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万見
- PDB-5e2c: Crystal structure of N-terminal domain of cytoplasmic peptidase P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5e2c
タイトルCrystal structure of N-terminal domain of cytoplasmic peptidase PepQ from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Peptidase M24 ...: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Chang, C. / Endres, L. / Endres, M. / SACCHETTINI, J. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of N-terminal domain of cytoplasmic peptidase PepQ from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
著者: Chang, C. / Endres, L. / Endres, M. / SACCHETTINI, J. / JOACHIMIAK, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6492
ポリマ－27,6492
非ポリマー00
水7,782432
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.684, 60.202, 96.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase


分子量: 13824.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (結核菌)
株: ATCC 25177 / H37Ra / 遺伝子: pepQ, MRA_2563 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5U5N4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 MBis-Tris, 20% PEG MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 33012 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.83 / Net I/av σ(I): 27.058 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 212022
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.733.40.38914310.870.2330.4560.6586.7
1.73-1.763.70.3115070.9130.1770.3590.63891.1
1.76-1.7940.29915780.9080.1620.3420.6796.3
1.79-1.834.60.26816020.9370.1360.3020.69697.9
1.83-1.875.40.2316410.9720.1070.2540.72699.9
1.87-1.916.30.20416710.9720.0890.2230.929100
1.91-1.9670.17416370.9820.0710.1880.814100
1.96-2.027.30.13116640.990.0520.1410.749100
2.02-2.077.30.11216690.9920.0440.1210.759100
2.07-2.147.30.09316540.9920.0370.1010.741100
2.14-2.227.30.09116720.9940.0360.0980.815100
2.22-2.317.30.08516520.9930.0340.0910.996100
2.31-2.417.30.06216510.9960.0250.0670.735100
2.41-2.547.30.05816800.9960.0230.0620.739100
2.54-2.77.30.05116790.9960.020.0550.713100
2.7-2.917.20.04716840.9970.0190.050.709100
2.91-3.27.20.04516990.9960.0180.0480.78100
3.2-3.6670.0516970.9960.020.0541.147100
3.66-4.616.90.0517330.9950.0210.0541.22999.9
4.61-506.40.04518110.9920.0190.0491.00198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→30.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.633 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.091
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1863 1654 5.1 %RANDOM
Rwork0.138 ---
obs0.1404 31058 97.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73 Å2 / Biso mean: 17.123 Å2 / Biso min: 5.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å2-0 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→30.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1904 0 0 432 2336
Biso mean---32.14 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191989
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021955
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.9752691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71234457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7895272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.31522.88990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.24215328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8451525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02462
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.65833944
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.7745125
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.23854230
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 82 -
Rwork0.164 1772 -
all-1854 -
obs--75.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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