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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e5g | |||||||||
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タイトル | 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase with D-tryptophan bound in the tryptophan and phenylalanine binding sites | |||||||||
![]() | 3-deoxy-D-arabinoheptulosonate-7-phosphate synthase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / allosteric regulation / 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase / shikimate pathway | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / protein homooligomerization / manganese ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Reichau, S. / Jiao, W. / Parker, E.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Probing the Sophisticated Synergistic Allosteric Regulation of Aromatic Amino Acid Biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis Using -Amino Acids. 著者: Reichau, S. / Blackmore, N.J. / Jiao, W. / Parker, E.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 369.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 300.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50828.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: aroG_1, ERS024751_03564, ERS094182_00944, ERS124362_02783 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0E8NFD1, UniProt: O53512*PLUS, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DTR / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.02 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M TRIS-HCL, PH 7.5, 1.5M AMMONIUM SULFATE, 12% V/V GLYCEROL. CRYSTALS WERE SOAKED IN THE SAME SOLUTION WITH AN ADDITIONAL 10% V/V GLYCEROL AND 10 MM D-TRYPTOPHAN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月14日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→47.25 Å / Num. obs: 116470 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 1300419 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3NV8 解像度: 1.95→47.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.174 / WRfactor Rwork: 0.1645 / FOM work R set: 0.9079 / SU B: 3.219 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0247 / SU Rfree: 0.0224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.6 Å2 / Biso mean: 31.686 Å2 / Biso min: 14.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→47.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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