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- PDB-5e4x: Crystal structure of cpSRP43 chromodomain 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4x
タイトルCrystal structure of cpSRP43 chromodomain 3
要素Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Signal recognition particle / cpSRP43 / chromodomain 3 / chloroplast
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity ...protein import into chloroplast thylakoid membrane / protein heterotrimerization / response to high light intensity / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / chloroplast envelope / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / disordered domain specific binding / protein-macromolecule adaptor activity / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle 43kDa protein / : / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) ...Signal recognition particle 43kDa protein / : / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Horn, A. / Ahmed, Y.L. / Wild, K. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for cpSRP43 chromodomain selectivity and dynamics in Alb3 insertase interaction.
著者: Horn, A. / Hennig, J. / Ahmed, Y.L. / Stier, G. / Wild, K. / Sattler, M. / Sinning, I.
履歴
登録2015年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7062
ポリマ－5,6811
非ポリマー241
水28816
1
A: Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,64416
ポリマ－45,4508
非ポリマー1948
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
Buried area16000 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.860, 103.860, 103.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

MG

21A-203-

HOH

31A-204-

HOH

41A-205-

HOH

51A-212-

HOH

61A-214-

HOH

71A-216-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Signal recognition particle 43 kDa protein, chloroplastic / Chromo protein SRP43 / CpSRP43


分子量: 5681.255 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 319-368 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CAO, CPSRP43, At2g47450, T30B22.25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O22265
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.06 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→42.4 Å / Num. obs: 2708 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 48.8 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 2.462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2n88

2n88


解像度: 2.75→42.4 Å / FOM work R set: 0.7103 / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.81 / 位相誤差: 33.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2795 246 5.2 %
Rwork0.2466 4488 -
obs0.2484 2703 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 215.11 Å2 / Biso mean: 109.61 Å2 / Biso min: 53.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→42.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数399 0 1 16 416
Biso mean--70.38 90.34 -
残基数----50
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.779553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02863
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.417145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7504-3.46490.38831150.28662248X-RAY DIFFRACTION100
3.4649-42.40.25611310.23522240X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2278-2.7366-2.39332.1247-0.25054.84940.74070.244-1.7305-0.9658-0.3007-1.35030.26790.3121-0.43910.81250.0915-0.29430.5851-0.0371.333811.859215.313743.8013
24.7166-2.751-3.58017.37572.38237.7723-0.42841.8229-0.777-0.6029-0.43761.5284-0.0902-0.7480.87520.6367-0.1362-0.34091.07420.03331.433713.2417-10.343139.6986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 50 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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