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万見
- PDB-5e57: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis AmtR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+57
タイトルCrystal structure of Mycobacterium smegmatis AmtR
要素Transcription regulator AmtR
キーワードTRANSLATION / HTH DNA binding motif / ligand binding domain / TetR / nitrogen regulation
機能・相同性: / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / ACETATE ION / Transcription regulator AmtR
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Vickers, C.J. / McKenzie, J.L. / Arcus, V.L.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
University of Waikato ニュージーランド
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and Function of AmtR in Mycobacterium smegmatis: Implications for Post-Transcriptional Regulation of Urea Metabolism through a Small Antisense RNA.
著者: Petridis, M. / Vickers, C. / Robson, J. / McKenzie, J.L. / Bereza, M. / Sharrock, A. / Aung, H.L. / Arcus, V.L. / Cook, G.M.
履歴
登録2015年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月26日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription regulator AmtR
B: Transcription regulator AmtR
C: Transcription regulator AmtR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9976
ポリマ－70,8203
非ポリマー1773
水2,738152
1
A: Transcription regulator AmtR
ヘテロ分子

C: Transcription regulator AmtR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3314
ポリマ－47,2132
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_456-x-1/2,y+1/2,-z+11
Buried area3060 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
2
B: Transcription regulator AmtR
ヘテロ分子

B: Transcription regulator AmtR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3314
ポリマ－47,2132
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3150 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.850, 105.790, 39.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcription regulator AmtR / Transcriptional regulator / TetR family


分子量: 23606.516 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 14-225 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_4300, MSMEI_4199 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0R089
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Na acetate, Na formate, / PH範囲: 5.0-7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→37.25 Å / Num. obs: 50329 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 336413 / Scaling rejects: 456
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.98-2.035.70.6942.11839232410.7690.30490.5
9.08-37.256.30.05722.134875510.9970.02496.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.25 Å
Translation2.5 Å37.25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→37.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / WRfactor Rfree: 0.2413 / WRfactor Rwork: 0.1977 / FOM work R set: 0.7973 / SU B: 4.715 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.1684 / SU Rfree: 0.1579 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2475 2290 4.6 %RANDOM
Rwork0.2053 ---
obs0.2072 48033 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.83 Å2 / Biso mean: 29.119 Å2 / Biso min: 14.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→37.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4566 0 12 152 4730
Biso mean--34.38 28.13 -
残基数----617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.9776407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.951310035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.435621
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.66822.412199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.88815654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9161547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6062.9032478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5632.92474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5854.3333090
LS精密化 シェル解像度: 1.981→2.032 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 166 -
Rwork0.288 3246 -
all-3412 -
obs--90.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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