PDB-5dzz: Structural characterization of intermediate filaments binding dom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dzz

タイトル

Structural characterization of intermediate filaments binding domain of desmoplakin

要素

Desmoplakin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / desmoplakin / PRD / intermediate filaments

機能・相同性

機能・相同性情報

bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / protein localization to cell-cell junction / ventricular compact myocardium morphogenesis / desmosome / intermediate filament organization / epithelial cell-cell adhesion / intermediate filament cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Choi, H.-J. / Weis, W.I.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structure of the Intermediate Filament-Binding Region of Desmoplakin.
著者: Kang, H. / Weiss, T.M. / Bang, I. / Weis, W.I. / Choi, H.J.

履歴

登録	2015年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / reflns_shell / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dzz.cif.gz	206.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dzz.ent.gz	163 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dzz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dzz_validation.pdf.gz	423.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dzz_full_validation.pdf.gz	426 KB	表示
XML形式データ	5dzz_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	5dzz_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/5dzz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lm7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4edp-d 2a3a-d 3chd-d 3chf-d 5eym-d 2a3c-d 1w9u-d 3che-d 2thi-d 2iuz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Desmoplakin

54.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.931, 64.466, 74.044
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Desmoplakin 分子量: 54555.172 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1960-2448 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DSP / プラスミド: pPROEX-HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15924
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 22% PEG MME 5000, magnesium acetate, MES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→74.044 Å / Num. obs: 18815 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 37.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/av σ(I): 6.913 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 54886

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.6-2.7	3	0.316	2.3	1020	691	0.316	2.4	93
2.77-2.87	3	0.276	2.4	3959	1339	0.276	4.4	98.1
2.87-2.98	3	0.205	3.3	3879	1293	0.205	6	98.6
2.98-3.1	3.1	0.177	3.9	3806	1247	0.177	6.9	98.9
3.1-3.24	3.2	0.145	4.8	3854	1210	0.145	9.1	99.2
3.24-3.39	3.2	0.117	5.9	3706	1159	0.117	10.8	99.1
3.39-3.58	3.2	0.099	6.9	3518	1096	0.099	12.7	99.4
3.58-3.79	3.2	0.081	8.3	3393	1046	0.081	14.9	99.1
3.79-4.06	3.2	0.068	9.6	3188	985	0.068	17.7	99.1
4.06-4.38	3.2	0.061	10.2	2969	920	0.061	19.3	98.7
4.38-4.8	3.2	0.056	10.9	2696	850	0.056	19.9	98.7
4.8-5.37	3.1	0.056	11.1	2430	785	0.056	18.7	98.9
5.37-6.2	3.1	0.061	10.6	2071	672	0.061	17.5	96.7
6.2-7.59	2.9	0.046	12.8	1603	552	0.046	20.4	94.7
7.59-10.73	3.1	0.04	14.6	1521	488	0.04	25.8	99.3
10.73-74.044	2.8	0.046	12.8	758	269	0.046	26.6	96.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.0.15	データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX	dev_1760	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALA		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LM7

1lm7

解像度: 2.6→48.62 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2638	1319	7.92 %
R_work	0.207	15327	-
obs	0.2115	16646	97.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 138.61 Å² / B_iso mean: 46.6793 Å² / B_iso min: 11.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→48.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3800	0	0	84	3884
B_iso mean	-	-	-	33.29	-
残基数	-	-	-	-	489

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3852
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.501	5195
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.02	603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	675
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.81	1492

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6002-2.7043	0.3114	134	0.2599	1608	1742	93
2.7043-2.8274	0.3796	146	0.277	1658	1804	97
2.8274-2.9764	0.3633	130	0.2649	1712	1842	98
2.9764-3.1629	0.3211	158	0.2651	1680	1838	99
3.1629-3.407	0.3028	123	0.2454	1727	1850	99
3.407-3.7498	0.2818	179	0.2156	1678	1857	99
3.7498-4.2921	0.2226	152	0.1709	1734	1886	99
4.2921-5.4064	0.224	128	0.1664	1768	1896	98
5.4064-48.6289	0.1996	169	0.1665	1762	1931	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8801	1.9483	0.772	9.3903	2.8225	2.3559	-0.1037	0.0923	-0.2535	-0.1034	0.2238	-0.2697	0.0679	0.082	-0.1346	0.2303	0.0603	-0.0203	0.2355	0.0173	0.1985	16.4415	-24.6209	12.699
2	2.9504	0.3667	-0.1834	2.416	0.4494	0.6983	0.0612	-0.179	-0.0126	0.1139	0.0303	0.0162	-0.0349	-0.0031	-0.109	0.3072	0.036	0.0243	0.2496	0.0119	0.1531	6.9592	-14.1198	17.7588
3	3.9956	5.8513	0.7312	5.7531	1.0074	0.1102	-0.4983	0.366	-0.0457	-0.4825	0.3633	-0.1595	0.0154	0.0895	0.1392	0.3209	0.0307	-0.0228	0.2885	0.024	0.4696	39.9571	10.4616	10.0574
4	4.9369	0.6229	-0.3929	3.4676	-0.2053	2.7563	-0.0296	0.0595	0.0101	0.0183	0.1538	0.0446	-0.1074	-0.1646	-0.1159	0.2446	0.0467	-0.0094	0.1252	0.0033	0.2235	48.9767	35.2369	15.0296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1960 through 2055 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 2056 through 2182 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2183 through 2273 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 2274 through 2448 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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