PDB-5e5j: Joint X-ray/neutron structure of HIV-1 protease triple mutant (V3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e5j

タイトル

Joint X-ray/neutron structure of HIV-1 protease triple mutant (V32I,I47V,V82I) with darunavir at pH 6.0

要素

Protease

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / protease HIV-1 drug resistant mutant inhibitor complex / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kovalevsky, A.Y. / Gerlits, O.O.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
著者: Gerlits, O. / Wymore, T. / Das, A. / Shen, C.H. / Parks, J.M. / Smith, J.C. / Weiss, K.L. / Keen, D.A. / Blakeley, M.P. / Louis, J.M. / Langan, P. / Weber, I.T. / Kovalevsky, A.

履歴

登録	2015年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e5j.cif.gz	115 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e5j.ent.gz	92.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5e5j_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e5j_full_validation.pdf.gz	479.9 KB	表示
XML形式データ	5e5j_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	5e5j_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5e5kC 4jecS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lzq-d 6opz-d 2hb3-d 6oxz-d 5tys-d 1b6p-d 4mc6-d 1met-d 1npv-d 4djp-d 1bv7-d 2f81-d 1fg6-d 4njt-1 5hvp-d 3ggu-d 2fxe-d 1g2k-d 2qci-d 3saa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.724, 87.257, 46.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10754.703 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, V32I, L33I, I47V, L63I, C67A, V82I, C95A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SSI0
#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験

手法
X線回折
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NaCl, MES / PH範囲: 6

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	293	1
2	293	1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.54
NUCLEAR REACTOR	LADI/ILL	2	2.80 - 4.0

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2014年8月20日	OSMIC VARIMAX
MAATEL IMAGINE	2	IMAGE PLATE	2014年10月13日	COLLIMATORS

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54	1
2	2.8	1
3	4	1

反射

Entry-ID: 5E5J

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.85-40	21102	98.2	3.9	0.048	1	26.5
2-27.61	13170	83.5	5.9	0.147	2	5.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	% possible all	Diffraction-ID
1.85-1.92	3.9	0.478	2.8	96.3
2-2.11	5.2	0.267	3.2	70.1	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
nCNS	1.0.0	精密化
LAUEGEN		データ削減
LSCALE		データスケーリング

精密化

B_iso max: 88.94 Å² / B_iso mean: 27.3 Å² / B_iso min: 8.34 Å² / % reflection R_free: 5 % / R Free selection details: RANDOM / Diffraction-ID: 1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 4JEC

4jec

/ 立体化学のターゲット値: Joint X-ray/neutron ML / 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used

解像度 (Å)	Refine-ID	R_factor R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)	B_sol (Å²)	k_sol (e/Å³)
1.85-20	X-RAY DIFFRACTION	0.201	0.194	926	17456	21426	18339	87.9	43.1172	0.295004
2-40	NEUTRON DIFFRACTION	0.245	0.217	564	11729	16128	11729	68.8	37.0323	0.521646

Refine analyze

Refine-ID

#notag 0

X-RAY DIFFRACTION

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.23	0.2
Luzzati d res low	-	5
Luzzati sigma a	0.17	0.15

NEUTRON DIFFRACTION

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.29	0.25
Luzzati d res low	-	5
Luzzati sigma a	0.48	0.43

Refine funct minimized

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	Joint X-ray/neutron ML
NEUTRON DIFFRACTION	Joint X-ray/neutron ML

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1514	0	38	116	1668

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_deg	16.4
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_impr_deg	0.85
NEUTRON DIFFRACTION	c_bond_d	0.008
NEUTRON DIFFRACTION	c_angle_deg	1
NEUTRON DIFFRACTION	c_torsion_deg	16.4
NEUTRON DIFFRACTION	c_torsion_impr_deg	0.85

LS精密化シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.85-1.93	0.257	64	5	0.222	1425	X-RAY DIFFRACTION	0.032	2642	1425	53.9
1.93-2.04	0.198	90	4.6	0.211	1877	X-RAY DIFFRACTION	0.021	2632	1967	74.7
2.04-2.16	0.226	106	4.7	0.211	2127	X-RAY DIFFRACTION	0.022	2646	2233	84.4
2.16-2.33	0.242	134	5.7	0.214	2225	X-RAY DIFFRACTION	0.021	2638	2359	89.4
2.33-2.57	0.279	114	4.7	0.215	2302	X-RAY DIFFRACTION	0.026	2668	2416	90.6
2.57-2.94	0.226	110	4.3	0.214	2427	X-RAY DIFFRACTION	0.022	2684	2537	94.5
2.94-3.7	0.178	123	4.7	0.19	2508	X-RAY DIFFRACTION	0.016	2701	2631	97.4
3.7-36.71	0.172	157	5.6	0.169	2629	X-RAY DIFFRACTION	0.014	2846	2786	97.9
2-2.13	0.389	54	5	0.359	988	NEUTRON DIFFRACTION	0.053	1987	988	49.7
2.13-2.24	0.308	60	5.4	0.311	1057	NEUTRON DIFFRACTION	0.04	1974	1117	56.6
2.24-2.38	0.336	60	4.8	0.276	1194	NEUTRON DIFFRACTION	0.043	1978	1254	63.4
2.38-2.57	0.287	58	4.4	0.246	1270	NEUTRON DIFFRACTION	0.038	1999	1328	66.4
2.57-2.83	0.28	72	4.8	0.219	1435	NEUTRON DIFFRACTION	0.033	1998	1507	75.4
2.83-3.23	0.221	72	4.3	0.192	1593	NEUTRON DIFFRACTION	0.026	2009	1665	82.9
3.23-4.07	0.207	95	5.1	0.167	1766	NEUTRON DIFFRACTION	0.021	2038	1861	91.3
4.07-28.25	0.18	114	5.7	0.175	1895	NEUTRON DIFFRACTION	0.017	2160	2009	93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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