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- PDB-5e26: Crystal structure of human PANK2: the catalytic core domain in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+26
タイトルCrystal structure of human PANK2: the catalytic core domain in complex with pantothenate and adenosine diphosphate
要素Pantothenate kinase 2, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / PANK2 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate metabolic process / regulation of triglyceride metabolic process / Coenzyme A biosynthesis / regulation of bile acid metabolic process / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / regulation of fatty acid metabolic process / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / spermatid development ...pantothenate metabolic process / regulation of triglyceride metabolic process / Coenzyme A biosynthesis / regulation of bile acid metabolic process / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / regulation of fatty acid metabolic process / coenzyme A biosynthetic process / phosphorylation / spermatid development / regulation of mitochondrial membrane potential / aerobic respiration / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / angiogenesis / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #510 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PANTOTHENOIC ACID / Pantothenate kinase 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者DONG, A. / LOPPNAU, P. / RAVICHANDRAN, M. / CHENG, C. / TEMPEL, W. / SEITOVA, A. / HUTCHINSON, A. / HONG, B.S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...DONG, A. / LOPPNAU, P. / RAVICHANDRAN, M. / CHENG, C. / TEMPEL, W. / SEITOVA, A. / HUTCHINSON, A. / HONG, B.S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human PANK2: the catalytic core domain in complex with pantothenate and adenosine diphosphate
著者: LOPPNAU, P. / DONG, A. / RAVICHANDRAN, M. / CHENG, C. / TEMPEL, W. / SEITOVA, A. / HUTCHINSON, A. / HONG, B.S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / BROWN, P.J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase 2, mitochondrial
B: Pantothenate kinase 2, mitochondrial
C: Pantothenate kinase 2, mitochondrial
D: Pantothenate kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,93125
ポリマ－162,7714
非ポリマー3,16021
水4,810267
1
A: Pantothenate kinase 2, mitochondrial
B: Pantothenate kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,98313
ポリマ－81,3852
非ポリマー1,59811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area28550 Å2
手法PISA
2
C: Pantothenate kinase 2, mitochondrial
D: Pantothenate kinase 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,94812
ポリマ－81,3852
非ポリマー1,56210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area27480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.874, 109.717, 142.571
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Pantothenate kinase 2, mitochondrial / hPanK2 / Pantothenic acid kinase 2


分子量: 40692.688 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 205-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PANK2, C20orf48 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): sp9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): BVES / 参照: UniProt: Q9BZ23, pantothenate kinase

-
非ポリマー , 6種, 288分子

#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-PAU / PANTOTHENOIC ACID / N-[(2R)-2,4-DIHYDROXY-3,3-DIMETHYLBUTANOYL]-BETA-ALANINE / パントテン酸


タイプ: peptide-like / 分子量: 219.235 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO5
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2.4M Na Malonate pH 6.5, 0.1M TCEP HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 96028 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 1.477 / Net I/av σ(I): 18.435 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 779699
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.14-2.188.10.9447210.7910.3510.622100
2.18-2.228.20.82747640.7870.3060.6331000.882
2.22-2.268.30.75647370.8150.2790.6521000.806
2.26-2.318.30.64847310.8620.2390.6781000.691
2.31-2.368.30.56947650.8810.210.6881000.607
2.36-2.418.30.50947770.8970.1880.7141000.543
2.41-2.478.30.45147470.9180.1660.761000.481
2.47-2.548.30.39847560.9260.1470.7921000.425
2.54-2.618.30.33947790.9470.1250.8551000.362
2.61-2.78.30.29547570.9560.1090.9531000.315
2.7-2.798.30.25147570.9680.0931.0241000.267
2.79-2.98.30.21847940.9730.0811.1551000.233
2.9-3.048.20.18947760.9780.071.3441000.202
3.04-3.28.20.15848080.9830.0591.7531000.169
3.2-3.48.10.13548020.9850.0512.1131000.144
3.4-3.6680.12648360.9860.0482.7221000.135
3.66-4.037.90.11548250.990.0453.28799.90.123
4.03-4.617.70.10148690.9880.043.471000.109
4.61-5.817.60.09149250.9920.0362.9591000.098
5.81-1007.60.07851020.9960.032.72999.70.084

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.577
最高解像度最低解像度
Rotation48.99 Å2.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SMS

3sms


解像度: 2.14→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2331 / WRfactor Rwork: 0.1963 / FOM work R set: 0.829 / SU B: 5.682 / SU ML: 0.151 / SU R Cruickshank DPI: 0.2293 / SU Rfree: 0.1901 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2505 1462 1.5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.2146 93190 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.61 Å2 / Biso mean: 34.084 Å2 / Biso min: 19.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2--0.75 Å2-0 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11071 0 191 267 11529
Biso mean--28.94 32.57 -
残基数----1443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2821.98315692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.897324809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.82551463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27323.926489
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.019151886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9931559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.343.3785819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.343.3785820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1225.0597278
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.195 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 96 -
Rwork0.25 6840 -
all-6936 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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