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万見
- PDB-5e4g: Crystal structure of human growth differentiation factor 11 (GDF-11) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e4g
タイトルCrystal structure of human growth differentiation factor 11 (GDF-11)
要素Growth/differentiation factor 11
キーワードHORMONE / Bone morphogenetic protein 11 / BMP-11 / GDF 11 / growth factor
機能・相同性
機能・相同性情報


spinal cord anterior/posterior patterning / type B pancreatic cell maturation / negative regulation of amacrine cell differentiation / amacrine cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / metanephros development / ureteric bud development / roof of mouth development ...spinal cord anterior/posterior patterning / type B pancreatic cell maturation / negative regulation of amacrine cell differentiation / amacrine cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / metanephros development / ureteric bud development / roof of mouth development / mesoderm development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / skeletal system development / cytokine activity / growth factor activity / nervous system development / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Padyana, A.K. / Vaidialingam, B. / Hayes, D.B. / Gupta, P. / Franti, M. / Farrow, N.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of human GDF11.
著者: Padyana, A.K. / Vaidialingam, B. / Hayes, D.B. / Gupta, P. / Franti, M. / Farrow, N.A.
履歴
登録2015年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8603
ポリマ－12,4711
非ポリマー3882
水2,558142
1
A: Growth/differentiation factor 11
ヘテロ分子

A: Growth/differentiation factor 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7206
ポリマ－24,9432
非ポリマー7774
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.270, 32.270, 210.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

HOH

21A-389-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 11 / GDF-11 / Bone morphogenetic protein 11 / BMP-11


分子量: 12471.309 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 299-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF11, BMP11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95390
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.18 M magnesium acetate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 22.5% PEG3350, 0.01 M strontium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月6日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→22.82 Å / Num. obs: 17599 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.11 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 56267 / Scaling rejects: 1548
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2Rejects% possible all
1.5-1.553.010.561.9527517011.3915791.8
1.55-1.623.240.4862.4575517221.417492.1
1.62-1.693.190.3812.9571817351.2819293.7
1.69-1.783.090.3173.5545017221.3212693.3
1.78-1.893.030.2155.1540717201.2519691.2
1.89-2.043.160.156.9580417781.118295.2
2.04-2.243.090.1069.5568218010.9912595.5
2.24-2.563.080.08211.6572118180.9211593.9
2.56-3.233.10.05617.3577918390.858793.4
3.23-22.823.110.03431.7567617630.919483.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 1.5→22.818 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 880 5.01 %RANDOM
Rwork0.188 16683 --
obs0.189 17563 92.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.26 Å2 / Biso mean: 28.5419 Å2 / Biso min: 14.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→22.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数859 0 26 142 1027
Biso mean--46.73 38.56 -
残基数----108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006961
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0581293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.487367
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4998-1.59370.29681410.27792678281991
1.5937-1.71670.26781440.24652738288293
1.7167-1.88940.241440.2422725286992
1.8894-2.16270.24141500.20142845299595
2.1627-2.7240.22671510.19592864301594
2.724-22.82080.1671500.15542833298387
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.66830.3998-1.16514.09242.49774.3231-0.0871-0.07220.28180.09640.02570.1562-0.0531-0.15710.0740.1597-0.0088-0.00880.2267-0.00830.201-12.546210.31260.1914
20.97980.10821.19470.80580.05462.3442-0.0653-0.083-0.04320.08510.02680.0342-0.0754-0.24830.05660.17210.0090.00880.1846-0.00860.1711-2.821610.304117.2877
34.2064-2.2203-2.11941.8083-0.76257.07630.14960.51720.2497-0.1666-0.09550.21210.3081-0.6204-0.02110.194-0.01660.00190.2418-0.02450.2041-2.57475.417-8.9335
41.7741-1.0187-1.05990.89821.72475.1103-0.04130.1065-0.26180.1514-0.05250.21770.4909-0.26910.06090.1995-0.02470.00110.19260.00170.21861.6731-0.0841-8.5855
51.31220.7452.52740.89531.75256.3240.0150.0981-0.03260.10680.0863-0.1006-0.0240.2953-0.08820.1861-0.0093-0.00410.1783-0.01540.19198.395112.974617.0806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 15 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 44 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 55 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 78 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 79 through 109 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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