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- PDB-5e2f: Crystal Structure of Beta-lactamase class D from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e2f
タイトルCrystal Structure of Beta-lactamase class D from Bacillus subtilis
要素Beta-lactamase YbxI
キーワードHYDROLASE / beta lactamase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable beta-lactamase YbxI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Beta-lactamase class D from Bacillus subtilis
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase YbxI
B: Beta-lactamase YbxI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0578
ポリマ－62,7512
非ポリマー3066
水9,368520
1
A: Beta-lactamase YbxI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5805
ポリマ－31,3751
非ポリマー2044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase YbxI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4773
ポリマ－31,3751
非ポリマー1022
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.699, 68.856, 153.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase YbxI


分子量: 31375.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: acylated lysine
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: ybxI, ybdS, BSU02090 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold / 参照: UniProt: P54427, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Calcium Chloride, 0.1 M Tris:HCl pH 8.5, 20% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97927 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→28.112 Å / Num. obs: 123708 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 20.22
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10pre-2104精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→28.112 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.08 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1521 5731 4.87 %Random selection
Rwork0.125 ---
obs0.1263 117679 93.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→28.112 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3880 0 15 520 4415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0815813
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6461630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3002-1.31490.2526710.19481374X-RAY DIFFRACTION35
1.3149-1.33040.19811100.17992170X-RAY DIFFRACTION55
1.3304-1.34660.19321380.17182884X-RAY DIFFRACTION73
1.3466-1.36370.2361850.16843346X-RAY DIFFRACTION85
1.3637-1.38160.19692160.15683710X-RAY DIFFRACTION95
1.3816-1.40060.19761950.15993883X-RAY DIFFRACTION97
1.4006-1.42060.21321870.14243806X-RAY DIFFRACTION98
1.4206-1.44180.18681960.12583943X-RAY DIFFRACTION99
1.4418-1.46430.15352070.11773893X-RAY DIFFRACTION99
1.4643-1.48830.14892040.11163898X-RAY DIFFRACTION99
1.4883-1.5140.14391830.10363905X-RAY DIFFRACTION99
1.514-1.54150.15512180.10113911X-RAY DIFFRACTION99
1.5415-1.57110.12981970.10113955X-RAY DIFFRACTION100
1.5711-1.60320.14841960.09713908X-RAY DIFFRACTION99
1.6032-1.63810.15162160.0973926X-RAY DIFFRACTION99
1.6381-1.67620.13592260.09393880X-RAY DIFFRACTION99
1.6762-1.71810.14191940.09613905X-RAY DIFFRACTION99
1.7181-1.76450.15072000.10373938X-RAY DIFFRACTION99
1.7645-1.81640.14522290.10233895X-RAY DIFFRACTION99
1.8164-1.8750.12861930.10383932X-RAY DIFFRACTION99
1.875-1.9420.15731880.10683948X-RAY DIFFRACTION99
1.942-2.01980.13262080.10713925X-RAY DIFFRACTION99
2.0198-2.11170.13031970.10813949X-RAY DIFFRACTION99
2.1117-2.2230.15211840.12113974X-RAY DIFFRACTION99
2.223-2.36220.15081850.123998X-RAY DIFFRACTION99
2.3622-2.54440.1552050.13573989X-RAY DIFFRACTION99
2.5444-2.80030.16481910.14294016X-RAY DIFFRACTION99
2.8003-3.2050.17181990.14373982X-RAY DIFFRACTION99
3.205-4.03610.14021960.13484040X-RAY DIFFRACTION98
4.0361-28.11880.14752170.13754065X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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