PDB-5e3j: The response regulator RstA is a potential drug target for Acinet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5e3j

タイトル

The response regulator RstA is a potential drug target for Acinetobacter baumannii

要素

Response regulator RstA

キーワード

TRANSCRIPTION / response regulator / Acinetobacter baumannii / essential gene / antibiotic target

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Russo, T.A. / Manohar, A. / Beanan, J.M. / Olson, R. / MacDonald, U. / Graham, J. / Umland, T.C.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
Telemedicine and Advance Technical Research Center	W23RYX1055N607	米国
Interdisciplinary Grant from the University at Buffalo		米国
Veterans Administration		米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-76SF00515	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM103393	米国

引用

ジャーナル: Msphere / 年: 2016
タイトル: The Response Regulator BfmR Is a Potential Drug Target for Acinetobacter baumannii.
著者: Russo, T.A. / Manohar, A. / Beanan, J.M. / Olson, R. / MacDonald, U. / Graham, J. / Umland, T.C.

履歴

登録	2015年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5e3j.cif.gz	114.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5e3j.ent.gz	88.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5e3j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5e3j_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5e3j_full_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示
XML形式データ	5e3j_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	5e3j_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/5e3j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/5e3j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1mvoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hm6-d 6vbf-d 6br7-d 6is1-2 6is1-3 6n3l-1 3mpo-1 2ooj-d 1ezm-d 6is3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Response regulator RstA

B: Response regulator RstA

30.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.015, 52.015, 197.861
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Response regulator RstA 分子量: 15028.366 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: clinical isolate, Buffalo, NY, USA 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 株: AB307-0294 / 遺伝子: ABBFA_002866 / プラスミド: pET15b-TEV 詳細 (発現宿主): modified pET15b plasmid, with a TEV protease cleavage site substituted for the standard thrombin cleavage site 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0C9D6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Response regulator RstA

分子量: 15028.366 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-130 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: clinical isolate, Buffalo, NY, USA
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AB307-0294 / 遺伝子: ABBFA_002866 / プラスミド: pET15b-TEV
詳細 (発現宿主): modified pET15b plasmid, with a TEV protease cleavage site substituted for the standard thrombin cleavage site
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0C9D6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.15 % / 解説: rod with hexagonal cross-section
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: crystallization drop contained 2 ul of purified RstA1-130 (in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, and 1 mM DTT) at 11.25 mg/ml plus 2 ul of reservoir solution against 1 ml of reservoir; ...詳細: crystallization drop contained 2 ul of purified RstA1-130 (in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, and 1 mM DTT) at 11.25 mg/ml plus 2 ul of reservoir solution against 1 ml of reservoir; crystallization cocktail: 20%(v/v) PEG 400, 20%(v/v/) glycerol, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, and 150 mM NaCl

結晶

マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.15 % / 解説: rod with hexagonal cross-section

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: crystallization drop contained 2 ul of purified RstA1-130 (in 20 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, and 1 mM DTT) at 11.25 mg/ml plus 2 ul of reservoir solution against 1 ml of reservoir; ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日

放射

モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 17580 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 10.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 20.5 / Num. measured all: 189638

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.1-2.18	6.5	0.401	4.4	1668	1.063	94.3
2.18-2.26	9.3	0.346		1774	1.028	99.6
2.26-2.37	10.7	0.295		1763	1.06	99.9
2.37-2.49	11.3	0.244		1749	1.045	100
2.49-2.65	11.6	0.203		1748	1.042	100
2.65-2.85	11.6	0.156		1756	1.021	100
2.85-3.14	11.7	0.1		1771	0.993	100
3.14-3.59	11.7	0.066		1772	0.962	100
3.59-4.52	11.7	0.048		1771	0.794	100
4.52-50	11.5	0.036		1808	0.861	99.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	29.73 Å
Translation	4 Å	29.73 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1682	精密化
Blu-Ice		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP	6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1MVO

1mvo

解像度: 2.1→29.73 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1947	1229	7.02 %	Random Selection
R_work	0.1633	-	-	-
obs	0.1656	17510	99.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1908	0	0	181	2089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1954
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	2649
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.39	789
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	317
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	347

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.184	0.2551	132	0.2139	1737	X-RAY DIFFRACTION	95
2.184-2.2834	0.2072	137	0.1835	1782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2834-2.4037	0.1868	141	0.1608	1826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4037-2.5542	0.2389	134	0.1675	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5542-2.7513	0.226	139	0.177	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7513-3.028	0.1915	136	0.1698	1816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.028-3.4655	0.2236	140	0.1668	1831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4655-4.364	0.1528	134	0.1444	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
4.364-29.7328	0.1754	136	0.1525	1833	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2988	-0.0897	-0.0052	0.1539	0.0032	0.2204	0.1794	0.1904	0.1148	0.146	-0.0701	-0.1765	-0.0887	-0.0777	-0.0115	0.3227	0.0658	-0.0231	0.1548	0.0115	0.181	52.7113	-14.6348	1.1891
2	0.0597	0.0658	0.0611	0.0655	-0.0166	0.101	0.0323	0.0285	0.0484	0.1045	0.0331	-0.0996	0.1855	0.2499	0.1757	0.3712	0.1199	-0.0716	0.2107	-0.0058	0.2303	60.2772	-12.4186	6.0501
3	0.8506	-0.0825	0.1418	0.1071	0.0357	0.0735	0.0727	0.6169	-0.4498	0.5012	0.1562	-0.1499	0.1855	-0.0496	0.1051	0.4578	0.1395	-0.0422	0.065	0.0796	0.2089	54.4824	-16.9829	0.4104
4	0.2331	0.1974	0.0163	0.3381	-0.0566	0.4559	0.0928	0.0573	-0.1719	0.2202	-0.1495	0.1155	0.2038	0.0834	-0.0121	0.3015	0.0602	-0.0105	0.1638	-0.018	0.2251	48.8768	-17.6851	-6.1535
5	0.0624	-0.0672	-0.0174	0.079	0.0512	0.0911	0.2679	0.2543	0.2638	0.1713	0.2084	-0.3498	-0.0469	0.1822	0.0606	0.2086	0.0973	0.0061	0.2929	-0.0063	0.2777	57.386	-9.8185	-12.8909
6	0.1887	-0.0123	0.1907	0.0429	0.0942	0.6302	0.1395	0.2417	0.2979	-0.1427	-0.2083	0.1403	0.02	-0.3698	-0.0166	0.2164	0.078	-0.0272	0.2585	-0.0592	0.2133	45.1881	-12.1304	-14.0463
7	0.1261	-0.0234	0.134	0.2916	-0.138	0.3882	-0.1504	0.137	0.1671	-0.4143	-0.0465	0.0765	-0.3789	-0.0851	-0.0655	0.2644	0.069	-0.0199	0.212	-0.0089	0.1956	50.1033	-5.4932	-6.7072
8	0.0375	-0.0324	-0.0287	0.0241	0.0069	0.035	0.2218	0.5964	-0.1746	-0.0599	-0.0379	-0.1597	-0.3021	-0.3237	0	0.259	0.0974	0.0234	0.2215	0.0021	0.1547	48.9701	1.74	-13.2237
9	0.0687	-0.0439	-0.0033	0.1122	-0.1154	0.1876	0.1416	0.1923	0.1501	0.0499	-0.1545	-0.096	-0.2216	0.2367	0.0125	0.2317	0.0289	-0.0505	0.2399	-0.0078	0.2163	53.5024	-1.2203	-2.7476
10	0.0564	0.0323	0.015	0.1538	0.0314	0.0451	0.0894	-0.1235	-0.0771	0.3435	-0.1411	-0.1177	0.148	-0.0101	-0.0097	0.2038	0.0486	0.0096	0.1248	0.0038	0.1172	46.6334	-3.7043	6.2837
11	2.99	1.352	-0.0349	7.6161	1.9963	4.2366	0.0235	0.1911	0.3346	0.1974	-0.2288	0.1785	-0.0833	-0.2578	0.2179	0.252	0.1557	-0.0245	0.2454	0.0481	0.1577	35.2373	15.2727	-2.8806
12	3.4282	-0.3148	1.7739	4.8643	2.274	4.6234	0.0259	-0.0209	0.1371	-0.6172	-0.1324	-0.3013	-0.3892	0.1463	0.1343	0.3887	0.1781	0.0144	0.2563	0.0483	0.2275	39.8561	20.2874	-8.847
13	2.5183	-1.0768	-0.6972	4.334	-0.3881	1.5144	-0.0446	-0.036	0.1698	0.2931	0.0351	0.2218	-0.5196	-0.4788	0.0385	0.2867	0.1332	-0.01	0.2438	0.0106	0.1899	32.3871	15.3197	3.0505
14	6.6681	-1.0877	-5.2723	6.9424	2.5653	7.7283	-0.5185	-0.8045	0.1557	1.136	0.464	-0.7882	0.3475	0.7056	0.0482	0.5025	0.1505	-0.0926	0.2563	-0.0425	0.2835	43.0972	18.1545	10.0423
15	7.8913	1.4718	1.2207	7.3425	-2.333	4.8912	-0.2049	-0.8132	-0.4986	0.6968	0.257	0.1422	-0.1798	-0.4456	-0.1024	0.3026	0.1267	0.0126	0.2077	0.0326	0.2052	34.7326	7.6986	10.6114
16	9.0394	2.903	-3.1772	2.2989	-2.8008	3.7039	-0.0255	-0.6044	0.3266	0.2226	-0.4272	-0.457	-0.1294	0.7615	0.4512	0.3503	0.0759	-0.049	0.2701	-0.0232	0.31	47.3984	10.9198	4.4925
17	4.8142	4.2414	-4.9866	3.944	-3.9597	6.7069	0.1454	-0.656	-0.1577	0.3337	-0.3166	-0.6751	-0.1409	0.2814	0.1648	0.2446	0.025	-0.0237	0.2019	0.0088	0.2629	49.3554	5.004	10.5452
18	8.4037	3.3337	-1.1387	2.599	-2.9407	5.7184	-0.3145	0.6438	0.0277	-0.3176	0.1448	-0.1296	0.0539	0.2881	0.1411	0.3223	0.0454	-0.0012	0.201	0.0069	0.2127	47.5976	9.6109	-0.1247
19	2.1185	3.1503	-0.152	7.2189	-0.0385	4.4422	0.0346	0.4917	-0.1668	-0.1171	0.0336	-0.0695	0.1092	-0.2619	-0.037	0.2837	0.1624	-0.0511	0.2758	-0.0377	0.231	40.9826	4.3314	-7.5756

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 30 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 39 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 40 through 57 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 58 through 65 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 66 through 76 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 77 through 89 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 90 through 99 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 100 through 110 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 111 through 125 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 6 through 16 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 17 through 30 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 31 through 57 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 58 through 65 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 66 through 79 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 80 through 89 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 90 through 99 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 100 through 110 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 111 through 125 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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