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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5e5d | |||||||||
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タイトル | Native structure of Xoo1075, a peptide deformylase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae | |||||||||
![]() | Peptide deformylase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / peptide deformylase / metal binding protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ngo, H.P.T. / Kang, L.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Native structure of Xoo1075, a peptide deformylase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae 著者: Ngo, H.P.T. / Kang, L.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1sv2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23830.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KACC10331 / 遺伝子: def, XOO1075 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05M Cadmium sulfate, 0.1M HEPES, 2.0M Sodium acetate trihydrate, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 9011 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.6 % / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 97.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1sv2 解像度: 2.6→30.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.047 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.368 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.562 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→30.4 Å
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拘束条件 |
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