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万見
- PDB-5e4l: Structure of ligand binding region of uPARAP at pH 5.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4l
タイトルStructure of ligand binding region of uPARAP at pH 5.3
要素C-type mannose receptor 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / endocytic collagen receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / collagen catabolic process / collagen binding / osteoblast differentiation / endocytosis / signaling receptor activity / carbohydrate binding / focal adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil ...CD209-like, C-type lectin-like domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Kringle-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type mannose receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Yuan, C. / Huang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Natural Science Foundation Of China31570745 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structures of uPARAP, a member of mannose receptor family
著者: Yuan, C. / Huang, M.
履歴
登録2015年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type mannose receptor 2
B: C-type mannose receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,44710
ポリマ－111,7642
非ポリマー6838
水3,639202
1
A: C-type mannose receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2235
ポリマ－55,8821
非ポリマー3414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21650 Å2
手法PISA
2
B: C-type mannose receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2235
ポリマ－55,8821
非ポリマー3414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area20830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.270, 102.700, 87.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 C-type mannose receptor 2 / uPARAP


分子量: 55881.840 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding region, UNP residues 31-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MRC2, CLEC13E, ENDO180, KIAA0709, UPARAP / プラスミド: PMT/BIP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 Cells / 参照: UniProt: Q9UBG0
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 8-12% (w/v) PEG 3350, 200 mM NaCl, 35 mM CaCl2, 50 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→54.43 Å / Num. obs: 48904 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
xia2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QO6, 1TDQ

1qo6

1tdq


解像度: 2.44→54.43 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 2441 4.99 %
Rwork0.2173 --
obs0.2194 48899 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→54.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6511 0 34 202 6747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086741
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.029176
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7593943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059938
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071191
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.48980.31061480.2732720X-RAY DIFFRACTION100
2.4898-2.5440.29741450.25022720X-RAY DIFFRACTION100
2.544-2.60310.30481360.25322702X-RAY DIFFRACTION100
2.6031-2.66820.25771620.25562716X-RAY DIFFRACTION100
2.6682-2.74040.35271390.23992732X-RAY DIFFRACTION100
2.7404-2.8210.28241280.24172733X-RAY DIFFRACTION100
2.821-2.9120.29371520.252716X-RAY DIFFRACTION100
2.912-3.01610.31631400.24582729X-RAY DIFFRACTION100
3.0161-3.13690.31581220.23762750X-RAY DIFFRACTION100
3.1369-3.27960.29031420.23572706X-RAY DIFFRACTION100
3.2796-3.45250.27831380.24492731X-RAY DIFFRACTION100
3.4525-3.66880.26031140.23052775X-RAY DIFFRACTION100
3.6688-3.9520.27021270.20662774X-RAY DIFFRACTION100
3.952-4.34950.27891480.18822711X-RAY DIFFRACTION100
4.3495-4.97850.18681680.1712728X-RAY DIFFRACTION100
4.9785-6.27090.20241700.19032738X-RAY DIFFRACTION100
6.2709-54.4440.24951620.21512777X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4922.2729-0.54073.6498-1.2382-0.3050.15980.01690.16760.3863-0.09130.1332-0.0297-0.0790.00020.3709-0.05570.03770.373-0.01190.3551217.3549-8.613890.5857
21.0047-0.2368-0.45012.3522-0.97232.4112-0.0732-0.2416-0.07461.4772-0.0007-0.2108-0.3080.53850.55690.9167-0.0294-0.14740.39690.02880.1509212.1871-41.1912121.6316
31.26632.52360.52383.01141.7408-0.59220.29320.0159-0.39720.58-0.1424-0.53460.08430.10520.0280.377-0.0875-0.10190.41090.03840.6034176.6507-86.599890.7086
41.26130.77840.11191.925-0.02331.54040.6967-0.6269-0.08271.363-0.64650.20290.1453-0.65590.51890.6243-0.28930.17410.6823-0.04340.3508185.6436-55.143112.3337
50.2667-0.15330.14330.30470.33960.4837-0.1381-0.23770.3519-0.03460.10920.5921-0.3589-0.873-0.96851.8521-0.31250.79891.6137-0.1760.8189176.3148-47.9601132.6161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 227 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 228 through 506 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 40 through 227 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 228 through 462 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 463 through 505 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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