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- PDB-5e3b: Structure of macrodomain protein from Streptomyces coelicolor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e3b
タイトルStructure of macrodomain protein from Streptomyces coelicolor
要素Macrodomain protein
キーワードHYDROLASE / Macrodomain protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamate ADP-deribosylation
類似検索 - 分子機能
Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lalic, J. / Posavec Marjanovic, M. / Perina, D. / Sabljic, I. / Zaja, R. / Plese, B. / Imesek, M. / Bucca, G. / Ahel, M. / Cetkovic, H. ...Lalic, J. / Posavec Marjanovic, M. / Perina, D. / Sabljic, I. / Zaja, R. / Plese, B. / Imesek, M. / Bucca, G. / Ahel, M. / Cetkovic, H. / Luic, M. / Mikoc, A. / Ahel, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Disruption of Macrodomain Protein SCO6735 Increases Antibiotic Production in Streptomyces coelicolor.
著者: Lalic, J. / Posavec Marjanovic, M. / Palazzo, L. / Perina, D. / Sabljic, I. / Zaja, R. / Colby, T. / Plese, B. / Halasz, M. / Jankevicius, G. / Bucca, G. / Ahel, M. / Matic, I. / Cetkovic, H. ...著者: Lalic, J. / Posavec Marjanovic, M. / Palazzo, L. / Perina, D. / Sabljic, I. / Zaja, R. / Colby, T. / Plese, B. / Halasz, M. / Jankevicius, G. / Bucca, G. / Ahel, M. / Matic, I. / Cetkovic, H. / Luic, M. / Mikoc, A. / Ahel, I.
履歴
登録2015年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrodomain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6734
ポリマ－19,5651
非ポリマー1083
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.819, 103.819, 33.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1252-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Macrodomain protein


分子量: 19565.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア)
株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO6735 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X7P1
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.29 M sodium chloride, 1.0 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.43 Å / Num. obs: 24097 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 206585
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.6-1.638.11.181.8861110570.670.43389.5
8.77-46.437.10.0692514342010.9960.02799.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.547
最高解像度最低解像度
Rotation36.71 Å1.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.12データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0124精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FG1

2fg1


解像度: 1.6→46.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2117 / WRfactor Rwork: 0.1754 / FOM work R set: 0.8435 / SU B: 1.766 / SU ML: 0.061 / SU R Cruickshank DPI: 0.0834 / SU Rfree: 0.0885 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 1196 5 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1861 22860 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.74 Å2 / Biso mean: 19.9 Å2 / Biso min: 9.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→46.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1128 0 6 161 1295
Biso mean--22.53 31.52 -
残基数----148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0191205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021139
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2521.9251646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17532594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0815159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.12521.27355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.68415176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2521515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4061.803609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4051.801608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2892.689762
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 59 -
Rwork0.263 1539 -
all-1598 -
obs--89.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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