclease H, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, MES / PH範囲: 4.3

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	293	1
2	293	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.54
NUCLEAR REACTOR	ORNL High Flux Isotope Reactor	CG4D		2	2.8-4.0

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2014年11月8日	OSMIC VARIMAX
MAATEL IMAGINE	2	IMAGE PLATE	2014年12月4日	ELLIPTICAL MIRRORS

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54	1
2	2.8	1
3	4	1

反射

解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 21726 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 4.3 % / Net I/σ(I): 34

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
nCNS	1.0.0	精密化
LAUEGEN		データ削減
LSCALE		データスケーリング

精密化

B_iso max: 92.87 Å² / B_iso mean: 27.64 Å² / B_iso min: 8.91 Å² / Diffraction-ID: 1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4JEC

4jec

/ 立体化学のターゲット値: Joint X-ray/neutron ML / 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_free error	R_factor R_work	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	B_sol (Å²)	k_sol (e/Å³)
1.75-33.74	X-RAY DIFFRACTION	0.218	0.007	0.203	949	18252	25099	19201	4.9	76.5	46.0358	0.287805
2.3-36.58	NEUTRON DIFFRACTION	0.224	0.012	0.212	337	7511	11249	7848	4.3	69.8	48.3937	0.524466

Refine analyze

Refine-ID

#notag 0

X-RAY DIFFRACTION

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.21	0.2
Luzzati d res low	-	5
Luzzati sigma a	0.14	0.13

NEUTRON DIFFRACTION

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.29	0.28
Luzzati d res low	-	5
Luzzati sigma a	0.56	0.52

Refine funct minimized

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	Joint X-ray/neutron ML
NEUTRON DIFFRACTION	Joint X-ray/neutron ML

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1514	0	38	105	1657

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.1
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_deg	18.9
X-RAY DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	0.96
NEUTRON DIFFRACTION	x_bond_d	0.009
NEUTRON DIFFRACTION	x_angle_deg	1.1
NEUTRON DIFFRACTION	x_torsion_deg	18.9
NEUTRON DIFFRACTION	x_torsion_impr_deg	0.96

LS精密化シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.75-1.83	0.227	78	5.6	0.251	1314	X-RAY DIFFRACTION	0.026	3083	1392	45.1
1.83-1.93	0.232	117	5.3	0.23	2102	X-RAY DIFFRACTION	0.021	3101	2219	71.5
1.93-2.05	0.253	109	4.4	0.208	2351	X-RAY DIFFRACTION	0.024	3084	2460	79.8
2.05-2.2	0.25	132	5.1	0.213	2462	X-RAY DIFFRACTION	0.022	3126	2594	83
2.2-2.43	0.23	130	5	0.216	2483	X-RAY DIFFRACTION	0.02	3096	2613	84.4
2.43-2.78	0.229	132	5	0.222	2514	X-RAY DIFFRACTION	0.02	3134	2646	84.4
2.78-3.5	0.208	125	4.7	0.209	2530	X-RAY DIFFRACTION	0.019	3176	2655	83.6
3.5-33.74	0.199	126	4.8	0.178	2496	X-RAY DIFFRACTION	0.018	3324	2622	78.9
2.3-2.4	0.399	42	6	0.347	656	NEUTRON DIFFRACTION	0.062	1360	698	51.3
2.4-2.53	0.358	37	4.8	0.343	735	NEUTRON DIFFRACTION	0.059	1372	772	56.3
2.53-2.69	0.306	37	4.6	0.289	771	NEUTRON DIFFRACTION	0.05	1399	808	57.8
2.69-2.9	0.246	28	3.2	0.251	835	NEUTRON DIFFRACTION	0.046	1388	863	62.1
2.9-3.19	0.162	39	4	0.172	947	NEUTRON DIFFRACTION	0.026	1384	986	71.2
3.19-3.65	0.181	55	4.9	0.181	1071	NEUTRON DIFFRACTION	0.024	1413	1126	79.6
3.65-4.6	0.172	53	4.1	0.145	1227	NEUTRON DIFFRACTION	0.024	1433	1280	89.3
4.6-36.58	0.155	46	3.5	0.187	1269	NEUTRON DIFFRACTION	0.023	1506	1315	87.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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