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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5.0E+57 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium smegmatis AmtR | ||||||
要素 | Transcription regulator AmtR | ||||||
キーワード | TRANSLATION / HTH DNA binding motif / ligand binding domain / TetR / nitrogen regulation | ||||||
機能・相同性 | : / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / ACETATE ION / Transcription regulator AmtR 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Vickers, C.J. / McKenzie, J.L. / Arcus, V.L. | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016 タイトル: Structure and Function of AmtR in Mycobacterium smegmatis: Implications for Post-Transcriptional Regulation of Urea Metabolism through a Small Antisense RNA. 著者: Petridis, M. / Vickers, C. / Robson, J. / McKenzie, J.L. / Bereza, M. / Sharrock, A. / Aung, H.L. / Arcus, V.L. / Cook, G.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5e57.cif.gz | 128.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5e57.ent.gz | 98.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5e57.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5e57_validation.pdf.gz | 461.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5e57_full_validation.pdf.gz | 470.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5e57_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5e57_validation.cif.gz | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/5e57 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23606.516 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 14-225 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_4300, MSMEI_4199 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R089 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Na acetate, Na formate, / PH範囲: 5.0-7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.98→37.25 Å / Num. obs: 50329 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 336413 / Scaling rejects: 456 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→37.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2413 / WRfactor Rwork: 0.1977 / FOM work R set: 0.7973 / SU B: 4.715 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.1684 / SU Rfree: 0.1579 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.83 Å2 / Biso mean: 29.119 Å2 / Biso min: 14.94 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→37.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.981→2.032 Å / Total num. of bins used: 20
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